LXL04_014383 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014383

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 47969764-47974383 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1212 bp · LXL04_014383|LXL04_014383|OH1004|cDNA

ATGGACGCAAAAAAACCATTGTTGTCAAGTGAGGGAGATTCAAAACACATACGAAGGAACAGACGTAATTCAGTCACTAGCCTGAGATGCGATTTCTTTTCTAAATTGCCTGAAAAAGTCCGACGTGGCCTTGACCCTGAAGCTCCATTCCAGGTCGATCTTTCAAAAGCCATCGGACTAATAGAAGGGGAGAAAGAATACTATGAAAAACAGTTTGCAGCTTTGAAATCGTTTGAAGAAGTCGATTCATTACCTACAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1212 bp · LXL04_014383|LXL04_014383|OH1004|CDS

ATGGACGCAAAAAAACCATTGTTGTCAAGTGAGGGAGATTCAAAACACATACGAAGGAACAGACGTAATTCAGTCACTAGCCTGAGATGCGATTTCTTTTCTAAATTGCCTGAAAAAGTCCGACGTGGCCTTGACCCTGAAGCTCCATTCCAGGTCGATCTTTCAAAAGCCATCGGACTAATAGAAGGGGAGAAAGAATACTATGAAAAACAGTTTGCAGCTTTGAAATCGTTTGAAGAAGTCGATTCATTACCTACAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

403 aa · LXL04_014383|LXL04_014383|OH1004|PROTEIN

MDAKKPLLSSEGDSKHIRRNRRNSVTSLRCDFFSKLPEKVRRGLDPEAPFQVDLSKAIGLIEGEKEYYEKQFAALKSFEEVDSLPTTATDVNNNEEEDLIEQAQHERAINTSNWANIFLLALKIYATVQSGSLAIAASTLDSLLDLMAGAILWFTHLSMKSINIYKYPIGKLRVQPVGIIIFAAIMATLGFQVLIQAVEHLIRNSPSEKMNNLQLIWLYTIMLTATFVKLILYIYCRSSGNKIVRAYAKDHYFDVVTNLV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014383`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014383

位置 Chr03:47969764-47974383 (+)

描述 Similar to MTP4: Metal tolerance protein 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g58060`	参与将多余金属从细胞质隔离到液泡中以维持金属稳态。	暂无已核实直接文献
`At1g79520`	参与将多余金属从细胞质隔离到液泡中以维持金属稳态。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0226400`	参与将多余金属从细胞质隔离到液泡中以维持金属稳态。	暂无已核实直接文献
`Os02g0775100`	参与将多余金属从细胞质隔离到液泡中以维持金属稳态。	暂无已核实直接文献
`Os01g0837800`	参与将多余金属从细胞质隔离到液泡中以维持金属稳态。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014383 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006826 iron ion transport 生物过程

GO:0009845 seed germination 生物过程

GO:0048316 seed development 生物过程

GO:0071421 manganese ion transmembrane transport 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005774 vacuolar membrane 细胞组分

GO:0009705 plant-type vacuole membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0035618 root hair 细胞组分

GO:0005384 manganese ion transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0008324 monoatomic cation transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0010486 manganese:proton antiporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G79520

ath:AT3G58060

dosa:Os01g0837800

dosa:Os02g0775100

dosa:Os03g0226400

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.315

排名 1 · LXL04_014383 · OH-1004

内质网0.271

排名 2 · LXL04_014383 · OH-1004

细胞质0.263

排名 3 · LXL04_014383 · OH-1004

溶酶体／液泡0.248

排名 4 · LXL04_014383 · OH-1004

细胞膜0.128

排名 5 · LXL04_014383 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01545.27Cation_efflux114-303 aa

PF16916.12ZT_dimer319-383 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014383	`PF01545.27`	Cation_efflux	114	303	4.2e-26	92.7
LXL04_014383	`PF16916.12`	ZT_dimer	319	383	3.1e-07	31.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M2P2`	拟南芥	Putative metal tolerance protein C3	70.968%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SAJ7`	拟南芥	Metal tolerance protein 9	56.024%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q10PP8`	水稻	Metal tolerance protein 4	72.637%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6Z7K5`	水稻	Metal tolerance protein 3	68.550%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5NA18`	水稻	Metal tolerance protein 5	55.015%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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