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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_007894
当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 71173028-71179073 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1932 bp · LXL04_007894|LXL04_007894|OH1004|cDNA

ATGGCAATAGGGAGGAAGAGAACAGATAGAGACAAGAGGGTATTTCGGTCAAAAGTGGAAGAATCTATTTCTGAGGGACAATCTTGCGTTTTTGGATTATTTTTGGCTTCATTCACTGTTCAATTACAGGAAAAGCAAAAACTGAAAGTGAAAGAAAAGCTTGACAAGTATCACAAAGAGAAGCTGTTAGAATTCTGCAATCTGTTTGACATGCCAATTGCCAAAACTTCCGCAAAGAAGGAAGATGTTGTTGTAAAGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1932 bp · LXL04_007894|LXL04_007894|OH1004|CDS

ATGGCAATAGGGAGGAAGAGAACAGATAGAGACAAGAGGGTATTTCGGTCAAAAGTGGAAGAATCTATTTCTGAGGGACAATCTTGCGTTTTTGGATTATTTTTGGCTTCATTCACTGTTCAATTACAGGAAAAGCAAAAACTGAAAGTGAAAGAAAAGCTTGACAAGTATCACAAAGAGAAGCTGTTAGAATTCTGCAATCTGTTTGACATGCCAATTGCCAAAACTTCCGCAAAGAAGGAAGATGTTGTTGTAAAGCT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

643 aa · LXL04_007894|LXL04_007894|OH1004|PROTEIN

MAIGRKRTDRDKRVFRSKVEESISEGQSCVFGLFLASFTVQLQEKQKLKVKEKLDKYHKEKLLEFCNLFDMPIAKTSAKKEDVVVKLIDFMLTPHATTSELISKKEQSSKGKKRTSSSKKRTPPSRSSSKTTFTDILKQLAKRFSTDLTSRKASIKLMIQEELTKLADEADEEDKEEAVEAKGKLLAHSEGSSEAAYLAAGSVLDVAAKVAKGELNSAFAIVRPPGHHAEQNEPMGFCLFNNELGINKILIVDWDVHHGN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_007894
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_007894
位置Chr02:71173028-71179073 (-)
描述Similar to XLG3: Extra-large guanine nucleotide-binding protein 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g31930 鸟嘌呤核苷酸结合蛋白（G蛋白）作为各种跨膜信号系统中的调节因子或转导子参与其中（通过相似性）。
Arabidopsis extra-large G proteins (XLGs) regulate root morphogenesis.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03335.x
Regulation of root-wave response by extra large and conventional G proteins in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03506.x
At2g23460 鸟嘌呤核苷酸结合蛋白（G蛋白）作为各种跨膜信号系统中的调节因子或转导子参与其中（通过相似性）。
Arabidopsis extra-large G proteins (XLGs) regulate root morphogenesis.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03335.x
At5g61070 催化核心组蛋白H2A、H2B、H3和H4的N端赖氨酸残基去乙酰化。
Histone acetylation affects expression of cellular patterning genes in the Arabidopsis root epidermis.2005 · DOI: 10.1073/pnas.0503143102
HDA18 affects cell fate in Arabidopsis root epidermis via histone acetylation at four kinase genes.2013 · DOI: 10.1105/tpc.112.107045
At5g61060 负责核心组蛋白（H2A、H2B、H3 和 H4）N 端赖氨酸残基的去乙酰化（可能）。
Regulation of flowering time by the histone deacetylase HDA5 in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1111/tpj.12868
At4g34390 鸟嘌呤核苷酸结合蛋白（G蛋白）作为各种跨膜信号系统中的调节因子或转导子参与其中（通过相似性）。
Arabidopsis extra-large G proteins (XLGs) regulate root morphogenesis.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03335.x
Arabidopsis extra large G-protein 2 (XLG2) interacts with the Gbeta subunit of heterotrimeric G protein and functions in disease resistance.2009 · DOI: 10.1093/mp/ssp001
Ca2+-dependent GTPase, extra-large G protein 2 (XLG2), promotes activation of DNA-binding protein related to vernalization 1 (RTV1), leading to activation of floral integrator genes and early flowering in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1074/jbc.m111.317412

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007894 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0007188 adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway 生物过程
GO:0009617 response to bacterium 生物过程
GO:0009723 response to ethylene 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0010053 root epidermal cell differentiation 生物过程
GO:0034052 positive regulation of plant-type hypersensitive response 生物过程
GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0045814 negative regulation of gene expression, epigenetic 生物过程
GO:0048510 regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G31930
ath:AT2G23460
ath:AT4G34390
ath:AT5G61060
ath:AT5G61070
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.439
排名 1 · LXL04_007894 · OH-1004
细胞质0.375
排名 2 · LXL04_007894 · OH-1004
线粒体0.149
排名 3 · LXL04_007894 · OH-1004
内质网0.085
排名 4 · LXL04_007894 · OH-1004
细胞膜0.076
排名 5 · LXL04_007894 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08766.17DEK_C130-163 aa
PF00850.25Hist_deacetyl164-268 aa
PF00503.27G-alpha485-603 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_007894PF08766.17DEK_C1301634.6e-0627.2
LXL04_007894PF00850.25Hist_deacetyl1642685.5e-2589.0
LXL04_007894PF00503.27G-alpha4856032.3e-1660.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9C516拟南芥Extra-large guanine nucleotide-binding protein 372.956%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
O80462拟南芥Extra-large guanine nucleotide-binding protein 153.378%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q8LRK8拟南芥Histone deacetylase 1852.174%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q8RX28拟南芥Histone deacetylase 560.825%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
C6KIE6拟南芥Extra-large guanine nucleotide-binding protein 239.623%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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