LXL04_011587 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_011587

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 167710090-167714401 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1863 bp · LXL04_011587|LXL04_011587|OH1004|cDNA

ATGGTGAACAGCGAAGGTTTGTTATGGGTATTTGTGTTGGTGGTTTCGACATGGATGAATGTTTCCTCTGCAACTCTTTCTCCTTCCGGTGTCAATTACGAAGTTGTGGCTCTAATGGCGATAAAGGAGGATATAAAAGATCCGCACAATGTTCTCGACTGGGATTTCTCATCTGTTGATCCTTGTAGCTGGAGAATGATTACGTGCACCTCCGATCGATCTGTTTCTGCTCTAGGGCTGCCAGGTCAGAATTTATCCGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1863 bp · LXL04_011587|LXL04_011587|OH1004|CDS

ATGGTGAACAGCGAAGGTTTGTTATGGGTATTTGTGTTGGTGGTTTCGACATGGATGAATGTTTCCTCTGCAACTCTTTCTCCTTCCGGTGTCAATTACGAAGTTGTGGCTCTAATGGCGATAAAGGAGGATATAAAAGATCCGCACAATGTTCTCGACTGGGATTTCTCATCTGTTGATCCTTGTAGCTGGAGAATGATTACGTGCACCTCCGATCGATCTGTTTCTGCTCTAGGGCTGCCAGGTCAGAATTTATCCGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

620 aa · LXL04_011587|LXL04_011587|OH1004|PROTEIN

MVNSEGLLWVFVLVVSTWMNVSSATLSPSGVNYEVVALMAIKEDIKDPHNVLDWDFSSVDPCSWRMITCTSDRSVSALGLPGQNLSGTLSPAIGNLTNLQSITLQNNAISGPITSAIGKLWNLQTLDLSGNEFTGELPTSLGDLKNLNLLRLNNNSLTGPVPESLSHLGGLTLVDLSYNNFSGSLPKISARTFKIIGNPLLCEHNSKNGCSIVYPEPLALPPEGESSSGDQNRRLAIALGVSLSTAFLLVLILLIWWRYR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_011587`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_011587

位置 Chr02:167710090-167714401 (+)

描述 Similar to NIK3: Protein NSP-INTERACTING KINASE 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g60800`	受体激酶，与其他CIK（如CIK1、CIK2、CIK3、CIK5和CIK6）冗余作用，作为CLV1、CLV2/CRN和RPK2的共受体，并需要通过磷酸化介导CLAVATA家族肽（如CLV3）信号；该信号调控原韧皮部分化以及维持芽顶分生组织（SAM）和根顶分生组织（RAM）稳态，并在BRX和OPS下游发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At3g25560`	受体激酶，与其他CIK（如CIK1、CIK2、CIK3、CIK5和CIK6）冗余作用，作为CLV1、CLV2/CRN和RPK2的共受体，并且需要通过磷酸化介导CLAVATA家族肽（如CLV3、CLE25、CLE26和CLE45）信号；该信号调控原韧皮部分化及维持茎尖分生组织（SAM）和根尖分生组织（RAM）的稳态，并作用于BRX和OPS下游。	暂无已核实直接文献
`At5g16000`	可能作为受体激酶，参与分生组织稳态及原韧皮部分化的调控。	Regulated nuclear trafficking of rpL10A mediated by NIK1 represents a defense strategy of plant cells against virus.2008 · DOI: 10.1371/journal.ppat.1000247 NIK1-mediated translation suppression functions as a plant antiviral immunity mechanism.2015 · DOI: 10.1038/nature14171 CLERK is a novel receptor kinase required for sensing of root-active CLE peptides in Arabidopsis .2018 · DOI: 10.1242/dev.162354
`At2g23950`	可能作为受体激酶，参与分生组织稳态及原韧皮部分化的调控。	CLERK is a novel receptor kinase required for sensing of root-active CLE peptides in Arabidopsis .2018 · DOI: 10.1242/dev.162354 A CLE-BAM-CIK signalling module controls root protophloem differentiation in Arabidopsis.2022 · DOI: 10.1111/nph.17791

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0274500`	可能参与防御反应的 LRR 受体激酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011587 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0007639 homeostasis of number of meristem cells 生物过程

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010088 phloem development 生物过程

GO:0034504 protein localization to nucleus 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0040015 negative regulation of multicellular organism growth 生物过程

GO:0048638 regulation of developmental growth 生物过程

GO:0048653 anther development 生物过程

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

GO:0140374 antiviral innate immune response 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G60800

ath:AT2G23950

ath:AT3G25560

ath:AT5G16000

dosa:Os06g0274500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.881

排名 1 · LXL04_011587 · OH-1004

内质网0.075

排名 2 · LXL04_011587 · OH-1004

细胞质0.073

排名 3 · LXL04_011587 · OH-1004

细胞核0.046

排名 4 · LXL04_011587 · OH-1004

溶酶体／液泡0.023

排名 5 · LXL04_011587 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263.18LRRNT_232-70 aa

PF13855.13LRR_877-132 aa

PF23598.2LRR_1492-176 aa

PF12799.14LRR_497-132 aa

PF13855.13LRR_8122-181 aa

PF00069.32Pkinase298-567 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr299-570 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_011587	`PF08263.18`	LRRNT_2	32	70	2.2e-09	38.2
LXL04_011587	`PF13855.13`	LRR_8	77	132	3.3e-09	37.1
LXL04_011587	`PF23598.2`	LRR_14	92	176	9.4e-09	35.2
LXL04_011587	`PF12799.14`	LRR_4	97	132	1.1e-06	29.3
LXL04_011587	`PF13855.13`	LRR_8	122	181	3.3e-09	37.1
LXL04_011587	`PF00069.32`	Pkinase	298	567	2.4e-41	142.6
LXL04_011587	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	299	570	4.3e-42	144.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93ZS4`	拟南芥	Protein CLAVATA3 INSENSITIVE RECEPTOR KINASE 1	69.634%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8RY65`	拟南芥	Protein CLAVATA3 INSENSITIVE RECEPTOR KINASE 6	62.562%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LFS4`	拟南芥	Protein CLAVATA3 INSENSITIVE RECEPTOR KINASE 5	61.967%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0WVM4`	拟南芥	Protein CLAVATA3 INSENSITIVE RECEPTOR KINASE 2	57.767%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FP13`	水稻	LRR receptor kinase SERL2	58.240%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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