LXL04_001993 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001993

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 38553396-38555360 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1071 bp · LXL04_001993|LXL04_001993|OH1004|cDNA

ATGATCGTAAAGATTTATATTCCCATAATCTGCAGGAAACAGAACAGGAAGAAACAACCAACATGGCGGATATTCTCATTGAAGGAACTGCATGCTGCTACAAACAATTTCAATTATGATAACAAGCTTGGGGAAGGTGGATTTGGCAGCGTTTACTGGGGCCAACTTTGGGATGGATCTCAGATTGCCGTGAAACGATTGAAGGTTTATAGCAACAAAGCAGAGATGGAATTCGCTGTTGAGGTTGAGATTCTTGCACG...

CDS

下载 CDS FASTA

1071 bp · LXL04_001993|LXL04_001993|OH1004|CDS

ATGATCGTAAAGATTTATATTCCCATAATCTGCAGGAAACAGAACAGGAAGAAACAACCAACATGGCGGATATTCTCATTGAAGGAACTGCATGCTGCTACAAACAATTTCAATTATGATAACAAGCTTGGGGAAGGTGGATTTGGCAGCGTTTACTGGGGCCAACTTTGGGATGGATCTCAGATTGCCGTGAAACGATTGAAGGTTTATAGCAACAAAGCAGAGATGGAATTCGCTGTTGAGGTTGAGATTCTTGCACG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

356 aa · LXL04_001993|LXL04_001993|OH1004|PROTEIN

MIVKIYIPIICRKQNRKKQPTWRIFSLKELHAATNNFNYDNKLGEGGFGSVYWGQLWDGSQIAVKRLKVYSNKAEMEFAVEVEILARVRHKNLLNLRGYCAEGQERLIVYDYMPNLSLLSHLHGQHSAECLLDWNRRMKIALGSAEGILYLHHHATPHIIHRDIKASNVLLDADFKAQVADFGFAKLIPDGATHVTTRVKGTLGYLAPEYAMLGKASESCDVYSFGILLLELASGKKPIEKINSTRRSITEWALPLACQK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001993`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_001993

位置 Chr01:38553396-38555360 (-)

描述 Similar to At3g15890: PTI1-like tyrosine-protein kinase At3g15890

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g15890`	PTI1样酪氨酸蛋白激酶 At3g15890。	暂无已核实直接文献
`At1g70460`	负向调控根毛伸长。	暂无已核实直接文献
`At3g24540`	富脯氨酸受体样蛋白激酶 PERK3。	暂无已核实直接文献
`At1g68690`	可能参与根生长的负调控。	暂无已核实直接文献
`At3g24550`	富脯氨酸受体样蛋白激酶 PERK1。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001993 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006995 cellular response to nitrogen starvation 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:1990641 response to iron ion starvation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G68690

ath:AT1G70460

ath:AT3G15890

ath:AT3G24550

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.660

排名 1 · LXL04_001993 · OH-1004

细胞质0.272

排名 2 · LXL04_001993 · OH-1004

细胞核0.191

排名 3 · LXL04_001993 · OH-1004

内质网0.045

排名 4 · LXL04_001993 · OH-1004

高尔基体0.036

排名 5 · LXL04_001993 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase38-251 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr39-246 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001993	`PF00069.32`	Pkinase	38	251	4.7e-42	144.9
LXL04_001993	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	39	246	6.2e-43	147.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LSC2`	拟南芥	PTI1-like tyrosine-protein kinase At3g15890	61.224%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9CAL8`	拟南芥	Proline-rich receptor-like protein kinase PERK13	48.797%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q1PEM5`	拟南芥	Proline-rich receptor-like protein kinase PERK3	46.226%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SX31`	拟南芥	Proline-rich receptor-like protein kinase PERK9	47.315%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LV48`	拟南芥	Proline-rich receptor-like protein kinase PERK1	48.123%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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