橡胶生物合成专题

围绕 MVA/MEP、IPP/DMAPP、异戊二烯供体、CPT/CPTL、REF/SRPP、乳胶/根相关和萜类代谢，集中展示候选基因、证据等级、跨模块支持与下载入口。

本专题基于当前 GFF/GO/KEGG/同源注释预计算候选集合，并联动表达、蛋白组、亚细胞定位、Pfam、Swiss-Prot、PPI、共表达和 TFBS 等证据。所有结果为候选证据，不等同于实验证实的橡胶合成调控机制。

当前数据库收录 5523 条候选记录、4979 个候选基因和 8 个通路步骤；主显示以 TK1151 参考为中心，OH-1004/LXL04 参考仍可直接查询和跳转。

示例 TkA01G624900 LXL04_000258

下载当前筛选候选基因 TSV

跨物种研究参考

此处的 8 条参考基因与橡胶草自身候选记录分开统计。它们来自巴西橡胶树、银胶菊、近缘蒲公英和杜仲的已发表实验、组学或序列资源；同源性或外源功能不等同于橡胶草中的直接验证。

1. 选择参照物种点击下方物种卡或使用筛选框，聚焦同一物种的参考基因和材料背景。

2. 查看证据类型优先查看“证据与边界”列：直接实验、组学关联和序列资源的可解释范围不同。

3. 核查原始来源每条记录的 DOI、论文或公共数据库入口均可点击；可下载当前筛选结果用于进一步比对。

杜仲记录仅作为反式聚异戊二烯（杜仲胶）对照，不计入天然顺式橡胶候选和通路卡片数量。

8短角蒲公英点击查看 · 3 个来源 · cis-1,4-polyisoprene

下载当前跨物种参考 TSV

物种与材料	参考基因/序列 ID	通路步骤	证据与边界	来源
短角蒲公英Taraxacum brevicorniculatumcis-1,4-polyisopreneRNAi laticifers with polymer and particle assays	`TbCPT1`JQ991925.1CPT	CPT/CPTL乳管特异顺式异戊二烯基转移酶	A_direct_experiment TbCPT1为近缘蒲公英乳管特异顺式橡胶合成直接实验参考。 External evidence in T. brevicorniculatum, not direct validation in T. kok-saghyz.	10.1104/pp.111.187880Laticifer-specific cis-prenyltransferase silencing affects natural rubber biosynthesis in Taraxacum brevicorniculatum
短角蒲公英Taraxacum brevicorniculatumcis-1,4-polyisopreneRNAi laticifers with polymer and particle assays	`TbCPT2`JQ991926.1CPT	CPT/CPTL乳管特异顺式异戊二烯基转移酶	A_direct_experiment TbCPT2为近缘蒲公英乳管特异顺式橡胶合成直接实验参考。 External evidence in T. brevicorniculatum, not direct validation in T. kok-saghyz.	10.1104/pp.111.187880Laticifer-specific cis-prenyltransferase silencing affects natural rubber biosynthesis in Taraxacum brevicorniculatum
短角蒲公英Taraxacum brevicorniculatumcis-1,4-polyisopreneRNAi laticifers with polymer and particle assays	`TbCPT3`JQ991927.1CPT	CPT/CPTL乳管特异顺式异戊二烯基转移酶	A_direct_experiment TbCPT3为近缘蒲公英乳管特异顺式橡胶合成直接实验参考。 External evidence in T. brevicorniculatum, not direct validation in T. kok-saghyz.	10.1104/pp.111.187880Laticifer-specific cis-prenyltransferase silencing affects natural rubber biosynthesis in Taraxacum brevicorniculatum
短角蒲公英Taraxacum brevicorniculatumcis-1,4-polyisopreneRubber-particle extraction and heterologous assays	`TbSRPP1`JQ991928.1SRPP	REF/SRPP 橡胶颗粒小橡胶粒子蛋白	A_direct_experiment TbSRPP1为橡胶颗粒形成相关的直接实验参考。 External particle-protein evidence, not direct validation in T. kok-saghyz.	10.1111/tpj.13829Small rubber particle proteins from Taraxacum brevicorniculatum are associated with rubber particle formation
短角蒲公英Taraxacum brevicorniculatumcis-1,4-polyisoprenePublic cDNA records	`TbRTA`KP763637.1RTA	乳胶/根相关橡胶转移酶激活因子参考	B_sequence_resource 序列记录支持精确 ID 查询和后续同源比对，但不能单独证明功能。单条序列记录本身不是功能证明。	KP763637.1;MF471639.1;KJ911908.1;KJ911910.1Taraxacum brevicorniculatum rubber pathway sequence records
短角蒲公英Taraxacum brevicorniculatumcis-1,4-polyisoprenePublic cDNA records	`TbFDPS1`KJ911908.1FDPS	异戊二烯供体异戊二烯供体合成参考	B_sequence_resource 序列记录支持精确 ID 查询和后续同源比对，但不能单独证明功能。单条序列记录本身不是功能证明。	KP763637.1;MF471639.1;KJ911908.1;KJ911910.1Taraxacum brevicorniculatum rubber pathway sequence records
短角蒲公英Taraxacum brevicorniculatumcis-1,4-polyisoprenePublic cDNA records	`TbFDPS2`KJ911910.1FDPS	异戊二烯供体异戊二烯供体合成参考	B_sequence_resource 序列记录支持精确 ID 查询和后续同源比对，但不能单独证明功能。单条序列记录本身不是功能证明。	KP763637.1;MF471639.1;KJ911908.1;KJ911910.1Taraxacum brevicorniculatum rubber pathway sequence records
短角蒲公英Taraxacum brevicorniculatumcis-1,4-polyisoprenePublic cDNA records	`TbREF`MF471639.1REF	REF/SRPP 橡胶颗粒橡胶粒子蛋白参考	B_sequence_resource 序列记录支持精确 ID 查询和后续同源比对，但不能单独证明功能。单条序列记录本身不是功能证明。	KP763637.1;MF471639.1;KJ911908.1;KJ911910.1Taraxacum brevicorniculatum rubber pathway sequence records

