LXL04_000345 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000345

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 6411093-6412103 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1011 bp · LXL04_000345|LXL04_000345|OH1004|cDNA

ATGGTTCCCGTTTCCTTTTTCACTCAACGAACTAAAGAAGATTATGACCATGGAAAGGCTTTGGCCCTCCTTGACAATAGATACAAGGATAAGTTGACAAGTTTGCCAAAGGAGAAAGGTTGGTTCACCGAAAACCTTCACTTGTATCAAGACTTTTGGCATGAGTCAGCACGGGTAGTCTCAGCTGTAACGGTCATGGCCTCTCAGGACAACTTTCAAGCTCAACCAACCGATATTTACATAGCCACGCTCCAAAAATC...

CDS

下载 CDS FASTA

1011 bp · LXL04_000345|LXL04_000345|OH1004|CDS

ATGGTTCCCGTTTCCTTTTTCACTCAACGAACTAAAGAAGATTATGACCATGGAAAGGCTTTGGCCCTCCTTGACAATAGATACAAGGATAAGTTGACAAGTTTGCCAAAGGAGAAAGGTTGGTTCACCGAAAACCTTCACTTGTATCAAGACTTTTGGCATGAGTCAGCACGGGTAGTCTCAGCTGTAACGGTCATGGCCTCTCAGGACAACTTTCAAGCTCAACCAACCGATATTTACATAGCCACGCTCCAAAAATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

336 aa · LXL04_000345|LXL04_000345|OH1004|PROTEIN

MVPVSFFTQRTKEDYDHGKALALLDNRYKDKLTSLPKEKGWFTENLHLYQDFWHESARVVSAVTVMASQDNFQAQPTDIYIATLQKSGTTWVKALSFAIINRTIYKTNSLSTHPLQILNPHRCVPFVEIEALHRLPTYVDGHSPRLFSTHMPYTSLPKSVLDNGCRIVYICRNPKDVLVSLFYYANRLRDKSIGQLTFEEAFEMFTKGVIPLGPYWDHVKGYYMAALERPKEILFLTYEDMQKDTVNNVKRLAEFLGYPF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000345`
TK1151 ID	TkA01G618130
OH-1004 ID	LXL04_000345
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	81.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 80.655 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000345

位置 Chr01:6411093-6412103 (+)

描述 Similar to SOT15: Cytosolic sulfotransferase 15

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g07010`	磺基转移酶，利用 3'-磷酸-5'-腺苷基硫酸盐作为磺酸盐供体，特异性催化羟基茉莉酮酸酯的硫酸盐缀合，优先选择 12-羟基茉莉酮酸酯而不是 11-羟基茉莉酮酸酯。	Biochemical and molecular characterization of a hydroxyjasmonate sulfotransferase from Arabidopsis thaliana.2003 · DOI: 10.1074/jbc.m211943200
`At2g03770`	磺基转移酶利用 3'-磷酸-5'-腺苷基硫酸盐 (PAPS) 作为磺酸盐供体。	暂无已核实直接文献
`At5g07000`	磺基转移酶利用 3'-磷酸-5'-腺苷基硫酸盐 (PAPS) 作为磺酸盐供体。	暂无已核实直接文献
`At1g74100`	硫酸基转移酶，以3′-磷酸腺苷-5′-磷酸硫酸（PAPS）为供体，催化脱硫硫代葡萄糖苷（dsGS）的硫酸化，完成硫代葡萄糖苷核心结构生物合成的最后一步。	Desulfoglucosinolate sulfotransferases from Arabidopsis thaliana catalyze the final step in the biosynthesis of the glucosinolate core structure.2004 · DOI: 10.1074/jbc.m407681200 The three desulfoglucosinolate sulfotransferase proteins in Arabidopsis have different substrate specificities and are differentially expressed.2006 · DOI: 10.1111/j.1742-4658.2005.05048.x Kinetics and substrate specificities of desulfo-glucosinolate sulfotransferases in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1111/j.1399-3054.2008.01182.x Modulation of sulfur metabolism enables efficient glucosinolate engineering.2011 · DOI: 10.1186/1472-6750-11-12

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000345 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009694 jasmonic acid metabolic process 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0009812 flavonoid metabolic process 生物过程

GO:0019761 glucosinolate biosynthetic process 生物过程

GO:0032260 response to jasmonic acid stimulus involved in jasmonic acid and ethylene-dependent systemic resistance 生物过程

GO:0051923 sulfation 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0008146 sulfotransferase activity 分子功能

GO:0047364 aromatic desulfoglucosinolate sulfotransferase activity 分子功能

GO:0047366 quercetin-3-sulfate 4'-sulfotransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ag:AAA33343

ath:AT1G74100

ath:AT2G03770

ath:AT5G07000

ath:AT5G07010

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.838

排名 1 · LXL04_000345 · OH-1004

细胞核0.191

排名 2 · LXL04_000345 · OH-1004

过氧化物酶体0.057

排名 3 · LXL04_000345 · OH-1004

内质网0.052

排名 4 · LXL04_000345 · OH-1004

线粒体0.035

排名 5 · LXL04_000345 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00685.34Sulfotransfer_176-331 aa

PF13469.13Sulfotransfer_3165-261 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000345	`PF00685.34`	Sulfotransfer_1	76	331	7.8e-68	229.4
LXL04_000345	`PF13469.13`	Sulfotransfer_3	165	261	3.2e-06	28.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L5A7`	拟南芥	Cytosolic sulfotransferase 15	40.881%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZPQ5`	拟南芥	Cytosolic sulfotransferase 13	42.903%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8GZ53`	拟南芥	Cytosolic sulfotransferase 14	39.157%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C9D0`	拟南芥	Cytosolic sulfotransferase 16	41.270%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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