LXL04_010977 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010977

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 156030672-156037943 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3631 bp · LXL04_010977|LXL04_010977|OH1004|cDNA

CCAATCCCTCGGAGGACCCTACCGAAGTTCCGTCGGGGGGTGCCCGGTGAATAAAACCAACCATACCTTCTCATATCCCTTTCTGAGTGGAATTCGGCTCCAGTTCGTCATGGCAGAAATAGCAGCGCCATATCCTCAACTGAGCTTCCTTCGTTTTGATAAAAGTGCAATTACGCCTCCTAATTATGCCCAAAGACTACATTTTTCATCTAGGTTTCTGACAAGTGTTCCTGATGTCACCGGAAAACGGAGAAGAATCA...

CDS

下载 CDS FASTA

3549 bp · LXL04_010977|LXL04_010977|OH1004|CDS

CTGAGTGGAATTCGGCTCCAGTTCGTCATGGCAGAAATAGCAGCGCCATATCCTCAACTGAGCTTCCTTCGTTTTGATAAAAGTGCAATTACGCCTCCTAATTATGCCCAAAGACTACATTTTTCATCTAGGTTTCTGACAAGTGTTCCTGATGTCACCGGAAAACGGAGAAGAATCATAAAAATTGCTGTGGTGAGAGCAAAGTCAGGTACGGTGATTGAGAAAGAACAGGAATTCAAGCCTTCATTTGAAGAGTATTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1182 aa · LXL04_010977|LXL04_010977|OH1004|PROTEIN

MSGIRLQFVMAEIAAPYPQLSFLRFDKSAITPPNYAQRLHFSSRFLTSVPDVTGKRRRIIKIAVVRAKSGTVIEKEQEFKPSFEEYLKAMETVKSRREKRKVSTETPPSPSRSPSRKIDEGSFELKDSQDQITSRKVGNLEQGEVKKTWHRKKSDPKEPQLAANVKDINISPTIDEKHSKLQGQSFNTKRGSHINSVSSHDYARDTAVHDQSRVLLNSKQNEAMKKWTRKKLDSKESQVDTTTSFEKNEERYAKFQRQSF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010977`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010977

位置 Chr02:156030672-156037943 (+)

描述 Similar to EMB2279: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g30610, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g30610`	可能在胚胎发生中起作用。	暂无已核实直接文献
`At5g67570`	参与以SIGF依赖的方式调控早期叶绿体发育和叶绿体基因表达。	暂无已核实直接文献
`At1g28590`	GDSL 酯酶/脂酶 At1g28590。	暂无已核实直接文献
`At1g28580`	GDSL酯酶/脂肪酶At1g28580。	暂无已核实直接文献
`At1g28570`	GDSL酯酶/脂肪酶At1g28570。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010977 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005976 polysaccharide metabolic process 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010239 chloroplast mRNA processing 生物过程

GO:0016042 lipid catabolic process 生物过程

GO:0042793 plastid transcription 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0016788 hydrolase activity, acting on ester bonds 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G28570

ath:AT1G28580

ath:AT1G28590

ath:AT1G30610

ath:AT5G67570

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.938

排名 1 · LXL04_010977 · OH-1004

线粒体0.038

排名 2 · LXL04_010977 · OH-1004

细胞质0.037

排名 3 · LXL04_010977 · OH-1004

细胞核0.035

排名 4 · LXL04_010977 · OH-1004

细胞膜0.035

排名 5 · LXL04_010977 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13812.13PPR_3471-520 aa

PF13041.13PPR_2473-517 aa

PF01535.27PPR477-505 aa

PF13812.13PPR_3613-658 aa

PF12854.14PPR_1644-673 aa

PF13041.13PPR_2646-678 aa

PF01535.27PPR649-678 aa

PF00657.29Lipase_GDSL844-1151 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010977	`PF13812.13`	PPR_3	471	520	3.1e-21	75.9
LXL04_010977	`PF13041.13`	PPR_2	473	517	9.3e-38	128.8
LXL04_010977	`PF01535.27`	PPR	477	505	2.6e-32	109.5
LXL04_010977	`PF13812.13`	PPR_3	613	658	3.1e-21	75.9
LXL04_010977	`PF12854.14`	PPR_1	644	673	1.8e-17	63.5
LXL04_010977	`PF13041.13`	PPR_2	646	678	9.3e-38	128.8
LXL04_010977	`PF01535.27`	PPR	649	678	2.6e-32	109.5
LXL04_010977	`PF00657.29`	Lipase_GDSL	844	1151	4.1e-24	86.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SA76`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g30610, chloroplastic	55.556%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FJW6`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g67570, chloroplastic	38.986%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8RXT9`	拟南芥	GDSL esterase/lipase At1g28590	49.570%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FXJ2`	拟南芥	GDSL esterase/lipase At1g28580	48.138%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FXJ1`	拟南芥	GDSL esterase/lipase At1g28570	48.433%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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