短角蒲公英 · TbCPT1

序列 IDJQ991925.1

步骤CPT/CPTL · CPT

证据TbCPT1为近缘蒲公英乳管特异顺式橡胶合成直接实验参考。

边界External evidence in T. brevicorniculatum, not direct validation in T. kok-saghyz.

来源10.1104/pp.111.187880

短角蒲公英 · TbCPT2

序列 IDJQ991926.1

步骤CPT/CPTL · CPT

证据TbCPT2为近缘蒲公英乳管特异顺式橡胶合成直接实验参考。

边界External evidence in T. brevicorniculatum, not direct validation in T. kok-saghyz.

来源10.1104/pp.111.187880

短角蒲公英 · TbCPT3

序列 IDJQ991927.1

步骤CPT/CPTL · CPT

证据TbCPT3为近缘蒲公英乳管特异顺式橡胶合成直接实验参考。

边界External evidence in T. brevicorniculatum, not direct validation in T. kok-saghyz.

来源10.1104/pp.111.187880

短角蒲公英 · TbSRPP1

序列 IDJQ991928.1

步骤REF/SRPP 橡胶颗粒 · SRPP

证据TbSRPP1为橡胶颗粒形成相关的直接实验参考。

边界External particle-protein evidence, not direct validation in T. kok-saghyz.

来源10.1111/tpj.13829

短角蒲公英 · TbRTA

序列 IDKP763637.1

步骤乳胶/根相关 · RTA

证据序列记录支持精确 ID 查询和后续同源比对，但不能单独证明功能。

边界单条序列记录本身不是功能证明。

来源KP763637.1;MF471639.1;KJ911908.1;KJ911910.1

短角蒲公英 · TbFDPS1

序列 IDKJ911908.1

步骤异戊二烯供体 · FDPS

证据序列记录支持精确 ID 查询和后续同源比对，但不能单独证明功能。

边界单条序列记录本身不是功能证明。

来源KP763637.1;MF471639.1;KJ911908.1;KJ911910.1

短角蒲公英 · TbFDPS2

序列 IDKJ911910.1

步骤异戊二烯供体 · FDPS

证据序列记录支持精确 ID 查询和后续同源比对，但不能单独证明功能。

边界单条序列记录本身不是功能证明。

来源KP763637.1;MF471639.1;KJ911908.1;KJ911910.1

短角蒲公英 · TbREF

序列 IDMF471639.1

步骤REF/SRPP 橡胶颗粒 · REF

证据序列记录支持精确 ID 查询和后续同源比对，但不能单独证明功能。

边界单条序列记录本身不是功能证明。

来源KP763637.1;MF471639.1;KJ911908.1;KJ911910.1

通路导航与候选分布

MVA · MVA 甲羟戊酸途径

High 40 · Medium 3 · Low 4 MEP · MEP 非甲羟戊酸途径

High 23 · Medium 0 · Low 36 IPP/DMAPP/FPP · 异戊二烯供体

271

High 141 · Medium 83 · Low 47 CPT/CPTL · 顺式异戊二烯转移酶

High 0 · Medium 0 · Low 5 REF/SRPP · 橡胶颗粒相关蛋白

High 0 · Medium 0 · Low 7 Rubber · 橡胶生物合成

288

High 1 · Medium 287 · Low 0 Terpenoid · 萜类代谢

380

High 72 · Medium 107 · Low 201 Latex/root · 乳胶/根相关候选

4466

High 231 · Medium 1284 · Low 2951

377 MVA/MEP 与异戊二烯

点击筛选 · High 204 · Medium 86 · Low 87 4466 乳胶/根相关候选

点击筛选 · High 231 · Medium 1284 · Low 2951 300 橡胶生物合成

点击筛选 · High 1 · Medium 287 · Low 12 380 萜类代谢

点击筛选 · High 72 · Medium 107 · Low 201

候选基因表

当前筛选共 377 条候选，每页显示 10 条；当前为第 36/38 页。下载按钮导出当前筛选条件下最多 2000 条记录。点击上方通路卡或统计卡可快速筛选，证据摘要可通过基因详情和关联模块继续核查。

