LXL04_011006 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_011006

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 156283292-156286531 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2135 bp · LXL04_011006|LXL04_011006|OH1004|cDNA

CAACCCATACCCCCTTTCAGAAACCGCCCATACGTCTTCTTGATACAAATCCCCAAATTTTCTGCCAATTCCTCTCTTTTCTTATCACCATGgattcatcatcatcttcatcaatgGATCGGGTCAACTTCAGGACACAAGTCCTAACGCGACATCTCAAAAACCACCATAACGCCGCCACCGATCTCCTACACACCGTCCCATGTGTCAGTTACTCCCCACCGGAACTCTCTGAGCCGCCGCTTAATTTCGATACCAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2046 bp · LXL04_011006|LXL04_011006|OH1004|CDS

ATGGATTCATCATCATCTTCATCAATGGATCGGGTCAACTTCAGGACACAAGTCCTAACGCGACATCTCAAAAACCACCATAACGCCGCCACCGATCTCCTACACACCGTCCCATGTGTCAGTTACTCCCCACCGGAACTCTCTGAGCCGCCGCTTAATTTCGATACCAAATTGCTCCGTAAGCTCCTAGACGGTCAGAACATTGCCGAAATTGACTATGTGTTCAATCTGATGATGCAAAGCAACCTGTTTTGCCCAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

681 aa · LXL04_011006|LXL04_011006|OH1004|PROTEIN

MDSSSSSSMDRVNFRTQVLTRHLKNHHNAATDLLHTVPCVSYSPPELSEPPLNFDTKLLRKLLDGQNIAEIDYVFNLMMQSNLFCPRERGGKVFISPDFNQSMEQQREMTMRRIDYLREQGAFDGWFSKKGPEGELWRFALAESATVFDHSLGIKLGVHFFLWGGAIRFMGTKRHHDKWFKPTETYEVKGCFAMTELGHGSNVRGIETITRYDASTQEFIISTPCESAQKYWIGGAANHATHTIVFSQLEINGVNQGVHA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_011006`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_011006

位置 Chr02:156283292-156286531 (+)

描述 Similar to ACX3: Acyl-coenzyme A oxidase 3, peroxisomal

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g06290`	催化中链酰基辅酶A脱饱和，生成2-反式烯酰辅酶A。	暂无已核实直接文献
`At1g06310`	催化酰基辅酶A向 2-反式-烯酰辅酶A的脱氢反应。	暂无已核实直接文献
`At5g65110`	催化长链酰基辅酶A去饱和为2-反式烯酰基辅酶A。	Long-chain acyl-CoA oxidases of Arabidopsis.1999 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.1999.00559.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011006 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001676 long-chain fatty acid metabolic process 生物过程

GO:0006635 fatty acid beta-oxidation 生物过程

GO:0033540 fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA oxidase 生物过程

GO:0051791 medium-chain fatty acid metabolic process 生物过程

GO:0055088 lipid homeostasis 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009514 glyoxysome 细胞组分

GO:0003997 acyl-CoA oxidase activity 分子功能

GO:0005504 fatty acid binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G06290

ath:AT1G06310

ath:AT5G65110

mmu:74121

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

过氧化物酶体0.725

排名 1 · LXL04_011006 · OH-1004

细胞质0.153

排名 2 · LXL04_011006 · OH-1004

线粒体0.146

排名 3 · LXL04_011006 · OH-1004

细胞核0.059

排名 4 · LXL04_011006 · OH-1004

内质网0.036

排名 5 · LXL04_011006 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02770.25Acyl-CoA_dh_M191-299 aa

PF00441.30Acyl-CoA_dh_1333-489 aa

PF22924.2ACOX_C_alpha1338-489 aa

PF01756.25ACOX534-665 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_011006	`PF02770.25`	Acyl-CoA_dh_M	191	299	1.1e-10	42.2
LXL04_011006	`PF00441.30`	Acyl-CoA_dh_1	333	489	1.8e-09	38.6
LXL04_011006	`PF22924.2`	ACOX_C_alpha1	338	489	1.6e-41	142.6
LXL04_011006	`PF01756.25`	ACOX	534	665	1.7e-17	64.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P0CZ23`	拟南芥	Acyl-coenzyme A oxidase 3, peroxisomal	70.074%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LMI7`	拟南芥	Putative acyl-coenzyme A oxidase 3.2, peroxisomal	69.162%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O65201`	拟南芥	Acyl-coenzyme A oxidase 2, peroxisomal	36.204%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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