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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkAUNG085460
当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 24277701-24284176 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2938 bp · TkAUNG085460|TK1151|cDNA

AAAAACCACATCTATTCTTTTAATTTAAATTTCCATCGCTACTATAAAACCACAATATATATACTGAAAAAAATTATAGAACTAGTGTCATGTAAATTCAATTACAATTACTTCCACAATACAAAAAAAAAAGAAATTCTTCACCTCTTCGTTTCTCTTCTCTCAAACTGGTTTTGTTTTTGCTAAAACAAAACCAGACTTCGATCTAAAGGAACCACAACTTGTTTGATTTTGATTTCATTCGGTGCTTAGATCTTCCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1245 bp · TkAUNG085460|TK1151|CDS

ATGAATCGTATTGAAAAAAGGAAATCTGAAGATGTTGGAGTCCATTCAGGTTCGGGTACTCCATATGCTGATAATAATGACCTAAGAAGTATGTACAGTGAGGAATTTAATTTCTGTGAGAAAGTGAAGGATAGGTTAAATAATCTAGAGGATTATCAAGCTTTCTTGAAGTGTCTTCATATCTATAACACTGAAATAATTACAAGAAAGGAGTTACAAAGCTTGGTTTCTGATCTACTTGGAAAGCACCCGGATCTCAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

415 aa · TkAUNG085460|TK1151|PROTEIN

MNRIEKRKSEDVGVHSGSGTPYADNNDLRSMYSEEFNFCEKVKDRLNNLEDYQAFLKCLHIYNTEIITRKELQSLVSDLLGKHPDLMEGFTTFLGRENIDGFLAGVMDKKSLWSEGHGSKSTRADDKEREHNNNAAKEDKYKEKYWAKSIQELDLSDCQRCTPSYRLLPDDYPIPSVSQRSELGTQVLNDLWVSVTSGSEDYSFKHMRRNQYEESLFRCEDDRFELDMLLESVSSTAKRAEELLNNINNKTISPDTPIRI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkAUNG085460
TK1151 IDTkAUNG085460
OH-1004 IDLXL04_006191
关系 / 置信度序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 32.246
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkAUNG085460
位置ChrUn:24277701-24284176 (-)
描述Similar to SNL2: Paired amphipathic helix protein Sin3-like 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g15020 作为转录阻遏蛋白。 暂无已核实直接文献
At3g01320 作为转录阻遏蛋白。
PAH-domain-specific interactions of the Arabidopsis transcription coregulator SIN3-LIKE1 (SNL1) with telomere-binding protein 1 and ALWAYS EARLY2 Myb-DNA binding factors.2010 · DOI: 10.1016/j.jmb.2009.11.065
At1g70060 作为转录阻遏蛋白。 暂无已核实直接文献
At1g24190 作为转录阻遏蛋白。
Role of an Arabidopsis AP2/EREBP-type transcriptional repressor in abscisic acid and drought stress responses.2005 · DOI: 10.1105/tpc.105.033043
At1g59890 作为转录阻遏蛋白。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006191 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0000118 histone deacetylase complex 细胞组分
GO:0000785 chromatin 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0070822 Sin3-type complex 细胞组分
GO:0003714 transcription corepressor activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G70060
ath:AT3G01320
ath:AT5G15020
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.820
排名 1 · TkAUNG085460 · TK1151
细胞质0.226
排名 2 · TkAUNG085460 · TK1151
细胞膜0.050
排名 3 · TkAUNG085460 · TK1151
内质网0.021
排名 4 · TkAUNG085460 · TK1151
线粒体0.020
排名 5 · TkAUNG085460 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18688DUF563827-76 aa
PF25972At4g15545_C38-96 aa
PF15188CCDC-16748-56 aa
PF02671PAH50-94 aa
PF08295Sin3_corepress159-251 aa
PF15188CCDC-167225-255 aa
PF18688DUF5638228-261 aa
PF15188CCDC-167326-381 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkAUNG085460PF18688DUF563827760.4511.7
TkAUNG085460PF25972At4g15545_C38960.00417.8
TkAUNG085460PF15188CCDC-16748560.2512.4
TkAUNG085460PF02671PAH50944.2e-1762.3
TkAUNG085460PF08295Sin3_corepress1592516.4e-35119.8
TkAUNG085460PF15188CCDC-1672252550.2512.4
TkAUNG085460PF18688DUF56382282610.4511.7
TkAUNG085460PF15188CCDC-1673263810.2512.4
TkAUNG085460PF02671PAH3423584.2e-1762.3
TkAUNG085460PF18688DUF56383503750.4511.7
TkAUNG085460PF25972At4g15545_C3513730.00417.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LFQ3拟南芥sp|Q9LFQ3|SNL2_ARATH Paired amphipathic helix protein Sin3-like 265.300%Swiss-Prot高置信
Q9SRH9拟南芥sp|Q9SRH9|SNL1_ARATH Paired amphipathic helix protein Sin3-like 164.000%Swiss-Prot高置信
O04539拟南芥sp|O04539|SNL4_ARATH Paired amphipathic helix protein Sin3-like 456.800%Swiss-Prot高置信
O48686拟南芥sp|O48686|SNL3_ARATH Paired amphipathic helix protein Sin3-like 355.600%Swiss-Prot高置信
Q9XIE1拟南芥sp|Q9XIE1|SNL5_ARATH Paired amphipathic helix protein Sin3-like 567.000%Swiss-Prot中等置信

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