LXL04_000469 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000469

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 8582683-8584400 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1077 bp · LXL04_000469|LXL04_000469|OH1004|cDNA

ATGGCTCTTATGCTTCCCACTCCATCATTTTCTTTTATGAACTCTTCCCTAAACCATGACATGAAATCTCACAAGCTCGATGGCAGAGCAGGGATCATACATATGCATGggattttaaaatttaaaagtcCTACAAAGGTAAATGCCACAAAATTTGGTAGCATGTTCGACCCAGAAAAAAGGGGTCCAAACATGGTTTCAAATCTTGGTTCAGGAAAAATGATTGAAGATGACTTTGTATTCCAAGAAACTTTTCGTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1077 bp · LXL04_000469|LXL04_000469|OH1004|CDS

ATGGCTCTTATGCTTCCCACTCCATCATTTTCTTTTATGAACTCTTCCCTAAACCATGACATGAAATCTCACAAGCTCGATGGCAGAGCAGGGATCATACATATGCATGGGATTTTAAAATTTAAAAGTCCTACAAAGGTAAATGCCACAAAATTTGGTAGCATGTTCGACCCAGAAAAAAGGGGTCCAAACATGGTTTCAAATCTTGGTTCAGGAAAAATGATTGAAGATGACTTTGTATTCCAAGAAACTTTTCGTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

358 aa · LXL04_000469|LXL04_000469|OH1004|PROTEIN

MALMLPTPSFSFMNSSLNHDMKSHKLDGRAGIIHMHGILKFKSPTKVNATKFGSMFDPEKRGPNMVSNLGSGKMIEDDFVFQETFRIRVYEVGANQTASTETLMNHLLETTANHMKKIGLMDNGFGSEEMSKQNLAWVVAKIQMIVDTYPTWGDIVQIKTWKSAYGKNGVCCNLTFSDGKTGDILVKASSFWVMMNRNTRKISKFPNQVRVKLEQYLVDTPPIVEQDMPRTWSKKSDTIDEHVYKGLKPRWIDLDINQHV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000469`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000469

位置 Chr01:8582683-8584400 (+)

描述 Similar to FATB1: Palmitoyl-acyl carrier protein thioesterase, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g08510`	在脂肪酸从头合成过程中的链终止中发挥重要作用。	Accumulation of palmitate in Arabidopsis mediated by the acyl-acyl carrier protein thioesterase FATB1.2000 · DOI: 10.1104/pp.123.2.637 Characterization of substrate specificity of plant FatA and FatB acyl-ACP thioesterases.2002 · DOI: 10.1016/s0003-9861(02)00017-6 Disruption of the FATB gene in Arabidopsis demonstrates an essential role of saturated fatty acids in plant growth.2003 · DOI: 10.1105/tpc.008946 A structural model of the plant acyl-acyl carrier protein thioesterase FatB comprises two helix/4-stranded sheet domains, the N-terminal domain containing residues that affect specificity and the C-terminal domain containing catalytic residues.2005 · DOI: 10.1074/jbc.m411351200 A MYB transcription factor regulates very-long-chain fatty acid biosynthesis for activation of the hypersensitive cell death response in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1105/tpc.107.054858

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000469 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006633 fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0000036 acyl carrier activity 分子功能

GO:0016297 fatty acyl-[ACP] hydrolase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G08510

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.869

排名 1 · LXL04_000469 · OH-1004

线粒体0.158

排名 2 · LXL04_000469 · OH-1004

细胞质0.030

排名 3 · LXL04_000469 · OH-1004

细胞核0.025

排名 4 · LXL04_000469 · OH-1004

过氧化物酶体0.016

排名 5 · LXL04_000469 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01643.24Acyl-ACP_TE80-210 aa

PF20791.4Acyl-ACP_TE_C239-345 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000469	`PF01643.24`	Acyl-ACP_TE	80	210	2.2e-33	115.5
LXL04_000469	`PF20791.4`	Acyl-ACP_TE_C	239	345	1.6e-21	77.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SJE2`	拟南芥	Palmitoyl-acyl carrier protein thioesterase, chloroplastic	47.405%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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