TkA08G419110 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G419110

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 106513945-106543823 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2653 bp · TkA08G419110|TK1151|cDNA

AGATTTTGACAACTACTTGAAGAACTAAGGAAGAGGATGTGGGAGTTAAAGATAGCGGAAGGGGATGGCCCTTATTTGTACAGTACCAACAACTTTGTTGGTAGACAATTTTGGGAGTTTAATCCAGATGCTGGAACTCCAGAAGAGAAAGAGGAAATCGAAAAGGTTCGCCAGAAATTTAAAGATAATCGTAAAAAAGGAGGATTTCATGCTTGTGGCGATCTACTCATGCGGATGCAGCTAATGAAAGAAAATGCAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2298 bp · TkA08G419110|TK1151|CDS

ATGTGGGAGTTAAAGATAGCGGAAGGGGATGGCCCTTATTTGTACAGTACCAACAACTTTGTTGGTAGACAATTTTGGGAGTTTAATCCAGATGCTGGAACTCCAGAAGAGAAAGAGGAAATCGAAAAGGTTCGCCAGAAATTTAAAGATAATCGTAAAAAAGGAGGATTTCATGCTTGTGGCGATCTACTCATGCGGATGCAGCTAATGAAAGAAAATGCAATCGATCTTACGAGCATACTTCCGGTGAGAATAAGTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

765 aa · TkA08G419110|TK1151|PROTEIN

MWELKIAEGDGPYLYSTNNFVGRQFWEFNPDAGTPEEKEEIEKVRQKFKDNRKKGGFHACGDLLMRMQLMKENAIDLTSILPVRISEGEQVNYEATTIAVRKAVRLHRGIQAKDGHWPAENAGPLFFTPPLVIALYISGTINTVLSEEHKKEMIRYFHNHQNEDGGWGFYIEGHSTMIGSVLSYVALRLLGEGEDDGDGAIARARKWILDHGGAASIPSWGKVYLSVLGVYEWEGCNPLPPEFWLFPSTFPFHPAEMWCY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G419110`
TK1151 ID	TkA08G419110
OH-1004 ID	LXL04_027526
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	76.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.954 / OH-1004 95.214 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G419110`
位置	Chr08:106513945-106543823 (+)
描述	Similar to DDS: Dammarenediol II synthase
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_027526` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0002238 response to molecule of fungal origin 生物过程 GO:0010038 response to metal ion 生物过程 GO:0016104 triterpenoid biosynthetic process 生物过程 GO:0016135 saponin biosynthetic process 生物过程 GO:0019745 pentacyclic triterpenoid biosynthetic process 生物过程 GO:1902438 response to vanadate(3-) 生物过程 GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分 GO:0005811 lipid droplet 细胞组分 GO:0016829 lyase activity 分子功能 GO:0042300 beta-amyrin synthase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ag:BAB83088 ag:BAF33291 sly:100529102 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.332

排名 1 · TkA08G419110 · TK1151

细胞质0.189

排名 2 · TkA08G419110 · TK1151

内质网0.167

排名 3 · TkA08G419110 · TK1151

过氧化物酶体0.124

排名 4 · TkA08G419110 · TK1151

细胞膜0.079

排名 5 · TkA08G419110 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16517Nore1-SARAH36-52 aa

PF13243SQHop_cyclase_C90-170 aa

PF13249SQHop_cyclase_N102-360 aa

PF00432Prenyltrans139-191 aa

PF13243SQHop_cyclase_C145-211 aa

PF13243SQHop_cyclase_C415-754 aa

PF13249SQHop_cyclase_N418-452 aa

PF00432Prenyltrans515-577 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G419110	`PF16517`	Nore1-SARAH	36	52	0.44	11.1
TkA08G419110	`PF13243`	SQHop_cyclase_C	90	170	4.5e-51	174.5
TkA08G419110	`PF13249`	SQHop_cyclase_N	102	360	8e-43	147.4
TkA08G419110	`PF00432`	Prenyltrans	139	191	1.8e-05	25.0
TkA08G419110	`PF13243`	SQHop_cyclase_C	145	211	4.5e-51	174.5
TkA08G419110	`PF13243`	SQHop_cyclase_C	415	754	4.5e-51	174.5
TkA08G419110	`PF13249`	SQHop_cyclase_N	418	452	8e-43	147.4
TkA08G419110	`PF00432`	Prenyltrans	515	577	1.8e-05	25.0
TkA08G419110	`PF09492`	Pec_lyase	576	613	0.0011	19.1
TkA08G419110	`PF13249`	SQHop_cyclase_N	595	615	8e-43	147.4
TkA08G419110	`PF13249`	SQHop_cyclase_N	598	659	8e-43	147.4
TkA08G419110	`PF00432`	Prenyltrans	619	724	1.8e-05	25.0
TkA08G419110	`PF09492`	Pec_lyase	631	659	0.0011	19.1
TkA08G419110	`PF09492`	Pec_lyase	703	722	0.0011	19.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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