LXL04_000361 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000361

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 6612576-6616365 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1653 bp · LXL04_000361|LXL04_000361|OH1004|cDNA

ATGGCTACAACTGCTCAGATTGCCAACGGCGTCGGAATCGGAATCACTATCGGAAACAATGCTATTAGCCGACGAGCTTCCTCGGCTGCTCCGTCCAGTCCTTCTATAGCTTCCAACAGCATCTTACTCGGCTTCACTCGTCGACGCCCCACTACTCTTCGTTTCGACTCTATCGGTGGTCGATTCTGCAGTCACCGTCGTTCGCCGCTGCCGTGTTCTTTGCGAGTTTCAGCTTCCGCCGCGGACCAACCTACCTCGTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1653 bp · LXL04_000361|LXL04_000361|OH1004|CDS

ATGGCTACAACTGCTCAGATTGCCAACGGCGTCGGAATCGGAATCACTATCGGAAACAATGCTATTAGCCGACGAGCTTCCTCGGCTGCTCCGTCCAGTCCTTCTATAGCTTCCAACAGCATCTTACTCGGCTTCACTCGTCGACGCCCCACTACTCTTCGTTTCGACTCTATCGGTGGTCGATTCTGCAGTCACCGTCGTTCGCCGCTGCCGTGTTCTTTGCGAGTTTCAGCTTCCGCCGCGGACCAACCTACCTCGTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

550 aa · LXL04_000361|LXL04_000361|OH1004|PROTEIN

MATTAQIANGVGIGITIGNNAISRRASSAAPSSPSIASNSILLGFTRRRPTTLRFDSIGGRFCSHRRSPLPCSLRVSASAADQPTSSGQGVENLVIIGSGPAGYTAAIYAARANLKPVVFEGYQVGGVPGGQLMTTTEVENFPGFPDGITGPDLMDRMRRQAERWGAELHQEDVEFIDVNNSPFTVQSSDRKVKCHSIIVATGATARRLNLPREDEFWSRGISACAICDGASPLFKGQVLAVVGGGDTATEEAIYLTKYA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000361`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000361

位置 Chr01:6612576-6616365 (-)

描述 Similar to NTRC: NADPH-dependent thioredoxin reductase 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g41680`	硫氧还蛋白还原酶，同时具有 TR 和硫氧还蛋白活性。	NADPH-dependent thioredoxin reductase and 2-Cys peroxiredoxins are needed for the protection of Mg-protoporphyrin monomethyl ester cyclase.2008 · DOI: 10.1016/j.febslet.2008.07.006 NTRC links built-in thioredoxin to light and sucrose in regulating starch synthesis in chloroplasts and amyloplasts.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0903559106

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0657900`	硫氧还蛋白还原酶 (TR)，同时具有 TR 和硫氧还蛋白 (Trx) 活性。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000361 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006909 phagocytosis 生物过程

GO:0010380 regulation of chlorophyll biosynthetic process 生物过程

GO:0010581 regulation of starch biosynthetic process 生物过程

GO:0019430 removal of superoxide radicals 生物过程

GO:0042744 hydrogen peroxide catabolic process 生物过程

GO:0043085 positive regulation of catalytic activity 生物过程

GO:0045454 cell redox homeostasis 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0004791 thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G41680

cpa:CP_0444

cpj:trxB

cpn:CPn_0314

cpt:CpB0322

ddi:DDB_G0280815

dosa:Os07g0657900

ncr:NCU08352

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.934

排名 1 · LXL04_000361 · OH-1004

线粒体0.103

排名 2 · LXL04_000361 · OH-1004

细胞质0.033

排名 3 · LXL04_000361 · OH-1004

细胞核0.022

排名 4 · LXL04_000361 · OH-1004

过氧化物酶体0.017

排名 5 · LXL04_000361 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07992.21Pyr_redox_293-401 aa

PF12831.14FAD_oxidored94-144 aa

PF13738.13Pyr_redox_3171-384 aa

PF00070.34Pyr_redox240-326 aa

PF00085.27Thioredoxin462-547 aa

PF00462.31Glutaredoxin468-513 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000361	`PF07992.21`	Pyr_redox_2	93	401	4.6e-46	158.3
LXL04_000361	`PF12831.14`	FAD_oxidored	94	144	5.9e-07	29.8
LXL04_000361	`PF13738.13`	Pyr_redox_3	171	384	5.9e-22	79.0
LXL04_000361	`PF00070.34`	Pyr_redox	240	326	2.7e-13	51.0
LXL04_000361	`PF00085.27`	Thioredoxin	462	547	1.3e-15	58.0
LXL04_000361	`PF00462.31`	Glutaredoxin	468	513	8.9e-06	26.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O22229`	拟南芥	NADPH-dependent thioredoxin reductase 3	80.864%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q70G58`	水稻	Thioredoxin reductase NTRC	80.973%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情