LXL04_007585 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_007585

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 53197768-53205881 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4566 bp · LXL04_007585|LXL04_007585|OH1004|cDNA

ATGACAAATCCGTCATTGGATGCACGATCATCGAGTGTTGAGTGTCTACGGTCAGTGGTGGTACGACCCTCAAGTAACGGAGGAGTTGTGTTGCAACAACAAATCAATCAACCAGTCCCACCCTCTAAGAAATCTTCAAAGATGTTCGTAAATAAAGAGAAGGGCAATGCGTTCATTTGGATCTTCAAATTCGCACCTCGAAAGAAGATTGGAATGCTTCTCTTGTCTCTAGCGTCCTTTGGAGCTATGTTATGGATACT...

CDS

下载 CDS FASTA

4566 bp · LXL04_007585|LXL04_007585|OH1004|CDS

ATGACAAATCCGTCATTGGATGCACGATCATCGAGTGTTGAGTGTCTACGGTCAGTGGTGGTACGACCCTCAAGTAACGGAGGAGTTGTGTTGCAACAACAAATCAATCAACCAGTCCCACCCTCTAAGAAATCTTCAAAGATGTTCGTAAATAAAGAGAAGGGCAATGCGTTCATTTGGATCTTCAAATTCGCACCTCGAAAGAAGATTGGAATGCTTCTCTTGTCTCTAGCGTCCTTTGGAGCTATGTTATGGATACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1521 aa · LXL04_007585|LXL04_007585|OH1004|PROTEIN

MTNPSLDARSSSVECLRSVVVRPSSNGGVVLQQQINQPVPPSKKSSKMFVNKEKGNAFIWIFKFAPRKKIGMLLLSLASFGAMLWILYIAKGEFNQQSSTLQFSSSNIDHERVKDFDSALMNDQMKITVTHDDTMLYHHPPPPPPPSPIPPPPPPAYFTGYTLPPGNPCEHFTLPPPPADKKKTGPRPCPVCYLPVEEAIALMPKAPSFSPVLQNLTFVHDESFTKSEFGGSDFGGYPTLKQRHDSYDVRESMSVHCGFV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_007585`
TK1151 ID	TkA03G193790
OH-1004 ID	LXL04_007585
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 93.750 / OH-1004 37.475 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_007585

位置 Chr02:53197768-53205881 (-)

描述 Protein of unknown function

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g28240`	可能的糖基转移酶，参与细胞壁果胶和/或木聚糖的生物合成（根据相似性）。	Identification of Key Enzymes for Pectin Synthesis in Seed Mucilage.2018 · DOI: 10.1104/pp.18.00584
`At5g46220`	内质网神经酰胺酶，在碱性 pH下催化神经酰胺水解成鞘氨醇和游离脂肪酸。	The Arabidopsis alkaline ceramidase TOD1 is a key turgor pressure regulator in plant cells.2015 · DOI: 10.1038/ncomms7030

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007585 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006629 lipid metabolic process 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0009992 intracellular water homeostasis 生物过程

GO:0010118 stomatal movement 生物过程

GO:0010246 rhamnogalacturonan I biosynthetic process 生物过程

GO:0045491 xylan metabolic process 生物过程

GO:0048358 mucilage pectin biosynthetic process 生物过程

GO:0080001 mucilage extrusion from seed coat 生物过程

GO:1902456 regulation of stomatal opening 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G28240

ath:AT5G46220

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.357

排名 1 · LXL04_007585 · OH-1004

溶酶体／液泡0.180

排名 2 · LXL04_007585 · OH-1004

高尔基体0.177

排名 3 · LXL04_007585 · OH-1004

内质网0.142

排名 4 · LXL04_007585 · OH-1004

细胞质0.111

排名 5 · LXL04_007585 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04765.20TOD1_MUCI70216-528 aa

PF25333.2DUF2921_N652-822 aa

PF25333.2DUF2921_N897-997 aa

PF25333.2DUF2921_N1037-1193 aa

PF11145.15DUF29211204-1468 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_007585	`PF04765.20`	TOD1_MUCI70	216	528	7.1e-148	492.7
LXL04_007585	`PF25333.2`	DUF2921_N	652	822	3.7e-52	178.4
LXL04_007585	`PF25333.2`	DUF2921_N	897	997	3.7e-52	178.4
LXL04_007585	`PF25333.2`	DUF2921_N	1037	1193	3.7e-52	178.4
LXL04_007585	`PF11145.15`	DUF2921	1204	1468	2.1e-60	205.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FZ97`	拟南芥	Probable hexosyltransferase MUCI70	61.266%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6DBD7`	拟南芥	Alkaline ceramidase TOD1	35.505%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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