TkAUNG083900 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG083900

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 23849807-23855989 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1113 bp · TkAUNG083900|TK1151|cDNA

GAAACGTGTTGTACTTGGTTTATATTCCATTTGTAACACCACCATACTCACATGGGATTCTCCGCCACTGTCCTCCGCCTACAAATAGCCCATCACACTAAGTACTTCTCCTCCACCACCGTTCTTCAATTCACTACTAAAATGAACGGCAACACCCACCGCTCCCCACTCCACAACAACCCCGGCCACCTCAAAAACCACTCACTTGCTAAGTCTAGTCTCAAAAACGACCGCCGGAGCTGGGTTGATGAGATACGGTG...

CDS

下载 CDS FASTA

945 bp · TkAUNG083900|TK1151|CDS

ATGGGATTCTCCGCCACTGTCCTCCGCCTACAAATAGCCCATCACACTAAGTACTTCTCCTCCACCACCGTTCTTCAATTCACTACTAAAATGAACGGCAACACCCACCGCTCCCCACTCCACAACAACCCCGGCCACCTCAAAAACCACTCACTTGCTAAGTCTAGTCTCAAAAACGACCGCCGGAGCTGGGTTGATGAGATACGGTGGCGGGTTGGTGAGGCGTCGTGCATGAAATGGACGGCGGATGATGTGTTGGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

314 aa · TkAUNG083900|TK1151|PROTEIN

MGFSATVLRLQIAHHTKYFSSTTVLQFTTKMNGNTHRSPLHNNPGHLKNHSLAKSSLKNDRRSWVDEIRWRVGEASCMKWTADDVLAVVKYHPIPCLLAVALLFFMGVEYTLLMIPPSSPPFDIGFMATVNLHRILAGSPALNTILAGLNTVFVGMQTAYIIGTWVVEGRPRATIAALLMFTFRGILGYSTQLPLPQEFLGSGADFPVGNVSFFLFYSGHVAASVIASLDMRRMQRLKSAILFDILNVLQFVRLLSSRGH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG083900`
TK1151 ID	TkAUNG083900
OH-1004 ID	LXL04_032065
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	74.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG083900

位置 ChrUn:23849807-23855989 (-)

描述 Similar to ROD1: Phosphatidylcholine:diacylglycerol cholinephosphotransferase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g15820`	作为磷脂酰胆碱：二酰基甘油胆碱磷酸转移酶，催化磷脂酰胆碱(PC)的磷酸胆碱头基向二酰基甘油的转移，这是将18:1转入磷脂酰胆碱进行去饱和的主要反应，同时也参与18:2和18:3向三酰甘油合成途径的逆向转移。	An enzyme regulating triacylglycerol composition is encoded by the ROD1 gene of Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0908848106 Acyl editing and headgroup exchange are the major mechanisms that direct polyunsaturated fatty acid flux into triacylglycerols.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.204438
`At3g15830`	作为磷脂酰胆碱：二酰基甘油胆碱磷酸转移酶，催化磷脂酰胆碱(PC)的磷酸胆碱头基向二酰基甘油的转移，这是将18:1转入磷脂酰胆碱进行去饱和的主要反应，同时也参与18:2和18:3向三酰甘油合成途径的逆向转移。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032065 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0046470 phosphatidylcholine metabolic process 生物过程

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004142 diacylglycerol cholinephosphotransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G15820

ath:AT3G15830

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.453

排名 1 · TkAUNG083900 · TK1151

高尔基体0.344

排名 2 · TkAUNG083900 · TK1151

细胞核0.097

排名 3 · TkAUNG083900 · TK1151

细胞质0.079

排名 4 · TkAUNG083900 · TK1151

细胞膜0.067

排名 5 · TkAUNG083900 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24788AtPDCT1_263-95 aa

PF24788AtPDCT1_2122-281 aa

PF14378PAP2_3128-196 aa

PF27338CbsB175-251 aa

PF14360PAP2_C215-274 aa

PF14378PAP2_3218-269 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG083900	`PF24788`	AtPDCT1_2	63	95	5.1e-87	290.4
TkAUNG083900	`PF24788`	AtPDCT1_2	122	281	5.1e-87	290.4
TkAUNG083900	`PF14378`	PAP2_3	128	196	0.054	13.9
TkAUNG083900	`PF27338`	CbsB	175	251	0.028	14.5
TkAUNG083900	`PF14360`	PAP2_C	215	274	0.00011	23.4
TkAUNG083900	`PF14378`	PAP2_3	218	269	0.054	13.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LVZ7`	拟南芥	sp\|Q9LVZ7\|PDCT1_ARATH Phosphatidylcholine:diacylglycerol cholinephosphotransferase 1	72.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LVZ6`	拟南芥	sp\|Q9LVZ6\|PDCT2_ARATH Phosphatidylcholine:diacylglycerol cholinephosphotransferase 2	70.400%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情