LXL04_009226 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009226

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 120936583-120946388 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4185 bp · LXL04_009226|LXL04_009226|OH1004|cDNA

ATGTATAGTTTCATGTATTTAAAAGAATGGAATAGCAATACAGAAGTTTATGGGAAATATTGGTTTCAACATGGTATCAGGCTATTCTCTAAAACCCTAGCCGATCCTAGACCTTCCTATCATCTTCACTCTTCTTCTTCACCTTACTGTCTTTCTCCTCTTCTTATTCATCTCATTGCCTTTGTTTCCATTCTTCTGTTCAAATGGCCAAACCCACTGATAGGATATATGGTATCACCAACATCAAATCCTACATACCG...

CDS

下载 CDS FASTA

4185 bp · LXL04_009226|LXL04_009226|OH1004|CDS

ATGTATAGTTTCATGTATTTAAAAGAATGGAATAGCAATACAGAAGTTTATGGGAAATATTGGTTTCAACATGGTATCAGGCTATTCTCTAAAACCCTAGCCGATCCTAGACCTTCCTATCATCTTCACTCTTCTTCTTCACCTTACTGTCTTTCTCCTCTTCTTATTCATCTCATTGCCTTTGTTTCCATTCTTCTGTTCAAATGGCCAAACCCACTGATAGGATATATGGTATCACCAACATCAAATCCTACATACCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1394 aa · LXL04_009226|LXL04_009226|OH1004|PROTEIN

MYSFMYLKEWNSNTEVYGKYWFQHGIRLFSKTLADPRPSYHLHSSSSPYCLSPLLIHLIAFVSILLFKWPNPLIGYMVSPTSNPTYRLSVPCIFLGYPSNHKGFRCLNLHTNQIIISRHVTFDETIFPFGSMTPDRSPNYDFLHVEEHRNCFNDPSHPSQPLGSPSSDDAASDPQTTVATDGAVVSDTASPSAASFPPVSTPVSPSPNPSLTNPTDTNPSPTVSAPTHSMTTRARHGIYKPIHKLNLHTDSSPSSSPTPR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009226`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009226

位置 Chr02:120936583-120946388 (+)

描述 Similar to At1g80880: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g80880, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g80880`	含五聚重复蛋白At1g80880，线粒体。	暂无已核实直接文献
`UniProt: Q94HW2`	来自转座子 RE1 的逆转录病毒相关 Pol 多蛋白。	暂无已核实直接文献
`At5g15010`	含五十二肽重复序列的蛋白 At5g15010，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At4g02960`	转座子RE2来源的逆转录病毒相关Pol多蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009226 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0015074 DNA integration 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能

GO:0003964 RNA-directed DNA polymerase activity 分子功能

GO:0004190 aspartic-type endopeptidase activity 分子功能

GO:0004519 endonuclease activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G80880

ath:AT5G15010

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.327

排名 1 · LXL04_009226 · OH-1004

质体0.264

排名 2 · LXL04_009226 · OH-1004

线粒体0.214

排名 3 · LXL04_009226 · OH-1004

细胞质0.190

排名 4 · LXL04_009226 · OH-1004

细胞膜0.022

排名 5 · LXL04_009226 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25597.2SH3_retrovirus89-131 aa

PF07727.20RVT_2285-444 aa

PF29070.1MSC6_N1017-1159 aa

PF13041.13PPR_21044-1086 aa

PF13041.13PPR_21110-1156 aa

PF17177.11PPR_long1119-1258 aa

PF13812.13PPR_31130-1188 aa

PF23276.3TPR_241143-1237 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009226	`PF25597.2`	SH3_retrovirus	89	131	1e-16	61.1
LXL04_009226	`PF07727.20`	RVT_2	285	444	7.3e-47	160.7
LXL04_009226	`PF29070.1`	MSC6_N	1017	1159	2e-11	44.4
LXL04_009226	`PF13041.13`	PPR_2	1044	1086	1.9e-38	131.0
LXL04_009226	`PF13041.13`	PPR_2	1110	1156	1.9e-38	131.0
LXL04_009226	`PF17177.11`	PPR_long	1119	1258	6.9e-12	45.9
LXL04_009226	`PF13812.13`	PPR_3	1130	1188	1.7e-20	73.6
LXL04_009226	`PF23276.3`	TPR_24	1143	1237	3.6e-15	56.8
LXL04_009226	`PF13041.13`	PPR_2	1146	1188	1.9e-38	131.0
LXL04_009226	`PF01535.27`	PPR	1146	1174	2.1e-27	94.1
LXL04_009226	`PF29070.1`	MSC6_N	1162	1237	2e-11	44.4
LXL04_009226	`PF13812.13`	PPR_3	1200	1260	1.7e-20	73.6
LXL04_009226	`PF13041.13`	PPR_2	1212	1255	1.9e-38	131.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SAH2`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g80880, mitochondrial	46.457%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q94HW2`	拟南芥	Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE1	52.466%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LFQ4`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g15010, mitochondrial	31.640%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9ZT94`	拟南芥	Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE2	51.121%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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