LXL04_010100 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010100

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 140105101-140107620 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1248 bp · LXL04_010100|LXL04_010100|OH1004|cDNA

ATGACGTTGTTCAATGTCACTACACGCACCACACTTGTGTTTATCGTCGCTGTACCTAACTACCTTTCCACCGAAGAGTTCATCGCTTTATGTGGCTCTCACGTTGAGTACTTCTCCGATCTCTGTTTCATCAGAAATGATGCGATGGAAGATCGGTATAGCGTGCTTATTAAGCTAGTGAACCAAGCGGCTGCTGATGGATTCTGTTGCAGCTACAAGTCTATAATGGAAAGCGGTTTAGTCCTTATGAGGTATTATTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1248 bp · LXL04_010100|LXL04_010100|OH1004|CDS

ATGACGTTGTTCAATGTCACTACACGCACCACACTTGTGTTTATCGTCGCTGTACCTAACTACCTTTCCACCGAAGAGTTCATCGCTTTATGTGGCTCTCACGTTGAGTACTTCTCCGATCTCTGTTTCATCAGAAATGATGCGATGGAAGATCGGTATAGCGTGCTTATTAAGCTAGTGAACCAAGCGGCTGCTGATGGATTCTGTTGCAGCTACAAGTCTATAATGGAAAGCGGTTTAGTCCTTATGAGGTATTATTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

415 aa · LXL04_010100|LXL04_010100|OH1004|PROTEIN

MTLFNVTTRTTLVFIVAVPNYLSTEEFIALCGSHVEYFSDLCFIRNDAMEDRYSVLIKLVNQAAADGFCCSYKSIMESGLVLMRYYWSFSSQNSGTEVCHIYFAQLVEYTDSAEIASIPQPGYTELPTCPVCLVVRYKHPDALLALQDYSVAMASTFLSVPSVSPSATMSVQDKCKMKSGTSFRSAFFGKDKQQPLSMKPKSHGHVTMTVASKASRFDSITMAPPDPILGVSEAFKADTSELKLNLGVGAYRTEELHPYV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010100`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010100

位置 Chr02:140105101-140107620 (+)

描述 Similar to ASP5: Aspartate aminotransferase, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g31990`	氨基酸转氨酶对于氨基酸和三羧酸循环相关有机酸的代谢很重要。	Recombinant expression, purification, and characterization of three isoenzymes of aspartate aminotransferase from Arabidopsis thaliana.1998 · DOI: 10.1006/prep.1997.0845

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010100 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006103 2-oxoglutarate metabolic process 生物过程

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0006520 amino acid metabolic process 生物过程

GO:0006531 aspartate metabolic process 生物过程

GO:0006533 L-aspartate catabolic process 生物过程

GO:0006536 glutamate metabolic process 生物过程

GO:0006869 lipid transport 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005759 mitochondrial matrix 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009501 amyloplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G31990

ocu:100348732

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.503

排名 1 · LXL04_010100 · OH-1004

细胞核0.324

排名 2 · LXL04_010100 · OH-1004

线粒体0.134

排名 3 · LXL04_010100 · OH-1004

内质网0.106

排名 4 · LXL04_010100 · OH-1004

细胞膜0.085

排名 5 · LXL04_010100 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07576.19BRAP27-116 aa

PF00155.28Aminotran_1_2243-310 aa

PF00155.28Aminotran_1_2312-406 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010100	`PF07576.19`	BRAP2	7	116	2e-21	76.7
LXL04_010100	`PF00155.28`	Aminotran_1_2	243	310	5.3e-30	105.5
LXL04_010100	`PF00155.28`	Aminotran_1_2	312	406	5.3e-30	105.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P46248`	拟南芥	Aspartate aminotransferase, chloroplastic	61.938%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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