LXL04_013205 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013205

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 25919924-25930377 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1602 bp · LXL04_013205|LXL04_013205|OH1004|cDNA

atgGATCTTCAATTCAACGGACATCTTCTTGCTTCTCACCCTATTGTTGCTGCACAATTCGTTCAACCTACTGTTGCACCATCAACATTGAAAGTCATCCACACTGCAACAGTCGCTTCTACTTCTACAAACTGGGGGAAACAATGTTGTTTCTCGGATCTTGAAATAATCATTTCAGTAAATGGTGGTAAGATGAAGTTGGCAAGTTGCTGTAATGAAGTTGCTGCAGAGCTTATAGTTAAGGTGAATCGTGTTGATCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1602 bp · LXL04_013205|LXL04_013205|OH1004|CDS

ATGGATCTTCAATTCAACGGACATCTTCTTGCTTCTCACCCTATTGTTGCTGCACAATTCGTTCAACCTACTGTTGCACCATCAACATTGAAAGTCATCCACACTGCAACAGTCGCTTCTACTTCTACAAACTGGGGGAAACAATGTTGTTTCTCGGATCTTGAAATAATCATTTCAGTAAATGGTGGTAAGATGAAGTTGGCAAGTTGCTGTAATGAAGTTGCTGCAGAGCTTATAGTTAAGGTGAATCGTGTTGATCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

533 aa · LXL04_013205|LXL04_013205|OH1004|PROTEIN

MDLQFNGHLLASHPIVAAQFVQPTVAPSTLKVIHTATVASTSTNWGKQCCFSDLEIIISVNGGKMKLASCCNEVAAELIVKVNRVDHLHATTNCTGWLRKGQRYAIWPSLPLANMVEWQKAAAKFIGLATPMMADWSDNESDFTEQIAMMAMMGMQRVVEILEESEEEEGVVNSQPMTRQPIPRDRVGAHNRLIAHYFAPNCDYPPSVFRRRFRMHKPLFLRILNDVTANSNYMQQRSDATGSRGFSELQKCAVAIRQLA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013205`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013205

位置 Chr03:25919924-25930377 (-)

描述 Similar to At3g55350: Protein ALP1-like

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g55350`	来源于转座酶的蛋白，可能具有核酸酶活性。	暂无已核实直接文献
`At3g63270`	来源于转座酶的蛋白，可能具有核酸酶活性（可能）。	Kicking against the PRCs - A Domesticated Transposase Antagonises Silencing Mediated by Polycomb Group Proteins and Is an Accessory Component of Polycomb Repressive Complex 2.2015 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1005660

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013205 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0000118 histone deacetylase complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0035098 ESC/E(Z) complex 细胞组分

GO:0035102 PRC1 complex 细胞组分

GO:0003682 chromatin binding 分子功能

GO:0004518 nuclease activity 分子功能

GO:0016787 hydrolase activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G55350

ath:AT3G63270

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.751

排名 1 · LXL04_013205 · OH-1004

细胞质0.283

排名 2 · LXL04_013205 · OH-1004

线粒体0.049

排名 3 · LXL04_013205 · OH-1004

细胞膜0.038

排名 4 · LXL04_013205 · OH-1004

内质网0.029

排名 5 · LXL04_013205 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28509.1DUF8418190-228 aa

PF04827.21Plant_tran310-386 aa

PF13359.13DDE_Tnp_4324-455 aa

PF04827.21Plant_tran385-463 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013205	`PF28509.1`	DUF8418	190	228	6.8e-17	61.7
LXL04_013205	`PF04827.21`	Plant_tran	310	386	7.4e-46	157.1
LXL04_013205	`PF13359.13`	DDE_Tnp_4	324	455	6.2e-13	49.4
LXL04_013205	`PF04827.21`	Plant_tran	385	463	7.4e-46	157.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M2U3`	拟南芥	Protein ALP1-like	24.116%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q94K49`	拟南芥	Protein ANTAGONIST OF LIKE HETEROCHROMATIN PROTEIN 1	22.549%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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