RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_001010
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 18442862-18445660 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2799 bp · LXL04_001010|LXL04_001010|OH1004|cDNA

ATGGCAATTAATTTTGGGCTCATGACTATGCCACTAACGACAGTGAAGGCTTCCATTATTGGGAAAATTAGCGACGATAATATCCAGTCTGTTTCTAAAGTCTCTCGCAATTCCGTTAACATTTATCCTCCAAGAACCCTGAATGAAGCTTTCATTTCTCTTGCAAACAATCTCATTGACCAAGACACACGTTACAACACCAGTTGTTTAGATAATGCTTATTCGTTGATTCTTGAGCGGTGTTCCACACAAGAATCTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2799 bp · LXL04_001010|LXL04_001010|OH1004|CDS

ATGGCAATTAATTTTGGGCTCATGACTATGCCACTAACGACAGTGAAGGCTTCCATTATTGGGAAAATTAGCGACGATAATATCCAGTCTGTTTCTAAAGTCTCTCGCAATTCCGTTAACATTTATCCTCCAAGAACCCTGAATGAAGCTTTCATTTCTCTTGCAAACAATCTCATTGACCAAGACACACGTTACAACACCAGTTGTTTAGATAATGCTTATTCGTTGATTCTTGAGCGGTGTTCCACACAAGAATCTTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

932 aa · LXL04_001010|LXL04_001010|OH1004|PROTEIN

MAINFGLMTMPLTTVKASIIGKISDDNIQSVSKVSRNSVNIYPPRTLNEAFISLANNLIDQDTRYNTSCLDNAYSLILERCSTQESLSQIKQVHCHVLKSCYVVDTTFLSTKLVFAYGKSGFSSDAQKVFDKMPERSIFTWNAMIGSHMTNGEHFEAIELFQNMNALGVQADASTFTSILKACGELEDLCYGIQVHGMATKLGFLSNMYVSNSLLGMYAKCNDSSSAMLMFKLISEKADVVSWNSIISSYSASGKTMEAL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_001010
TK1151 IDTkA01G566980
OH-1004 IDLXL04_001010
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)82.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 97.579 / OH-1004 66.845
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_001010
位置Chr01:18442862-18445660 (-)
描述Similar to PCMP-H83: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g63370, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g63370 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472
At4g13650 含五重复肽基序蛋白 At4g13650。 暂无已核实直接文献
At3g57430 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472
At3g03580 含五肽重复序列的蛋白 At3g03580。 暂无已核实直接文献
At4g18750 在叶绿体中的单 RNA 编辑事件中发挥重要作用。
Identification of two pentatricopeptide repeat genes required for RNA editing and zinc binding by C-terminal cytidine deaminase-like domains.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m113.485755

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001010 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G57430
ath:AT3G63370
ath:AT4G13650
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.564
排名 1 · LXL04_001010 · OH-1004
质体0.308
排名 2 · LXL04_001010 · OH-1004
细胞核0.045
排名 3 · LXL04_001010 · OH-1004
细胞质0.030
排名 4 · LXL04_001010 · OH-1004
细胞膜0.006
排名 5 · LXL04_001010 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_2137-183 aa
PF01535.27PPR139-169 aa
PF23276.3TPR_24225-335 aa
PF13812.13PPR_3237-285 aa
PF12854.14PPR_1238-267 aa
PF13041.13PPR_2239-285 aa
PF01535.27PPR241-267 aa
PF13041.13PPR_2339-378 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_001010PF13041.13PPR_21371831.2e-78259.8
LXL04_001010PF01535.27PPR1391699.3e-77248.8
LXL04_001010PF23276.3TPR_242253352.4e-2176.8
LXL04_001010PF13812.13PPR_32372853e-30104.8
LXL04_001010PF12854.14PPR_12382671.2e-47160.1
LXL04_001010PF13041.13PPR_22392851.2e-78259.8
LXL04_001010PF01535.27PPR2412679.3e-77248.8
LXL04_001010PF13041.13PPR_23393781.2e-78259.8
LXL04_001010PF01535.27PPR3423699.3e-77248.8
LXL04_001010PF13041.13PPR_24414771.2e-78259.8
LXL04_001010PF01535.27PPR4434739.3e-77248.8
LXL04_001010PF13041.13PPR_25385751.2e-78259.8
LXL04_001010PF01535.27PPR5405699.3e-77248.8
LXL04_001010PF13041.13PPR_26396861.2e-78259.8
LXL04_001010PF01535.27PPR6416699.3e-77248.8
LXL04_001010PF20431.5E_motif7568184.2e-2588.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9M1V3拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g63370, chloroplastic47.784%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SVP7拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g1365036.895%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q7Y211拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g57430, chloroplastic35.971%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SS60拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g0358034.289%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SN39拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein DOT4, chloroplastic36.143%Swiss-Prot中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看