LXL04_014459 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014459

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 49574660-49577247 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1984 bp · LXL04_014459|LXL04_014459|OH1004|cDNA

ATATAAATCCACAGTCATCTCTATGTTATCATCAAGCTTCAAAGATAAAACTCAAGTCAAAAGTATACTTCTCACTCTCTATTTCCATTCACCACTATTCGACACTTTTCACTCCTCAAAATGGACACCAAAGTTGGTTCTTTGGACGTCGTCGCCGTGCCGAACGGCGACATCGGCTGTCCTCCCTCACACGGTGCTGTTTCCTCCATCCAGACATCCACCGTTCCCTTCAGCTTCTCCGAGGCCACACTCGGCCGACA...

CDS

下载 CDS FASTA

1815 bp · LXL04_014459|LXL04_014459|OH1004|CDS

ATGGACACCAAAGTTGGTTCTTTGGACGTCGTCGCCGTGCCGAACGGCGACATCGGCTGTCCTCCCTCACACGGTGCTGTTTCCTCCATCCAGACATCCACCGTTCCCTTCAGCTTCTCCGAGGCCACACTCGGCCGACACCTGGCTCGCCGCCTCGTTCAGATCGGTGTCTCTGATGTCTTCTCTGTACCCGGCGATTTCAACCTCACTTTGCTTGACCACCTAGTCGCTGAGCCTGGGCTGAACCTTGTTGGCTGCTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

604 aa · LXL04_014459|LXL04_014459|OH1004|PROTEIN

MDTKVGSLDVVAVPNGDIGCPPSHGAVSSIQTSTVPFSFSEATLGRHLARRLVQIGVSDVFSVPGDFNLTLLDHLVAEPGLNLVGCCNELNAGYAADGYARSRGVGACVVTFTVGGLSVINAIAGANSENLPLICIVGGPNSNDYGTNRVLHHTIGLPDFSQELRCFQTVTCFQAVVNNLEDAHELIDTAISTALKESKPVYISISCNLPAIPHPTFNRDPVPFCLNPKLSNHMGLETAIEAAAEFLNKAVKPVMVAGPK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014459`
TK1151 ID	TkA02G424120
OH-1004 ID	LXL04_014459
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 93.387 / OH-1004 95.861 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014459

位置 Chr03:49574660-49577247 (-)

描述 Similar to PDC1: Pyruvate decarboxylase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g33070`	可能在缺氧时的乙醇发酵中发挥作用。	The pyruvate decarboxylase1 gene of Arabidopsis is required during anoxia but not other environmental stresses.2003 · DOI: 10.1104/pp.102.016907
`At5g01320`	丙酮酸脱羧酶4。	暂无已核实直接文献
`At5g54960`	丙酮酸脱羧酶 2。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2XFI3`	丙酮酸脱羧酶 2。	暂无已核实直接文献
`Os03g0293500`	丙酮酸脱羧酶 2。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014459 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000949 aromatic amino acid family catabolic process to alcohol via Ehrlich pathway 生物过程

GO:0001666 response to hypoxia 生物过程

GO:0006950 response to stress 生物过程

GO:0034059 response to anoxia 生物过程

GO:0036293 response to decreased oxygen levels 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0090548 response to nitrate starvation 生物过程

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0000287 magnesium ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G33070

ath:AT5G01320

ath:AT5G54960

dosa:Os03g0293500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.744

排名 1 · LXL04_014459 · OH-1004

细胞核0.356

排名 2 · LXL04_014459 · OH-1004

线粒体0.060

排名 3 · LXL04_014459 · OH-1004

过氧化物酶体0.053

排名 4 · LXL04_014459 · OH-1004

细胞膜0.052

排名 5 · LXL04_014459 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02776.24TPP_enzyme_N43-148 aa

PF00205.29TPP_enzyme_M240-358 aa

PF02775.27TPP_enzyme_C450-575 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014459	`PF02776.24`	TPP_enzyme_N	43	148	3.4e-29	101.8
LXL04_014459	`PF00205.29`	TPP_enzyme_M	240	358	4e-25	88.8
LXL04_014459	`PF02775.27`	TPP_enzyme_C	450	575	5.1e-15	56.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O82647`	拟南芥	Pyruvate decarboxylase 1	81.086%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9M040`	拟南芥	Pyruvate decarboxylase 4	81.954%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FFT4`	拟南芥	Pyruvate decarboxylase 2	81.743%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A2XFI3`	水稻	Pyruvate decarboxylase 2	83.590%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q10MW3`	水稻	Pyruvate decarboxylase 2	83.419%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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