LXL04_005959 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005959

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 176367527-176372388 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3171 bp · LXL04_005959|LXL04_005959|OH1004|cDNA

ATGGATAATTTCCACATATACGAAGCCATCGGCCAAGGAAAATACTCCACGGTATACAAagggaggaagaagaaaagcGTTGAATATTTCGCAATCAAAAGCGTTGATAAATCCCATAAGAGCAAGGTTCTTCAGGAAGTTAGAATTCTTCACTCTTTGGATAATTCTAATGTACTCAAATTTTATGCTTGGTATGAGACTTCTGCTCATTTGTGGTTGATTTTAGAATACTGTGTTGGAGGTGACCTCCGTACATTACT...

CDS

下载 CDS FASTA

3171 bp · LXL04_005959|LXL04_005959|OH1004|CDS

ATGGATAATTTCCACATATACGAAGCCATCGGCCAAGGAAAATACTCCACGGTATACAAAGGGAGGAAGAAGAAAAGCGTTGAATATTTCGCAATCAAAAGCGTTGATAAATCCCATAAGAGCAAGGTTCTTCAGGAAGTTAGAATTCTTCACTCTTTGGATAATTCTAATGTACTCAAATTTTATGCTTGGTATGAGACTTCTGCTCATTTGTGGTTGATTTTAGAATACTGTGTTGGAGGTGACCTCCGTACATTACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1056 aa · LXL04_005959|LXL04_005959|OH1004|PROTEIN

MDNFHIYEAIGQGKYSTVYKGRKKKSVEYFAIKSVDKSHKSKVLQEVRILHSLDNSNVLKFYAWYETSAHLWLILEYCVGGDLRTLLEQDSKLPEDSVHDLARDLVRGLRYLHSKGIIYCDLKPSNILLDENGRTKLCDFGLSRKLSDISKTPSSLLPQAKRGTPCYMAPELFHDGGVHSYASDLWALGCVLYECYAGRPPFIGKEFTQLVKCILTDPTPSLPGNPSRPFANLVSSLLIKDPTDRIQWSEICTHAYWRTQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005959`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005959

位置 Chr01:176367527-176372388 (-)

描述 Similar to RUK: Serine/threonine-protein kinase RUNKEL

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g18700`	必需蛋白，在有丝分裂过程中无论是体细胞还是合胞体，细胞板扩展时调节纺锤体微管组织。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005959 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000226 microtubule cytoskeleton organization 生物过程

GO:0000911 cytokinesis by cell plate formation 生物过程

GO:0000914 phragmoplast assembly 生物过程

GO:0003351 epithelial cilium movement involved in extracellular fluid movement 生物过程

GO:0007224 smoothened signaling pathway 生物过程

GO:0007349 cellularization 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009556 microsporogenesis 生物过程

GO:0009966 regulation of signal transduction 生物过程

GO:0010245 radial microtubular system formation 生物过程

GO:0010342 endosperm cellularization 生物过程

GO:0010467 gene expression 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G18700

hsa:54986

mmu:209012

pon:100173957

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.582

排名 1 · LXL04_005959 · OH-1004

细胞核0.318

排名 2 · LXL04_005959 · OH-1004

高尔基体0.094

排名 3 · LXL04_005959 · OH-1004

细胞膜0.087

排名 4 · LXL04_005959 · OH-1004

溶酶体／液泡0.068

排名 5 · LXL04_005959 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase4-256 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr5-252 aa

PF03109.23ABC166-149 aa

PF23606.2HEAT_ULK4864-1049 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005959	`PF00069.32`	Pkinase	4	256	2.5e-65	221.2
LXL04_005959	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	5	252	7.9e-41	140.8
LXL04_005959	`PF03109.23`	ABC1	66	149	5.6e-07	29.7
LXL04_005959	`PF23606.2`	HEAT_ULK4	864	1049	4.2e-58	196.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JY37`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase RUNKEL	59.484%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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