LXL04_000006 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000006

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 117256-119801 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2451 bp · LXL04_000006|LXL04_000006|OH1004|cDNA

ATGCTTCTCTTCATGGAAATCAGTCTGGGCTCTTTGAGTCGTTTTCACAAACACCTGCAGTGCACAAACGAGCTAAAATCAGCCAACAATACAGAACATCGAAGCCGTTTGTGTATTCACAGTGCACTTTTTTTCCTTACTCTTCTGATTCTATCTTGTCATCACGTTTCAGGTAAATCGTCCGACGAGGAGATCGCGGTCACGCTTTCAGATTATACAGCTCTTCAATCCATCAAACAGGATCTCGTTGATTTCAGAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2451 bp · LXL04_000006|LXL04_000006|OH1004|CDS

ATGCTTCTCTTCATGGAAATCAGTCTGGGCTCTTTGAGTCGTTTTCACAAACACCTGCAGTGCACAAACGAGCTAAAATCAGCCAACAATACAGAACATCGAAGCCGTTTGTGTATTCACAGTGCACTTTTTTTCCTTACTCTTCTGATTCTATCTTGTCATCACGTTTCAGGTAAATCGTCCGACGAGGAGATCGCGGTCACGCTTTCAGATTATACAGCTCTTCAATCCATCAAACAGGATCTCGTTGATTTCAGAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

816 aa · LXL04_000006|LXL04_000006|OH1004|PROTEIN

MLLFMEISLGSLSRFHKHLQCTNELKSANNTEHRSRLCIHSALFFLTLLILSCHHVSGKSSDEEIAVTLSDYTALQSIKQDLVDFRGVLRTWKDRNAVCSGGWIGIKCDQGQVIAIQLPWKGLGGTISSKLGNLKSLRRISLHDNVLAGPIPQSLWLLPNLRGVYLFNNRLSGSIPPSIAQSPSLQNLDLSNNALNGTIPHIFSNSSKIYRFNLSHNAFSGSIPSSFTLLPSLTFLALEHNNLSGSIPDTWSSGQLSSLT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000006`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000006

位置 Chr01:117256-119801 (-)

描述 Similar to IMK3: Probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase IMK3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g56100`	能磷酸化 AGL24。	暂无已核实直接文献
`At3g51740`	可能不活跃的富含亮氨酸重复的受体样蛋白激酶 IMK2。	暂无已核实直接文献
`At2g26730`	可能失活的受体激酶 At2g26730。	暂无已核实直接文献
`At3g08680`	可能的非活性受体激酶 At3g08680。	暂无已核实直接文献
`At5g58300`	可能是非活性受体激酶 At5g58300。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000006 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0106310 protein serine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G26730

ath:AT3G08680

ath:AT3G51740

ath:AT3G56100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.880

排名 1 · LXL04_000006 · OH-1004

内质网0.088

排名 2 · LXL04_000006 · OH-1004

细胞质0.063

排名 3 · LXL04_000006 · OH-1004

细胞核0.050

排名 4 · LXL04_000006 · OH-1004

溶酶体／液泡0.022

排名 5 · LXL04_000006 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263.18LRRNT_270-109 aa

PF12799.14LRR_4159-195 aa

PF13855.13LRR_8183-243 aa

PF13855.13LRR_8255-314 aa

PF23598.2LRR_14304-393 aa

PF13855.13LRR_8324-384 aa

PF00069.32Pkinase524-788 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr525-790 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000006	`PF08263.18`	LRRNT_2	70	109	6.4e-06	27.1
LXL04_000006	`PF12799.14`	LRR_4	159	195	6.1e-21	74.7
LXL04_000006	`PF13855.13`	LRR_8	183	243	1.4e-32	111.9
LXL04_000006	`PF13855.13`	LRR_8	255	314	1.4e-32	111.9
LXL04_000006	`PF23598.2`	LRR_14	304	393	7.6e-10	38.8
LXL04_000006	`PF13855.13`	LRR_8	324	384	1.4e-32	111.9
LXL04_000006	`PF00069.32`	Pkinase	524	788	2.9e-38	132.5
LXL04_000006	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	525	790	1.1e-38	133.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`C0LGP9`	拟南芥	Probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase IMK3	58.732%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SCT4`	拟南芥	Probably inactive leucine-rich repeat receptor-like protein kinase IMK2	62.127%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O48788`	拟南芥	Probable inactive receptor kinase At2g26730	37.600%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C9Y8`	拟南芥	Probable inactive receptor kinase At3g08680	39.539%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LVM0`	拟南芥	Probable inactive receptor kinase At5g58300	40.402%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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