基因 ID	通路/步骤	等级	证据层	位置	关键证据	操作
`LXL04_028779` TK1151: - OH-1004: LXL04_028779	MVA/MEP 与异戊二烯 MEP 非甲羟戊酸途径	低置信分数 2	功能注释表达定位PfamSwiss-Prot	CM104804.1:62621676-62623091 -	lxl04_028779 similar to orf vi: transactivator/viroplasmin protein (figwort mosaic virus (strain dxs) ox=10650)	基因详情表达蛋白组 JBrowse
`TkA05G223940` TK1151: TkA05G223940 OH-1004: LXL04_030234	MVA/MEP 与异戊二烯 MEP 非甲羟戊酸途径	低置信分数 2	功能注释表达定位PfamSwiss-Prot	CM104804.1:111895669-111899057 -	lxl04_030234 similar to orf v: enzymatic polyprotein (figwort mosaic virus (strain dxs) ox=10650)	基因详情表达蛋白组 JBrowse
`TkA03G290330` TK1151: TkA03G290330 OH-1004: LXL04_030414	MVA/MEP 与异戊二烯异戊二烯供体	低置信分数 2	GO表达定位PfamSwiss-ProtPPI共表达	CM104804.1:115624912-115629165 -	go:0051502 diterpene phytoalexin biosynthetic process 生物过程	基因详情表达蛋白组 JBrowse
`TkA03G005670` TK1151: TkA03G005670;TkA07G413920 OH-1004: LXL04_030590	MVA/MEP 与异戊二烯异戊二烯供体	低置信分数 2	GO表达定位PfamSwiss-ProtPPI共表达	CM104804.1:119307993-119310038 +	go:0010333 terpene synthase activity 分子功能	基因详情表达蛋白组 JBrowse
`TkA03G005690` TK1151: TkA03G005690;TkA07G413950 OH-1004: LXL04_030591	MVA/MEP 与异戊二烯异戊二烯供体	低置信分数 2	GO表达定位PfamSwiss-ProtPPI共表达	CM104804.1:119326156-119328164 -	go:0010333 terpene synthase activity 分子功能	基因详情表达蛋白组 JBrowse
`TkA08G135400` TK1151: TkA08G135400 OH-1004: LXL04_031907	MVA/MEP 与异戊二烯异戊二烯供体	低置信分数 2	GO表达定位PfamSwiss-ProtPPI共表达	CM104805.1:12979047-12983587 -	go:1904629 response to diterpene 生物过程	基因详情表达蛋白组 JBrowse
`TkA03G484360` TK1151: TkA03G484360;TkA08G136830 OH-1004: LXL04_031920	MVA/MEP 与异戊二烯异戊二烯供体	低置信分数 2	GO表达定位PfamSwiss-ProtPPI共表达	CM104805.1:13288163-13292989 +	go:1904629 response to diterpene 生物过程	基因详情表达蛋白组 JBrowse
`LXL04_033266` TK1151: - OH-1004: LXL04_033266	MVA/MEP 与异戊二烯异戊二烯供体	低置信分数 2	GO表达定位Swiss-Prot共表达	CM104805.1:39813825-39816554 -	go:1904629 response to diterpene 生物过程	基因详情表达蛋白组 JBrowse
`LXL04_033603` TK1151: - OH-1004: LXL04_033603	MVA/MEP 与异戊二烯异戊二烯供体	低置信分数 2	GO表达定位Swiss-Prot共表达	CM104805.1:49160004-49163236 -	go:1904629 response to diterpene 生物过程	基因详情表达蛋白组 JBrowse
`LXL04_033988` TK1151: - OH-1004: LXL04_033988	MVA/MEP 与异戊二烯 MEP 非甲羟戊酸途径	低置信分数 2	功能注释表达定位PfamSwiss-Prot	CM104805.1:71313813-71317216 -	lxl04_033988 similar to orf vi: transactivator/viroplasmin protein (figwort mosaic virus (strain dxs) ox=10650)	基因详情表达蛋白组 JBrowse

证据边界

当前结果来自注释、GO/KEGG、同源、预测定位、结构域、表达/蛋白组和网络数据库的整合候选证据。High/Medium/Low 表示数据库证据密度和一致性，不代表已经完成湿实验验证；乳胶/根相关集合是候选背景，不应直接解读为橡胶生物合成酶。