LXL04_011671 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_011671

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 169153726-169159606 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2334 bp · LXL04_011671|LXL04_011671|OH1004|cDNA

ATGACACTCTTTGCAAATCCAGTTAACCACACTTGTGCATTCACAAAGAGAGTTAGGAAGAAAGAAaacatgatgaagatgatgatgaatgTGCTATTGATTTCTTTAGTAATAGTCATATCCGCCATTGATGAAGACCGAAAGGTTTTTATCGCTTACATGGGATTTCTCCCGGAAGGCGAATACTCACCTTCGTTGCATCACTATGAAATCCTGAAAAACGTTACCAACCCCAGGTTTGCAAGAAAATCTCTAATAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2334 bp · LXL04_011671|LXL04_011671|OH1004|CDS

ATGACACTCTTTGCAAATCCAGTTAACCACACTTGTGCATTCACAAAGAGAGTTAGGAAGAAAGAAAACATGATGAAGATGATGATGAATGTGCTATTGATTTCTTTAGTAATAGTCATATCCGCCATTGATGAAGACCGAAAGGTTTTTATCGCTTACATGGGATTTCTCCCGGAAGGCGAATACTCACCTTCGTTGCATCACTATGAAATCCTGAAAAACGTTACCAACCCCAGGTTTGCAAGAAAATCTCTAATAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

777 aa · LXL04_011671|LXL04_011671|OH1004|PROTEIN

MTLFANPVNHTCAFTKRVRKKENMMKMMMNVLLISLVIVISAIDEDRKVFIAYMGFLPEGEYSPSLHHYEILKNVTNPRFARKSLIRSYHRSFNGFAAYLSQEEQQKLAGFDGVISVFPCQKLCLQTTRSWDFMGLPTTTERSVTGESDTIIGVIDGGIWPESESFSGEGIGPIPRRWRGECQGGKNFTCNRKIIGARYYGIAESVRDKIGHGTHVASIIAGSQVKNASYYGLAQGIARGGVPSARLAVYKVCEPDCDLR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_011671`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_011671

位置 Chr02:169153726-169159606 (-)

描述 Similar to SBT4.4: Subtilisin-like protease SBT4.4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g59100`	类胰蛋白酶 SBT4.4。	暂无已核实直接文献
`At3g46850`	类蛋白酶 SBT4.6。	暂无已核实直接文献
`At5g59190`	类枯草溶菌酶蛋白酶SBT4.3。	暂无已核实直接文献
`At5g59130`	类枯草溶菌酶蛋白酶SBT4.11。	暂无已核实直接文献
`At3g46840`	类枯草芽孢杆菌蛋白酶SBT4.5。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011671 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0046686 response to cadmium ion 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0004252 serine-type endopeptidase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G46840

ath:AT3G46850

ath:AT5G59100

ath:AT5G59130

ath:AT5G59190

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.299

排名 1 · LXL04_011671 · OH-1004

细胞外0.258

排名 2 · LXL04_011671 · OH-1004

溶酶体／液泡0.163

排名 3 · LXL04_011671 · OH-1004

细胞质0.122

排名 4 · LXL04_011671 · OH-1004

内质网0.107

排名 5 · LXL04_011671 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05922.22Inhibitor_I961-122 aa

PF00082.28Peptidase_S8148-582 aa

PF17766.8fn3_6628-727 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_011671	`PF05922.22`	Inhibitor_I9	61	122	3.6e-10	41.1
LXL04_011671	`PF00082.28`	Peptidase_S8	148	582	6.2e-46	157.7
LXL04_011671	`PF17766.8`	fn3_6	628	727	1.7e-24	86.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FGU3`	拟南芥	Subtilisin-like protease SBT4.4	50.914%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9STF7`	拟南芥	Subtilisin-like protease SBT4.6	51.124%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FIF8`	拟南芥	Subtilisin-like protease SBT4.3	50.619%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FIG1`	拟南芥	Subtilisin-like protease SBT4.11	48.414%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4JA91`	拟南芥	Subtilisin-like protease SBT4.5	49.459%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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