LXL04_013628 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013628

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 33030614-33033080 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1893 bp · LXL04_013628|LXL04_013628|OH1004|cDNA

ATGGCTGTTTCATCTTCCAGTTCTTGCATCTCCCTCCAAAGATTGCGCCGTCAAACGGCTACTTCGGACCTTTTTACGCCGCCGGCAAGTGTTTCCCGATGCTTCATGACCGGGTCGGTAAAGATGCCGGCCTTCAATTCCGCTTCAAGGTTGAAGAATAAGAAGGTTTCCTTCAGCACGTGTAATGTTTTGGGCGAATTTGAGAGTGAAGGCGCCGGCGAAGCGAGCATTAATGCTATGAAGGACGAGGTGTTTGTGAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1893 bp · LXL04_013628|LXL04_013628|OH1004|CDS

ATGGCTGTTTCATCTTCCAGTTCTTGCATCTCCCTCCAAAGATTGCGCCGTCAAACGGCTACTTCGGACCTTTTTACGCCGCCGGCAAGTGTTTCCCGATGCTTCATGACCGGGTCGGTAAAGATGCCGGCCTTCAATTCCGCTTCAAGGTTGAAGAATAAGAAGGTTTCCTTCAGCACGTGTAATGTTTTGGGCGAATTTGAGAGTGAAGGCGCCGGCGAAGCGAGCATTAATGCTATGAAGGACGAGGTGTTTGTGAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

630 aa · LXL04_013628|LXL04_013628|OH1004|PROTEIN

MAVSSSSSCISLQRLRRQTATSDLFTPPASVSRCFMTGSVKMPAFNSASRLKNKKVSFSTCNVLGEFESEGAGEASINAMKDEVFVTFFREAWPYFTAHRGSTFVVLLSSEVLDSSILDPILKASLYLSFNHLVAVDISLLHGLGIKFVLVPGTHVQIDQRLAEKGREPKYVGRYRITDADALQAAMDSAGRIRFMIEAKLSPGPSLCSIRRHGENRRWHDRVRVLSGNFLAAKVNLIFKLIFPSNDHRCKLIHYNTLQQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013628`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013628

位置 Chr03:33030614-33033080 (-)

描述 Similar to NAGS2: Probable amino-acid acetyltransferase NAGS2, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g37670`	N-乙酰谷氨酸合成酶，参与精氨酸生物合成。	暂无已核实直接文献
`At2g22910`	N-乙酰谷氨酸合成酶，参与精氨酸生物合成。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013628 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006526 L-arginine biosynthetic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0004042 L-glutamate N-acetyltransferase activity 分子功能

GO:0004358 L-glutamate N-acetyltransferase activity, acting on acetyl-L-ornithine as donor 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G22910

ath:AT4G37670

avn:Avin_04920

pmy:Pmen_0354

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.892

排名 1 · LXL04_013628 · OH-1004

线粒体0.096

排名 2 · LXL04_013628 · OH-1004

细胞核0.054

排名 3 · LXL04_013628 · OH-1004

细胞质0.039

排名 4 · LXL04_013628 · OH-1004

细胞膜0.021

排名 5 · LXL04_013628 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00696.34AA_kinase134-353 aa

PF00583.32Acetyltransf_1505-576 aa

PF13508.14Acetyltransf_7510-588 aa

PF23209.2IDM1_C512-597 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013628	`PF00696.34`	AA_kinase	134	353	2.2e-08	34.9
LXL04_013628	`PF00583.32`	Acetyltransf_1	505	576	1.7e-13	51.6
LXL04_013628	`PF13508.14`	Acetyltransf_7	510	588	6.7e-12	46.3
LXL04_013628	`PF23209.2`	IDM1_C	512	597	7.7e-06	26.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`B5X4Z4`	拟南芥	Probable amino-acid acetyltransferase NAGS2, chloroplastic	63.411%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q84JF4`	拟南芥	Probable amino-acid acetyltransferase NAGS1, chloroplastic	62.582%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情