LXL04_000405 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000405

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 7518077-7521037 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2606 bp · LXL04_000405|LXL04_000405|OH1004|cDNA

AACAAAAGAGACAAACAAACGCTCTGACACACACCCCGACCCTTCAACAACGCACGCACAAACATCCCCGTTACCGCCTTTGCCTTTTCCTTTTTCTAAAACCCTCCccttctttctctctctaaaaccCACCTCCATTGATTCCacaaaacaacaaacaaaaaaaaccCGTTTCAAATTCCTTCAACATTCCTGCAAATCCTCCCAAGAATCTCCAGACAGCTTCATCAAATCTCCCTGTCATTTTCACTCCTCTTAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2469 bp · LXL04_000405|LXL04_000405|OH1004|CDS

TTGATTCCACAAAACAACAAACAAAAAAAACCCGTTTCAAATTCCTTCAACATTCCTGCAAATCCTCCCAAGAATCTCCAGACAGCTTCATCAAATCTCCCTGTCATTTTCACTCCTCTTAAGGAACCCCAGATGATGAACATGAACAGACCTCCGAATGAAGATTTCTCGCTCAAAGAGACTAAACCTCACCTCGGTGGAGGAAAAGTCACCGGAGATAAGCTCACAAGCACCTACGACCTCGTCGAACAAATGCAGTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

822 aa · LXL04_000405|LXL04_000405|OH1004|PROTEIN

MIPQNNKQKKPVSNSFNIPANPPKNLQTASSNLPVIFTPLKEPQMMNMNRPPNEDFSLKETKPHLGGGKVTGDKLTSTYDLVEQMQYLYVRVVKAKDLPTKDVTGSCDPYVEVRMGNYKGTTRHFEKKTNPEWNQVFSFSKDRIQATMLEVTVKDKDLMKDDIMGGVLFDLNEVPKRVPPDSPLAPQWYRLSDRKGDKLKGELMLAVWWGTQADEAFPEAWHSDAAAVSADGLASIRSKVYLSPKLWYLRVNVIEAQDLI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000405`
TK1151 ID	TkA01G613880
OH-1004 ID	LXL04_000405
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 94.647 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000405

位置 Chr01:7518077-7521037 (-)

描述 Similar to FTIP3: FT-interacting protein 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g57880`	在顶端分生组织 (SAM) 中的芽干细胞增殖和分化中必需，从而通过控制 STM 在芽顶的亚细胞定位和细胞间运输，决定芽干细胞的维持与其分化为其他地上植物部分之间的适当平衡。	FTIP-Dependent STM Trafficking Regulates Shoot Meristem Development in Arabidopsis.2018 · DOI: 10.1016/j.celrep.2018.04.033
`At1g51570`	在顶端分生组织 (SAM) 中的芽干细胞增殖和分化中必需，从而通过控制 STM 在芽顶的亚细胞定位和细胞间运输，决定芽干细胞的维持与其分化为其他地上植物部分之间的适当平衡。	FTIP-Dependent STM Trafficking Regulates Shoot Meristem Development in Arabidopsis.2018 · DOI: 10.1016/j.celrep.2018.04.033
`At5g12970`	可能通过调节其他调控因子的运输发挥信号分子的功能。	暂无已核实直接文献
`At5g06850`	参与通过胞间连丝将 FT 从韧皮部伴胞输出到筛管元素的过程。	FTIP1 is an essential regulator required for florigen transport.2012 · DOI: 10.1371/journal.pbio.1001313 Characterization of Multiple C2 Domain and Transmembrane Region Proteins in Arabidopsis.2018 · DOI: 10.1104/pp.17.01144

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0370600`	促进转录因子 OSH1 的核转位，在花药发育后期直接抑制生长素生物合成基因 YUCCA4。	OsFTIP7 determines auxin-mediated anther dehiscence in rice.2018 · DOI: 10.1038/s41477-018-0175-0

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000405 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009663 plasmodesma organization 生物过程

GO:0009901 anther dehiscence 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009911 positive regulation of flower development 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0010930 negative regulation of auxin mediated signaling pathway 生物过程

GO:0048574 long-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0048578 positive regulation of long-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:1902182 shoot apical meristem development 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G51570

ath:AT3G57880

ath:AT5G06850

ath:AT5G12970

dosa:Os05g0370600

osa:4338582

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.363

排名 1 · LXL04_000405 · OH-1004

细胞膜0.358

排名 2 · LXL04_000405 · OH-1004

细胞质0.244

排名 3 · LXL04_000405 · OH-1004

高尔基体0.192

排名 4 · LXL04_000405 · OH-1004

细胞核0.085

排名 5 · LXL04_000405 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00168.37C287-190 aa

PF00168.37C2247-353 aa

PF00168.37C2409-522 aa

PF06398.18Pex24p640-803 aa

PF08372.17PRT_C667-822 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000405	`PF00168.37`	C2	87	190	3.4e-69	230.4
LXL04_000405	`PF00168.37`	C2	247	353	3.4e-69	230.4
LXL04_000405	`PF00168.37`	C2	409	522	3.4e-69	230.4
LXL04_000405	`PF06398.18`	Pex24p	640	803	8.4e-07	29.0
LXL04_000405	`PF08372.17`	PRT_C	667	822	1.9e-83	278.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M2R0`	拟南芥	FT-interacting protein 3	86.469%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C8H3`	拟南芥	FT-interacting protein 4	84.170%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LXU2`	拟南芥	Multiple C2 domain and transmembrane region protein 5	79.510%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FL59`	拟南芥	FT-interacting protein 1	67.684%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q60EW9`	水稻	FT-interacting protein 7	81.572%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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