F1 家系 · 全基因组关联
天然橡胶含量 GWAS
GLM 与 MLM 的关联结果、模型诊断和数据下载。
126 F11,109,918 SNPTK1151含量（%）
性状与样本检查
初始纳入126个F1子代，排除两个亲本及R09；下列记录为最终通过质控并进入两模型的材料。
基因组亲缘矩阵
| 重测序材料 | 论文编号 | 含量（%） | 基因型缺失率 | Run |
|---|---|---|---|---|
| F1-1 | R03 | 5.896 | 4.52% | CRR618485 |
| F1-2 | R04 | 1.859 | 4.29% | CRR618486 |
| F1-5 | R05 | 7.018 | 1.48% | CRR618487 |
| F1-6 | R06 | 4.037 | 1.95% | CRR618488 |
| F1-7 | R117 | 5.72 | 5.52% | CRR618599 |
| F1-8 | R07 | 0.297 | 5.61% | CRR618489 |
| F1-9 | R08 | 5.5 | 6.36% | CRR618490 |
| F1-11 | R10 | 7.337 | 4.95% | CRR618492 |
| F1-12 | R11 | 3.06 | 3.12% | CRR618493 |
| F1-13 | R12 | 4.554 | 4.02% | CRR618494 |
| F1-15 | R118 | 3.575 | 2.59% | CRR618600 |
| F1-16 | R13 | 2.134 | 4.63% | CRR618495 |
| F1-18 | R119 | 2.442 | 3.67% | CRR618601 |
| F1-19 | R14 | 2.244 | 4.80% | CRR618496 |
| F1-20 | R120 | 8.844 | 5.08% | CRR618602 |
| F1-21 | R121 | 1.639 | 1.54% | CRR618603 |
| F1-26 | R15 | 5.115 | 4.58% | CRR618497 |
| F1-29 | R16 | 9.515 | 5.08% | CRR618498 |
| F1-30 | R122 | 7.601 | 4.14% | CRR618604 |
| F1-31 | R17 | 6.061 | 4.29% | CRR618499 |
| F1-32 | R18 | 3.685 | 2.65% | CRR618500 |
| F1-33 | R123 | 4.587 | 3.59% | CRR618605 |
| F1-34 | R124 | 3.113 | 3.26% | CRR618606 |
| F1-36 | R125 | 4.11 | 3.90% | CRR618607 |
| F1-37 | R126 | 6.325 | 3.74% | CRR618608 |
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分析方法、来源与使用范围
材料来自一个F1家系。表型采用论文公开的天然橡胶含量平均值；VCF为本站对CRA009020原始序列重比对和变异检测的结果。材料对应依据为精确且唯一的测序reads统计，论文原bin编码的一致性仍待核实。结果用于本家系探索性关联，候选需独立材料验证。
8条染色体双等位SNP；剔除子代间GT剂量不变的位点；GT深度≥5；位点缺失≤10%；MAF≥0.05；样本缺失≤15%；不做F1的HWE筛选。GLM按位点使用完整基因型记录；MLM按软件默认处理少量缺失GT。最近基因只表示位置关系；原发表标记区间不是完整QTL置信区间。
Yang et al., 2023已发表QTL方法与版本数值核验分析流程与来源后续分析方案