LXL04_007038 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_007038

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 34208821-34214813 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4044 bp · LXL04_007038|LXL04_007038|OH1004|cDNA

ATGACATCGCCATCGTCGTCCAAACccaaaaccctaaccctagatTCTACAGCCTTATTTCTTCAATCCCCACAAACCACTCTGCCTCCTccactctctttctctcttctttcaTCGCGCTCGCCTCTTCCTCCACTACCCGCAGATTTTCCCATCCCCAAACTTATCCCTAAAACTAAATTTATCGTCGACGGGTTCCGATTATCCGGCGACTACTCCGTATCCTATTTCCTCTCACATTTCCACTCAGACCACTACGG...

CDS

下载 CDS FASTA

4044 bp · LXL04_007038|LXL04_007038|OH1004|CDS

ATGACATCGCCATCGTCGTCCAAACCCAAAACCCTAACCCTAGATTCTACAGCCTTATTTCTTCAATCCCCACAAACCACTCTGCCTCCTCCACTCTCTTTCTCTCTTCTTTCATCGCGCTCGCCTCTTCCTCCACTACCCGCAGATTTTCCCATCCCCAAACTTATCCCTAAAACTAAATTTATCGTCGACGGGTTCCGATTATCCGGCGACTACTCCGTATCCTATTTCCTCTCACATTTCCACTCAGACCACTACGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1347 aa · LXL04_007038|LXL04_007038|OH1004|PROTEIN

MTSPSSSKPKTLTLDSTALFLQSPQTTLPPPLSFSLLSSRSPLPPLPADFPIPKLIPKTKFIVDGFRLSGDYSVSYFLSHFHSDHYGGINANWSKGIIFCSEITARLVIQVLQVSALFVVPLPLSEPVLIDGCEISLVDANHCPGAVQFLFKIPTADGSYERYVHTGDFRYCSSMKSETVLNEFTGADAVFLDTTYCNPKYVFPSQQESIDYVVSVIDKYSIENNGGLKSVLFLVATYVIGKEKILLEIARRCKRKIHVD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_007038`
TK1151 ID	TkA03G105280
OH-1004 ID	LXL04_007038
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_007038

位置 Chr02:34208821-34214813 (+)

描述 Similar to LIG6: DNA ligase 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g66730`	DNA 连接酶，在 DNA 复制、DNA 重组和 DNA 修复过程中密封双链 DNA 中的切口（可能）。	A plant DNA ligase is an important determinant of seed longevity.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04285.x Agrobacterium T-DNA integration into the plant genome can occur without the activity of key non-homologous end-joining proteins.2015 · DOI: 10.1111/tpj.12779
`At1g08130`	必需蛋白质。	DNA ligase 1 deficient plants display severe growth defects and delayed repair of both DNA single and double strand breaks.2009 · DOI: 10.1186/1471-2229-9-79 DNA LIGASE I exerts a maternal effect on seed development in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1242/dev.041020

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007038 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000012 single strand break repair 生物过程

GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006273 lagging strand elongation 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0006303 double-strand break repair via nonhomologous end joining 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009845 seed germination 生物过程

GO:0010225 response to UV-C 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G08130

ath:AT1G66730

ddi:DDB_G0274493

dme:Dmel_CG5602

xla:397978

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.909

排名 1 · LXL04_007038 · OH-1004

细胞质0.139

排名 2 · LXL04_007038 · OH-1004

线粒体0.038

排名 3 · LXL04_007038 · OH-1004

细胞膜0.020

排名 4 · LXL04_007038 · OH-1004

质体0.013

排名 5 · LXL04_007038 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07522.20DRMBL275-380 aa

PF04675.20DNA_ligase_A_N724-900 aa

PF01068.27DNA_ligase_A_M962-1182 aa

PF04679.22DNA_ligase_A_C1208-1319 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_007038	`PF07522.20`	DRMBL	275	380	7e-21	75.2
LXL04_007038	`PF04675.20`	DNA_ligase_A_N	724	900	6.9e-43	147.5
LXL04_007038	`PF01068.27`	DNA_ligase_A_M	962	1182	3.8e-50	171.1
LXL04_007038	`PF04679.22`	DNA_ligase_A_C	1208	1319	9.8e-20	71.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4HPZ9`	拟南芥	DNA ligase 6	55.656%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q42572`	拟南芥	DNA ligase 1	40.125%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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