LXL04_005675 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005675

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 170776523-170777938 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1254 bp · LXL04_005675|LXL04_005675|OH1004|cDNA

ATGGTGGTAGTGCAAGTGAGGGGTTTATCATCCGCCAAACGGCTTTACCAGACGATCTGGTATCAATGCTCACGAACAATTACATCCAACAGATTGATTCAGGAGCCAATTTCTCGAATCCAAACAACACTTGACTCAGAAATGGTGGGAAAATCAGGCATCGAAAACCTCGACCTTTCATGGGATTCGCTCCTGACTTCTATTCGTTCTTCCGCCCCTCACAAAGCTCAGCTCGTTCTTGAACGGGGGTTACAGAAATT...

CDS

下载 CDS FASTA

1254 bp · LXL04_005675|LXL04_005675|OH1004|CDS

ATGGTGGTAGTGCAAGTGAGGGGTTTATCATCCGCCAAACGGCTTTACCAGACGATCTGGTATCAATGCTCACGAACAATTACATCCAACAGATTGATTCAGGAGCCAATTTCTCGAATCCAAACAACACTTGACTCAGAAATGGTGGGAAAATCAGGCATCGAAAACCTCGACCTTTCATGGGATTCGCTCCTGACTTCTATTCGTTCTTCCGCCCCTCACAAAGCTCAGCTCGTTCTTGAACGGGGGTTACAGAAATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

417 aa · LXL04_005675|LXL04_005675|OH1004|PROTEIN

MVVVQVRGLSSAKRLYQTIWYQCSRTITSNRLIQEPISRIQTTLDSEMVGKSGIENLDLSWDSLLTSIRSSAPHKAQLVLERGLQKLQKENEKNHDIYLELIHICAKIQNPKTAMRVFTLMENQGLKPTTTILNALISAHISSGNTITSLSIFQTMQNSDDYKPTSHTYNLFISSFANYGNSKAMLAWYESKMNLGFSADLDTYEAIILGCIKLKRYEEANRFYKEMLSSPQIKPNTSILNNMLMGLCEQNDLDKIRDFL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005675`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005675

位置 Chr01:170776523-170777938 (-)

描述 Similar to At4g26680: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g26680, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g26680`	含五重复肽 (Pentatricopeptide repeat) 的蛋白质 At4g26680，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At5g38730`	含五基重复肽的蛋白 At5g38730。	暂无已核实直接文献
`At2g30780`	含五十四次肽重复（PPR）蛋白At2g30780。	暂无已核实直接文献
`At5g48730`	含有五肽重复序列的叶绿体蛋白质 At5g48730。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0750400`	通过促进叶绿体中II类内含子的剪接，参与质体翻译机器的生物发生。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005675 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000373 Group II intron splicing 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006417 regulation of translation 生物过程

GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003727 single-stranded RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G30780

ath:AT4G26680

ath:AT5G38730

ath:AT5G48730

dosa:Os02g0750400

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.834

排名 1 · LXL04_005675 · OH-1004

质体0.090

排名 2 · LXL04_005675 · OH-1004

细胞核0.052

排名 3 · LXL04_005675 · OH-1004

细胞质0.043

排名 4 · LXL04_005675 · OH-1004

细胞膜0.011

排名 5 · LXL04_005675 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N54-185 aa

PF13812.13PPR_398-139 aa

PF23276.3TPR_2498-227 aa

PF13041.13PPR_2128-178 aa

PF29070.1MSC6_N200-296 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005675	`PF29070.1`	MSC6_N	54	185	1.2e-18	68.1
LXL04_005675	`PF13812.13`	PPR_3	98	139	1.4e-15	57.9
LXL04_005675	`PF23276.3`	TPR_24	98	227	1.2e-07	32.4
LXL04_005675	`PF13041.13`	PPR_2	128	178	1.5e-19	70.6
LXL04_005675	`PF29070.1`	MSC6_N	200	296	1.2e-18	68.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SZ10`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g26680, mitochondrial	25.854%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FKR3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g38730	25.591%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O49343`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g30780	21.975%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FKC3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g48730, chloroplastic	23.588%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A3ABE1`	水稻	Pentatricopeptide repeat-containing protein PPR5 homolog, chloroplastic	23.304%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情