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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_001983
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 38429589-38432861 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2250 bp · LXL04_001983|LXL04_001983|OH1004|cDNA

ATGCCACGTACTCCGATGGAAAACAAAAGCAGCTCTCAACCTCCTCCCATGGAGGTTACCGGTACTTCCCCTCTACCATACTTACTATACTTTCTAAATAAGCCAGATATTAAGATGATTTGTGTGGGTGACATGGATAATTCATCTGAGACTGGTCCAATTCCGGCCAGAATTCCCCGGCGTTCCGGCGACACTGATCATGATCTTGACAACAATAAGGATATTAGCTTGCGACAGTGGTTAGATAACCCAGAAAGAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2250 bp · LXL04_001983|LXL04_001983|OH1004|CDS

ATGCCACGTACTCCGATGGAAAACAAAAGCAGCTCTCAACCTCCTCCCATGGAGGTTACCGGTACTTCCCCTCTACCATACTTACTATACTTTCTAAATAAGCCAGATATTAAGATGATTTGTGTGGGTGACATGGATAATTCATCTGAGACTGGTCCAATTCCGGCCAGAATTCCCCGGCGTTCCGGCGACACTGATCATGATCTTGACAACAATAAGGATATTAGCTTGCGACAGTGGTTAGATAACCCAGAAAGAGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

749 aa · LXL04_001983|LXL04_001983|OH1004|PROTEIN

MPRTPMENKSSSQPPPMEVTGTSPLPYLLYFLNKPDIKMICVGDMDNSSETGPIPARIPRRSGDTDHDLDNNKDISLRQWLDNPERAIDPLENMHIFMQIVKIVTLAHSQGLVVHNIRPSCFVMSSFSHVSFIESASCSDSSSDSYQDVTSSQTDCYKHLPNDLLKRSENTWSEVTVKEEEEETKHVFPMKQILQMEMNWYTSPEETTGGPSSCASDVYRLGVLLFELYYPCSSPEEKNATMSTLKHRLFPPQFHCKWPK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_001983
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_001983
位置Chr01:38429589-38432861 (-)
描述Similar to SPA3: Protein SPA1-RELATED 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g15354 光形态发生的阻遏物。
The SPA1-like proteins SPA3 and SPA4 repress photomorphogenesis in the light.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01813.x
Functional and expression analysis of Arabidopsis SPA genes during seedling photomorphogenesis and adult growth.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02812.x
Arabidopsis SPA proteins regulate photoperiodic flowering and interact with the floral inducer CONSTANS to regulate its stability.2006 · DOI: 10.1242/dev.02481
At1g53090 光形态发生的阻遏物。
The SPA1-like proteins SPA3 and SPA4 repress photomorphogenesis in the light.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01813.x
Functional and expression analysis of Arabidopsis SPA genes during seedling photomorphogenesis and adult growth.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02812.x
Arabidopsis SPA proteins regulate photoperiodic flowering and interact with the floral inducer CONSTANS to regulate its stability.2006 · DOI: 10.1242/dev.02481
At4g11110 参与抑制黑暗生长的幼苗的光形态建成。
The SPA quartet: a family of WD-repeat proteins with a central role in suppression of photomorphogenesis in arabidopsis.2004 · DOI: 10.1105/tpc.104.024216
Functional and expression analysis of Arabidopsis SPA genes during seedling photomorphogenesis and adult growth.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02812.x
UniProt: Q9SYX2 控制正常光周期开花并调节昼夜节律。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001983 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009585 red, far-red light phototransduction 生物过程
GO:0009637 response to blue light 生物过程
GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程
GO:0009658 chloroplast organization 生物过程
GO:0010017 red or far-red light signaling pathway 生物过程
GO:0010100 negative regulation of photomorphogenesis 生物过程
GO:0010114 response to red light 生物过程
GO:0010218 response to far red light 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0048575 short-day photoperiodism, flowering 生物过程
GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G53090
ath:AT2G46340
ath:AT3G15354
ath:AT4G11110
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.481
排名 1 · LXL04_001983 · OH-1004
细胞质0.434
排名 2 · LXL04_001983 · OH-1004
细胞膜0.076
排名 3 · LXL04_001983 · OH-1004
线粒体0.053
排名 4 · LXL04_001983 · OH-1004
溶酶体／液泡0.051
排名 5 · LXL04_001983 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st438-602 aa
PF23389.2Beta-prop_WDR19_1st438-575 aa
PF25175.2Beta-prop_WDR5440-692 aa
PF25391.2WD40_Gbeta441-605 aa
PF24796.2WDR55445-645 aa
PF23775.2Beta-prop_RIG_2nd453-536 aa
PF25168.2Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd454-595 aa
PF23383.2Beta-prop_IFT140_1st480-568 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_001983PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st4386026e-2898.5
LXL04_001983PF23389.2Beta-prop_WDR19_1st4385758.2e-0935.6
LXL04_001983PF25175.2Beta-prop_WDR54406923.9e-34119.0
LXL04_001983PF25391.2WD40_Gbeta4416051e-1145.2
LXL04_001983PF24796.2WDR554456457.2e-1555.5
LXL04_001983PF23775.2Beta-prop_RIG_2nd4535368.1e-1039.3
LXL04_001983PF25168.2Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd4545958.4e-1555.6
LXL04_001983PF23383.2Beta-prop_IFT140_1st4805681.6e-0834.4
LXL04_001983PF25174.2Beta-prop_THOC34906902.3e-2899.7
LXL04_001983PF29037.1DSE1_N4915637.9e-1348.9
LXL04_001983PF23409.2Beta-prop_EML4955628.8e-0936.0
LXL04_001983PF24105.2Beta-prop_CAF1B_HIR15025657.9e-1039.0
LXL04_001983PF24817.2WD40_WDHD1_1st5045703.7e-2279.6
LXL04_001983PF23414.2Beta-prop_EML_25046509.3e-1968.5
LXL04_001983PF25047.1Beta-prop_TEP1_2nd5046651.3e-1557.9
LXL04_001983PF23393.3Beta-prop_WDR90_POC16_2nd5045791.2e-0835.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LJR3拟南芥Protein SPA1-RELATED 356.010%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q94BM7拟南芥Protein SPA1-RELATED 458.355%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9T014拟南芥Protein SPA1-RELATED 239.318%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SYX2拟南芥Protein SUPPRESSOR OF PHYA-105 138.755%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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