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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkAUNG022300
当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 5900929-5905695 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3224 bp · TkAUNG022300|TK1151|cDNA

TTTTTCAATTAAAAATTAAAAATATAAAGTAAGTTCTGAAATGACCAAATATAAATTATATTTCCTCCCTTATTTTTCGGTTTTCTAAAGCCATAACTCTCCTGTCTGGATTTCATCGACTGTTCCGCTCTCTCCTAAATATTTCTCTCTCTAAAACGGCCGGAAACTTGCTCGGTTGTCACCGGTAAACCGCTTTATTGTTTGTATCGACTTCTGGAGTTCTTTATAGAGGAGTTGTTTTCTATTAGCGCGCTTACAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2133 bp · TkAUNG022300|TK1151|CDS

ATGGGGGAAGGAAGGGTTTGTTTCTCCAGAGAAGCTAAGCTTGAGTTTTTGAAGCACAAAAGGCTTCAACGAATGAAAACAGCCACAATGAATGACACTGCACATGTCACTAATCTGATGACAAGAAGCAGTGGAGATTCCTTAAGAGATCCCGCATCCTGTGGTCTGAGATCATTCAGAACTCCATATCCACATCCACAATCTGGCTATGGTCTGAATGAGTCAGACACAATATCAAAACAAAAGATTGACAAATTTGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

710 aa · TkAUNG022300|TK1151|PROTEIN

MGEGRVCFSREAKLEFLKHKRLQRMKTATMNDTAHVTNLMTRSSGDSLRDPASCGLRSFRTPYPHPQSGYGLNESDTISKQKIDKFDTTDLDWTDNMPECPVYYPSKEEFEDPLAYLQKIAPEASKYGICKIVSPLNASVPAGIVLMKEKAGFRFTTRVQPLRLAEWNTEDKVTFFLSGRNYTFRDFEKMANKVFARRYYSAGCLPATYLEKEFWQEIASGKTESVEYACDVDGSAFSSAPSDQLGQSKWNLKKVARLSR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkAUNG022300
TK1151 IDTkAUNG022300
OH-1004 IDLXL04_026108
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 97.746 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkAUNG022300
位置ChrUn:5900929-5905695 (+)
描述Similar to JMJ706: Lysine-specific demethylase JMJ706
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g46910 组蛋白去甲基化酶，可将组蛋白 H3 的“Lys-27” 去甲基化，对 H3K27me3 具有特定活性，并参与基因表达的调节。
The Arabidopsis H3K27me3 demethylase JUMONJI 13 is a temperature and photoperiod dependent flowering repressor.2019 · DOI: 10.1038/s41467-019-09310-x
At3g48430 组蛋白去甲基化酶，去甲基化组蛋白 H3 的“赖氨酸-27”（H3K27me），从而作为基因表达的正调控因子。
Divergent roles of a pair of homologous jumonji/zinc-finger-class transcription factor proteins in the regulation of Arabidopsis flowering time.2004 · DOI: 10.1105/tpc.104.025353
Modulation of brassinosteroid-regulated gene expression by Jumonji domain-containing proteins ELF6 and REF6 in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0802254105
Arabidopsis REF6 is a histone H3 lysine 27 demethylase.2011 · DOI: 10.1038/ng.854
Nuclear factor Y-mediated H3K27me3 demethylation of the SOC1 locus orchestrates flowering responses of Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1038/ncomms5601
Concerted genomic targeting of H3K27 demethylase REF6 and chromatin-remodeling ATPase BRM in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1038/ng.3555
REF6 recognizes a specific DNA sequence to demethylate H3K27me3 and regulate organ boundary formation in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1038/ng.3556
An H3K27me3 demethylase-HSFA2 regulatory loop orchestrates transgenerational thermomemory in Arabidopsis.2019 · DOI: 10.1038/s41422-019-0145-8
DNA methylation repels targeting of Arabidopsis REF6.2019 · DOI: 10.1038/s41467-019-10026-1
Epigenetic silencing of a multifunctional plant stress regulator.2019 · DOI: 10.7554/elife.47835
Crystal structures of REF6 and its complex with DNA reveal diverse recognition mechanisms.2020 · DOI: 10.1038/s41421-020-0150-6
Dehydroabietinal promotes flowering time and plant defense in Arabidopsis via the autonomous pathway genes FLOWERING LOCUS D, FVE, and RELATIVE OF EARLY FLOWERING 6.2020 · DOI: 10.1093/jxb/eraa232
The H3K27me3 Demethylase RELATIVE OF EARLY FLOWERING6 Suppresses Seed Dormancy by Inducing Abscisic Acid Catabolism.2020 · DOI: 10.1104/pp.20.01255
A new role for histone demethylases in the maintenance of plant genome integrity.2020 · DOI: 10.7554/elife.58533

