LXL04_014455 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014455

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 49514222-49522083 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

6021 bp · LXL04_014455|LXL04_014455|OH1004|cDNA

ATGTCATCCCTAAAGCATGCTGTTCATAGAAGGACCCATAAGGAACGATCTCAACCaaaagaaaggaaaagaTTTGGACTTCTTGAAAAACACAAGGACTATGTTGTCCGTGCAAAGGCCTTTCATAAAAAAGAGGATTACTTGCAGAAACTGAAGGAAAAGGCAGCATTCAAGAATCCAGATGAATTCTACTTCAAGATGATCAACTCCAAGACTGTTAATGGAGTACATAAACAGGCGGGTGACCCAAATCAATACTC...

CDS

下载 CDS FASTA

6021 bp · LXL04_014455|LXL04_014455|OH1004|CDS

ATGTCATCCCTAAAGCATGCTGTTCATAGAAGGACCCATAAGGAACGATCTCAACCAAAAGAAAGGAAAAGATTTGGACTTCTTGAAAAACACAAGGACTATGTTGTCCGTGCAAAGGCCTTTCATAAAAAAGAGGATTACTTGCAGAAACTGAAGGAAAAGGCAGCATTCAAGAATCCAGATGAATTCTACTTCAAGATGATCAACTCCAAGACTGTTAATGGAGTACATAAACAGGCGGGTGACCCAAATCAATACTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2006 aa · LXL04_014455|LXL04_014455|OH1004|PROTEIN

MSSLKHAVHRRTHKERSQPKERKRFGLLEKHKDYVVRAKAFHKKEDYLQKLKEKAAFKNPDEFYFKMINSKTVNGVHKQAGDPNQYSQEELLLIKSQDIGYILQKVQSEKKKIEKLTATLHSLDSQPSNRHVYYAEDREDAKRIISERKSDGGFKAFEDLPVKIKRKTASSYRELEARRGRVEELEKVYNEMAMKQELRKKGKKRKLREDEIVNPSSRPVYKWRTEQSEWREVRRRRNSRPKPFHGSSDDPAVTSFFMKG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014455`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014455

位置 Chr03:49514222-49522083 (-)

描述 Similar to Os01g0810000: Probable U3 small nucleolar RNA-associated protein 11

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g60360`	参与前 18S 核糖体 RNA 的核仁加工。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0810000`	参与前 18S 核糖体 RNA 的核仁加工。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014455 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0009561 megagametogenesis 生物过程

GO:0032197 retrotransposition 生物过程

GO:0090304 nucleic acid metabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0032040 small-subunit processome 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003824 catalytic activity 分子功能

GO:0003964 RNA-directed DNA polymerase activity 分子功能

GO:0009036 type II site-specific deoxyribonuclease activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G60360

dosa:Os01g0810000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.652

排名 1 · LXL04_014455 · OH-1004

细胞质0.298

排名 2 · LXL04_014455 · OH-1004

细胞膜0.064

排名 3 · LXL04_014455 · OH-1004

质体0.027

排名 4 · LXL04_014455 · OH-1004

内质网0.022

排名 5 · LXL04_014455 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03998.20Utp1110-226 aa

PF03372.30Exo_endo_phos853-1016 aa

PF00078.33RVT_11298-1549 aa

PF13966.12zf-RVT1839-1902 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014455	`PF03998.20`	Utp11	10	226	2.4e-55	188.8
LXL04_014455	`PF03372.30`	Exo_endo_phos	853	1016	1.2e-07	32.5
LXL04_014455	`PF00078.33`	RVT_1	1298	1549	7.8e-33	114.8
LXL04_014455	`PF13966.12`	zf-RVT	1839	1902	2.4e-10	41.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M223`	拟南芥	Probable U3 small nucleolar RNA-associated protein 11	57.269%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8S1Z1`	水稻	Probable U3 small nucleolar RNA-associated protein 11	62.115%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情