TkA08G413280 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G413280

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 105173937-105176743 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1737 bp · TkA08G413280|TK1151|cDNA

AAAAAAGTGCTCCTCATTTCAACTATTCATGTCGTCGTGGGTGAAGCGGGAACGCTCTTTAGCAGACGAAATCCCTTCACCGGGGAAGAGACCAAGAGTTAACTACTCACTAGTCAGATCTTCTCTACATCCGATCACCAATCATCGTGTCGCTCTAAACCCTGCGGATTGTGATCTAGATTTTAACATCGAGGGAAACGGTCTGAAAGGGTCAGCACTCTATGACCATGGATTCGCATACTGCTGGTCCGGGGCCCGTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1542 bp · TkA08G413280|TK1151|CDS

ATGTCGTCGTGGGTGAAGCGGGAACGCTCTTTAGCAGACGAAATCCCTTCACCGGGGAAGAGACCAAGAGTTAACTACTCACTAGTCAGATCTTCTCTACATCCGATCACCAATCATCGTGTCGCTCTAAACCCTGCGGATTGTGATCTAGATTTTAACATCGAGGGAAACGGTCTGAAAGGGTCAGCACTCTATGACCATGGATTCGCATACTGCTGGTCCGGGGCCCGTGCCAACACATCTATAACCGCCGGAAAGTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

513 aa · TkA08G413280|TK1151|PROTEIN

MSSWVKRERSLADEIPSPGKRPRVNYSLVRSSLHPITNHRVALNPADCDLDFNIEGNGLKGSALYDHGFAYCWSGARANTSITAGKYCFSCKILSTQPVEIDETTPDQNHLCRIGISTGEDKVGNLGETEHSFGFSNFGKFSNFGNFSTYGERFDIGDTILCAVDMESKPMCSIGFAKNGKWLGIARYFNQSSYFPHVLLKNVVVEMQFGYEDGLVPLNGYRPWGCAFGDGNGLVGPAFNDDVGNRELIMMVGLPGTGKT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G413280`
TK1151 ID	TkA08G413280
OH-1004 ID	LXL04_034619
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	96.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G413280`
位置	Chr08:105173937-105176743 (-)
描述	Similar to HNRNPUL1: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein U-like protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_034619` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0000380 alternative mRNA splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0000381 regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0006325 chromatin organization 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006396 RNA processing 生物过程 GO:0007346 regulation of mitotic cell cycle 生物过程 GO:0009615 response to virus 生物过程 GO:0010628 positive regulation of gene expression 生物过程 GO:0016071 mRNA metabolic process 生物过程 GO:0031048 regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation 生物过程
KEGG 基因交叉引用	hsa:11100 hsa:3192 mmu:232989 mmu:51810 rno:117280 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.578

排名 1 · TkA08G413280 · TK1151

细胞质0.425

排名 2 · TkA08G413280 · TK1151

细胞膜0.052

排名 3 · TkA08G413280 · TK1151

内质网0.036

排名 4 · TkA08G413280 · TK1151

线粒体0.026

排名 5 · TkA08G413280 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00622SPRY106-210 aa

PF12775AAA_7245-283 aa

PF13401AAA_22245-293 aa

PF00931NB-ARC245-273 aa

PF13191AAA_16245-276 aa

PF20720nSTAND3246-279 aa

PF13604AAA_30246-280 aa

PF13671AAA_33248-366 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G413280	`PF00622`	SPRY	106	210	5.1e-10	40.2
TkA08G413280	`PF12775`	AAA_7	245	283	0.0053	17.0
TkA08G413280	`PF13401`	AAA_22	245	293	0.015	16.4
TkA08G413280	`PF00931`	NB-ARC	245	273	0.2	11.9
TkA08G413280	`PF13191`	AAA_16	245	276	0.23	12.7
TkA08G413280	`PF20720`	nSTAND3	246	279	0.23	11.8
TkA08G413280	`PF13604`	AAA_30	246	280	0.37	11.2
TkA08G413280	`PF13671`	AAA_33	248	366	3.5e-17	63.7
TkA08G413280	`PF08433`	KTI12	248	336	0.00016	22.0
TkA08G413280	`PF00448`	SRP54	248	277	0.078	13.3
TkA08G413280	`PF00004`	AAA	249	312	0.041	15.0
TkA08G413280	`PF13238`	AAA_18	249	330	0.043	15.0
TkA08G413280	`PF13207`	AAA_17	252	331	0.024	15.6
TkA08G413280	`PF24402`	iHKD	279	300	0.066	14.0
TkA08G413280	`PF24402`	iHKD	348	381	0.066	14.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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