TkAUNG026780 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG026780

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 7175555-7182303 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3989 bp · TkAUNG026780|TK1151|cDNA

ATCACAATACGTTATTTTTCCAAATTCCAAAGCGTGAGGGTGACGATATTTCATTTTGAGGTCTTGAACTTTGTATTGTATGGTCGGATGACAACAAAGGAAATCTTGAAACCTTATCAGACACACGTAATGTTATCATTTGATGAGAGGCATAGAATTAGCCACAAACACACAAACACCAAGCCTACACACACTCTTGGTTTCATCCCTTACTCCTTTCCTCTACATCCACACCGTTAACCACACATACATGTTCTTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

3027 bp · TkAUNG026780|TK1151|CDS

ATGGCTTCTTTTGCTTCCTTAGTGGGTTTGGGAAGTACCTGCACTTGTTCTCCCGGTCAATTGGAAGGCACCCGTTTATCAATTAGAAAAGTTTATTTCCCCAACAGTTATTGCAGTTTTCATAACCTATTGGTCGGAAAAAGGTGGAGGTATGTTTCGATTTGTAAATATTCCGTGACTACTGATTACATCGCTGATCAAGGCACTTCACTATCGCTCAATGCCACCAATAAAAGCAGCCAAGACGATTCTTCTGATCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1008 aa · TkAUNG026780|TK1151|PROTEIN

MASFASLVGLGSTCTCSPGQLEGTRLSIRKVYFPNSYCSFHNLLVGKRWRYVSICKYSVTTDYIADQGTSLSLNATNKSSQDDSSDLLLKPTRPILKPPEPKISQLSSNGSSRDNLNEQERNKMIESLDEVLEKAEKLETSKNSDIPNKKPSPSPSKIPLRTTNNSNPYSNRVNSAIGKSKTLKSVWRKGNPVANIEKVVKEAPKIDKVPEKSTTEEVKSQQPISQPQPPQKFQPQLQAKPFTPPPVKRPVILKDLGAAP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG026780`
TK1151 ID	TkAUNG026780
OH-1004 ID	LXL04_037894
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.131 / OH-1004 95.468 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG026780

位置 ChrUn:7175555-7182303 (-)

描述 Similar to At1g17220: Translation initiation factor IF-2, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g17220`	蛋白质合成起始所需的关键组成部分之一。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037894 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006413 translational initiation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0003743 translation initiation factor activity 分子功能

GO:0003924 GTPase activity 分子功能

GO:0005525 GTP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ana:alr3832

ath:AT1G17220

ava:Ava_1867

ter:Tery_3976

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.973

排名 1 · TkAUNG026780 · TK1151

线粒体0.025

排名 2 · TkAUNG026780 · TK1151

细胞核0.024

排名 3 · TkAUNG026780 · TK1151

细胞质0.019

排名 4 · TkAUNG026780 · TK1151

细胞膜0.017

排名 5 · TkAUNG026780 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02216B114-135 aa

PF18798LPD3117-143 aa

PF18798LPD3191-220 aa

PF04760IF2_N400-448 aa

PF03193RsgA_GTPase474-504 aa

PF00009GTP_EFTU482-643 aa

PF01926MMR_HSR1483-591 aa

PF00071Ras483-642 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG026780	`PF02216`	B	114	135	0.14	12.9
TkAUNG026780	`PF18798`	LPD3	117	143	0.2	12.6
TkAUNG026780	`PF18798`	LPD3	191	220	0.2	12.6
TkAUNG026780	`PF04760`	IF2_N	400	448	7.7e-06	26.3
TkAUNG026780	`PF03193`	RsgA_GTPase	474	504	0.01	16.4
TkAUNG026780	`PF00009`	GTP_EFTU	482	643	1e-31	110.7
TkAUNG026780	`PF01926`	MMR_HSR1	483	591	2.9e-08	34.5
TkAUNG026780	`PF00071`	Ras	483	642	8e-05	23.0
TkAUNG026780	`PF08477`	Roc	483	593	0.28	12.2
TkAUNG026780	`PF10662`	PduV-EutP	484	614	0.044	14.3
TkAUNG026780	`PF03193`	RsgA_GTPase	555	614	0.01	16.4
TkAUNG026780	`PF11987`	IF-2	582	614	2.1e-32	112.2
TkAUNG026780	`PF02216`	B	649	659	0.14	12.9
TkAUNG026780	`PF22042`	EF-G_D2	659	737	2.9e-28	98.5
TkAUNG026780	`PF03144`	GTP_EFTU_D2	673	704	2.7e-07	31.6
TkAUNG026780	`PF14578`	GTP_EFTU_D4	679	713	0.44	11.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SHI1`	拟南芥	sp\|Q9SHI1\|IF2C_ARATH Translation initiation factor IF-2, chloroplastic	62.500%	Swiss-Prot	高置信

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