LXL04_002154 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_002154

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 42827600-42828370 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

771 bp · LXL04_002154|LXL04_002154|OH1004|cDNA

ATGGCGGAAAAAATACATCCTTCTGCCAAGCCAACAGCCGGAAACAACCACGCCCCTCCAACCGCCTTCGCCGCCAATGGTAACCCTCCATTTCCAGCCAACAAAGCTCAACTCTACAACTCAACACGTCCGGTCTACCGTCCTCTACCCCGACGAAATCGCCGTAGCTGTTGGTGCTCTTGTTGCCTCTGGATTACTTTAGTTCTCATCCTTCTGATCGTCATCGCCGCCGTCGCTGGCGGAGTGTTTTACGTCCTTTA...

CDS

下载 CDS FASTA

771 bp · LXL04_002154|LXL04_002154|OH1004|CDS

ATGGCGGAAAAAATACATCCTTCTGCCAAGCCAACAGCCGGAAACAACCACGCCCCTCCAACCGCCTTCGCCGCCAATGGTAACCCTCCATTTCCAGCCAACAAAGCTCAACTCTACAACTCAACACGTCCGGTCTACCGTCCTCTACCCCGACGAAATCGCCGTAGCTGTTGGTGCTCTTGTTGCCTCTGGATTACTTTAGTTCTCATCCTTCTGATCGTCATCGCCGCCGTCGCTGGCGGAGTGTTTTACGTCCTTTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

256 aa · LXL04_002154|LXL04_002154|OH1004|PROTEIN

MAEKIHPSAKPTAGNNHAPPTAFAANGNPPFPANKAQLYNSTRPVYRPLPRRNRRSCWCSCCLWITLVLILLIVIAAVAGGVFYVLYRPHRPSFAISSLQVSQFNLTSSNQLNTRFNFTVTARNPNKKIAFYYDLVSVSIDSKGVGVGDGSIPAFVMPKKNTTKLRTILSTTGRSVDDDSGLKSDLKNKKSLPLTIKLDTKVKVKIGSLKTKKVPIRVVCQGIKVTPPTGKLATTATTSNVKCKVDLRIKIWKWRI

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002154`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002154

位置 Chr01:42827600-42828370 (+)

描述 Similar to NHL13: NDR1/HIN1-like protein 13

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g27080`	植物对细菌病原体丁香假单胞菌的免疫力所必需的。番茄 DC3000。	Pseudomonas syringae Effector Avirulence Protein E Localizes to the Host Plasma Membrane and Down-Regulates the Expression of the NONRACE-SPECIFIC DISEASE RESISTANCE1/HARPIN-INDUCED1-LIKE13 Gene Required for Antibacterial Immunity in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1104/pp.15.00547
`At1g65690`	在非生物胁迫诱导的脱落酸信号传导和生物合成中发挥重要作用。	Overexpression of the NDR1/HIN1-Like Gene NHL6 Modifies Seed Germination in Response to Abscisic Acid and Abiotic Stresses in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1371/journal.pone.0148572
`At3g11650`	可能在植物免疫中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At2g35980`	可能在植物免疫中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At5g06320`	赋予对丁香假单胞菌 pv. 的抗性番茄 DC3000。	The Arabidopsis NHL3 gene encodes a plasma membrane protein and its overexpression correlates with increased resistance to Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000.2003 · DOI: 10.1104/pp.103.020438

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002154 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0010116 positive regulation of abscisic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0010150 leaf senescence 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

GO:0051707 response to other organism 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G65690

ath:AT2G27080

ath:AT2G35980

ath:AT3G11650

ath:AT5G06320

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.811

排名 1 · LXL04_002154 · OH-1004

细胞质0.089

排名 2 · LXL04_002154 · OH-1004

内质网0.084

排名 3 · LXL04_002154 · OH-1004

细胞外0.074

排名 4 · LXL04_002154 · OH-1004

细胞核0.049

排名 5 · LXL04_002154 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03168.20LEA_2119-220 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_002154	`PF03168.20`	LEA_2	119	220	5.8e-13	49.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZVD2`	拟南芥	NDR1/HIN1-like protein 13	31.618%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8LD98`	拟南芥	NDR1/HIN1-like protein 6	31.771%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SRN1`	拟南芥	NDR1/HIN1-like protein 2	28.061%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SJ52`	拟南芥	NDR1/HIN1-like protein 10	29.379%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FNH6`	拟南芥	NDR1/HIN1-like protein 3	27.568%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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