F1 家系 · 全基因组关联
天然橡胶含量 GWAS
GLM 与 MLM 的关联结果、模型诊断和数据下载。
126 F11,109,918 SNPTK1151含量（%）
GLM：PC1–PC3；MLM：PC1–PC3与标准化亲缘矩阵。结果解释限于本F1家系。
当前模型的全基因组结果
红虚线为固定探索性筛选阈值：−log10(P)=4，即P≤1×10⁻⁴；灰点线为1/M提示阈值。候选位点和候选基因采用固定4阈值，未做置换经验校准。
1,109,918 有效检验；固定4筛选位点 236；Bonferroni 0；FDR≤0.05 46下载图中全部结果 TSV.gz
QQ 图与模型统计
λ = 1.031；全基因组阈值 P ≤ 4.5e-08。
本轮MLM已收敛，但亲缘随机效应方差接近零边界。该结果不能用于断言性状无遗传基础，需结合家系设计和稳健性检查解释。 V(G)=1e-05；V(e)=4.3028。
筛选关联统计
当前筛选 1,109,918 条下载当前筛选 TSV
| 位点 | 位置（bp） | 效应等位基因 | n | β | P | FDR q | 最近基因 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| TK1151:6:91279448:T:C | Chr06:91,279,448 | C | 126 | 2.966 | 5.15e-08 | 0.0463 | TkA06G368510 |
| TK1151:2:115973518:A:T | Chr02:115,973,518 | T | 126 | -4.182 | 2.18e-07 | 0.0463 | TkA02G455250 |
| TK1151:8:70383246:A:C | Chr08:70,383,246 | C | 126 | 3.145 | 2.32e-07 | 0.0463 | TkA08G270160 |
| TK1151:4:4042389:T:A | Chr04:4,042,389 | A | 126 | 1.702 | 6.78e-07 | 0.0463 | TkA04G016310 |
| TK1151:7:74767437:C:T | Chr07:74,767,437 | T | 126 | 7.332 | 7.1e-07 | 0.0463 | TkA07G297620 |
| TK1151:2:41556449:A:G | Chr02:41,556,449 | G | 126 | 1.988 | 7.11e-07 | 0.0463 | TkA02G162070 |
| TK1151:7:74767452:G:A | Chr07:74,767,452 | A | 126 | 7.312 | 7.61e-07 | 0.0463 | TkA07G297620 |
| TK1151:2:130028214:A:C | Chr02:130,028,214 | C | 126 | -10.04 | 1.43e-06 | 0.0463 | TkA02G506880 |
| TK1151:2:41555288:C:T | Chr02:41,555,288 | T | 126 | 1.968 | 1.53e-06 | 0.0463 | TkA02G162070 |
| TK1151:5:45231414:C:T | Chr05:45,231,414 | T | 126 | -3.875 | 1.56e-06 | 0.0463 | TkA05G177450 |
| TK1151:1:99932398:G:A | Chr01:99,932,398 | A | 126 | -9.996 | 1.59e-06 | 0.0463 | TkA01G400290 |
| TK1151:1:18040053:C:T | Chr01:18,040,053 | T | 126 | -9.988 | 1.62e-06 | 0.0463 | TkA01G070550 |
| TK1151:3:75945291:A:G | Chr03:75,945,291 | G | 126 | -9.982 | 1.65e-06 | 0.0463 | TkA03G308830 |
| TK1151:3:75945301:A:T | Chr03:75,945,301 | T | 126 | -9.982 | 1.65e-06 | 0.0463 | TkA03G308830 |
| TK1151:5:62735099:C:G | Chr05:62,735,099 | G | 126 | -9.979 | 1.66e-06 | 0.0463 | TkA05G252240 |
| TK1151:7:24731449:C:T | Chr07:24,731,449 | T | 126 | -9.977 | 1.66e-06 | 0.0463 | TkA07G094780 |
| TK1151:1:18040068:C:A | Chr01:18,040,068 | A | 126 | -9.977 | 1.67e-06 | 0.0463 | TkA01G070550 |
| TK1151:1:112651177:T:C | Chr01:112,651,177 | C | 126 | -9.976 | 1.67e-06 | 0.0463 | TkA01G449580 |
| TK1151:4:56548315:C:T | Chr04:56,548,315 | T | 126 | -9.977 | 1.67e-06 | 0.0463 | TkA04G222210 |
| TK1151:1:30661804:C:T | Chr01:30,661,804 | T | 126 | -9.969 | 1.69e-06 | 0.0463 | TkA01G121250 |
| TK1151:1:64093009:A:C | Chr01:64,093,009 | C | 126 | -9.969 | 1.69e-06 | 0.0463 | TkA01G254100 |
| TK1151:2:19562145:G:C | Chr02:19,562,145 | C | 126 | 9.969 | 1.69e-06 | 0.0463 | TkA02G075560 |
| TK1151:2:30564354:A:C | Chr02:30,564,354 | C | 126 | -9.969 | 1.69e-06 | 0.0463 | TkA02G117290 |
| TK1151:2:53377534:G:A | Chr02:53,377,534 | A | 126 | 9.969 | 1.69e-06 | 0.0463 | TkA02G209120 |
| TK1151:3:110564088:A:G | Chr03:110,564,088 | G | 126 | 9.969 | 1.69e-06 | 0.0463 | TkA03G443530 |
β为每个效应等位基因对应的含量百分点变化。表格筛选不改变上方全基因组图。
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分析方法、来源与使用范围
材料来自一个F1家系。表型采用论文公开的天然橡胶含量平均值；VCF为本站对CRA009020原始序列重比对和变异检测的结果。材料对应依据为精确且唯一的测序reads统计，论文原bin编码的一致性仍待核实。结果用于本家系探索性关联，候选需独立材料验证。
8条染色体双等位SNP；剔除子代间GT剂量不变的位点；GT深度≥5；位点缺失≤10%；MAF≥0.05；样本缺失≤15%；不做F1的HWE筛选。GLM按位点使用完整基因型记录；MLM按软件默认处理少量缺失GT。最近基因只表示位置关系；原发表标记区间不是完整QTL置信区间。
Yang et al., 2023已发表QTL方法与版本数值核验分析流程与来源后续分析方案