LXL04_003694 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003694

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 94819942-94821483 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1420 bp · LXL04_003694|LXL04_003694|OH1004|cDNA

ATGACTAAAGATTACGTGATAAACCCAGATAGATTCAAGAATTTCTTCAACGAATTGGACACTCGTAGAACCCTGCTCACAACTGTCACTGACCTCAACAACAAATTAGTAAATCATTTCATTTCTTTAGAAGAAACCCTCAACCAAAAATCACTAACGTTAGATACCCAGATCGAGAAATTCAAGCAAGATACCGAGAAAAACCTCGAATCTCTTCGGATTCGCGAGAGTGCTCTTCCTGAAAAGGAAGTTACGTTGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1413 bp · LXL04_003694|LXL04_003694|OH1004|CDS

ATGACTAAAGATTACGTGATAAACCCAGATAGATTCAAGAATTTCTTCAACGAATTGGACACTCGTAGAACCCTGCTCACAACTGTCACTGACCTCAACAACAAATTAGTAAATCATTTCATTTCTTTAGAAGAAACCCTCAACCAAAAATCACTAACGTTAGATACCCAGATCGAGAAATTCAAGCAAGATACCGAGAAAAACCTCGAATCTCTTCGGATTCGCGAGAGTGCTCTTCCTGAAAAGGAAGTTACGTTGGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

470 aa · LXL04_003694|LXL04_003694|OH1004|PROTEIN

MTKDYVINPDRFKNFFNELDTRRTLLTTVTDLNNKLVNHFISLEETLNQKSLTLDTQIEKFKQDTEKNLESLRIRESALPEKEVTLAARVRQLEYSAINDIKNGSISDGKKKRMSDLFRMWFRRMDSKGLMEYLLANRKKYEVLRMETAMAAEEAIDLPAFVLEAVEDYLELKISGKFGGLAPTRCACGILIQAAFPIPPGGEPHAGGGVSSKLKERSAMVMEKWKGVLGSGGGGGGPGYREDIVASGEAILFLTMVMGF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003694`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_003694

位置 Chr01:94819942-94821483 (-)

描述 Similar to FRL4A: FRIGIDA-like protein 4a

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g22440`	FRIGIDA样蛋白 4a。	暂无已核实直接文献
`At4g14900`	FRIGIDA 样蛋白 4b。	暂无已核实直接文献
`At5g48385`	FRIGIDA 样蛋白 3。	暂无已核实直接文献
`At5g16320`	对FRI介导的FLC转录上调是必需的，但与FRI不冗余，仅与FRL2部分冗余。	FRIGIDA-related genes are required for the winter-annual habit in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1073/pnas.0306778101 FRIGIDA LIKE 2 is a functional allele in Landsberg erecta and compensates for a nonsense allele of FRIGIDA LIKE 1.2006 · DOI: 10.1104/pp.106.085571 The FRIGIDA complex activates transcription of FLC, a strong flowering repressor in Arabidopsis, by recruiting chromatin modification factors.2011 · DOI: 10.1105/tpc.110.075911
`UniProt: A0SWL0`	参与开花时间的调控。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003694 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G22440

ath:AT4G14900

ath:AT5G16320

ath:AT5G48385

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.933

排名 1 · LXL04_003694 · OH-1004

细胞质0.104

排名 2 · LXL04_003694 · OH-1004

细胞膜0.040

排名 3 · LXL04_003694 · OH-1004

内质网0.028

排名 4 · LXL04_003694 · OH-1004

质体0.016

排名 5 · LXL04_003694 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07899.17Frigida119-395 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003694	`PF07899.17`	Frigida	119	395	1.8e-54	185.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LUV4`	拟南芥	FRIGIDA-like protein 4a	27.907%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q940H8`	拟南芥	FRIGIDA-like protein 4b	27.602%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q67ZB3`	拟南芥	FRIGIDA-like protein 3	28.522%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FFF1`	拟南芥	FRIGIDA-like protein 1	24.211%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A0SWL0`	拟南芥	FRIGIDA-like protein 2	20.861%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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