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os10g0577600 组蛋白去甲基化酶，可对组蛋白 H3 的“Lys-9” 进行去甲基化，对 H3K9me3 和 H3K9me2 具有特定活性。
Rice jmjC domain-containing gene JMJ706 encodes H3K9 demethylase required for floral organ development.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0805901105
Os01g0907400 组蛋白去甲基化酶，去甲基化组蛋白H3的'Lys-27'（H3K27me），对H3K27me3和H3K27me2具有特异性活性。
Jumonji C domain protein JMJ705-mediated removal of histone H3 lysine 27 trimethylation is involved in defense-related gene activation in rice.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.118802
Os03g0151300 组蛋白去甲基化酶，可使组蛋白 H3 的“Lys-4” 去甲基化。
Se14, encoding a JmjC domain-containing protein, plays key roles in long-day suppression of rice flowering through the demethylation of H3K4me3 of RFT1.2014 · DOI: 10.1371/journal.pone.0096064
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026108 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0009266 response to temperature stimulus 生物过程
GO:0009408 response to heat 生物过程
GO:0009612 response to mechanical stimulus 生物过程
GO:0009627 systemic acquired resistance 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程
GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G48430
ath:AT5G46910
dosa:Os01g0907400
dosa:Os03g0151300
dosa:Os10g0577600
osa:9268736
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.918
排名 1 · TkAUNG022300 · TK1151
细胞质0.099
排名 2 · TkAUNG022300 · TK1151
细胞膜0.039
排名 3 · TkAUNG022300 · TK1151
内质网0.024
排名 4 · TkAUNG022300 · TK1151
质体0.021
排名 5 · TkAUNG022300 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02375JmjN101-133 aa
PF02373JmjC277-400 aa
PF21323KDM5_C-hel404-437 aa
PF02373JmjC457-479 aa
PF02928zf-C5HC2492-540 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkAUNG022300PF02375JmjN1011334.3e-1762.4
TkAUNG022300PF02373JmjC2774003.3e-39134.6
TkAUNG022300PF21323KDM5_C-hel4044370.002818.2
TkAUNG022300PF02373JmjC4574793.3e-39134.6
TkAUNG022300PF02928zf-C5HC24925401.1e-0732.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4KIX0拟南芥sp|F4KIX0|JMJ13_ARATH Lysine-specific demethylase JMJ1356.900%Swiss-Prot高置信
Q9STM3拟南芥sp|Q9STM3|REF6_ARATH Lysine-specific demethylase REF637.700%Swiss-Prot中等置信
Q336N8水稻sp|Q336N8|JM706_ORYSJ Lysine-specific demethylase JMJ70651.900%Swiss-Prot高置信
Q5N712水稻sp|Q5N712|JM705_ORYSJ Lysine-specific demethylase JMJ70540.600%Swiss-Prot中等置信
Q10RP4水稻sp|Q10RP4|SE14_ORYSJ Probable lysine-specific demethylase SE1438.300%Swiss-Prot低置信

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