TkA08G392460 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G392460

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 100017286-100018829 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1098 bp · TkA08G392460|TK1151|cDNA

CTTCATCCACTGGATTTGGGATTTCCGTTGTTTTGTTTCTCGCCCTGGATTCAAAGCCGTAATTTACAATAATATCAGCAATCGAAGCATTTTCATTTCTTCTTCCAAGGTACTATTAGTAATATTCAATTCTTTGTATGGAATTATTTAACAAACGGTTGTGGGAAGCAGCCGAAGGAATTAGAGTATGATGCCAGGGAGAAATTATGGGAAAAGTTTGGATTATGTTCCGCTAAGTGCTATGTACCAGTTGTTTTTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

351 bp · TkA08G392460|TK1151|CDS

ATGGGACTCCTCAGCATCATTCGGAAGATCAAACGGAAAGAAAAAGAAATGCGTATTCTTATGAGGGGACTTGACAATTCTGGGAAGACAACAATAGTGTTGAAAATCAATGGTGAATATACCAGTGTCATCAGCCCTACTCTTGGCTTCAACATCAAAACCATGACCTATGATAAGTATACCCTAAACATATGGGATGTTGGAGGTCAAAAGACTATACGGTCTTACTGGAGAAACTACTTTGAGCAAACAGATGGATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

116 aa · TkA08G392460|TK1151|PROTEIN

MGLLSIIRKIKRKEKEMRILMRGLDNSGKTTIVLKINGEYTSVISPTLGFNIKTMTYDKYTLNIWDVGGQKTIRSYWRNYFEQTDGLVWVVDSSDLIRLDDCKYELDNLLKEERLS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G392460`
TK1151 ID	TkA08G392460
OH-1004 ID	LXL04_038451
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.276 / OH-1004 66.279 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G392460

位置 Chr08:100017286-100018829 (+)

描述 Similar to ARL2: ADP-ribosylation factor-like protein 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g18390`	在微管生物发生的辅因子依赖性途径中发挥作用。	The TITAN5 gene of Arabidopsis encodes a protein related to the ADP ribosylation factor family of GTP binding proteins.2000 · DOI: 10.1105/tpc.12.8.1379

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038451 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000226 microtubule cytoskeleton organization 生物过程

GO:0006110 regulation of glycolytic process 生物过程

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0007021 tubulin complex assembly 生物过程

GO:0007098 centrosome cycle 生物过程

GO:0009558 embryo sac cellularization 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009960 endosperm development 生物过程

GO:0010811 positive regulation of cell-substrate adhesion 生物过程

GO:0015870 acetylcholine transport 生物过程

GO:0031113 regulation of microtubule polymerization 生物过程

GO:0031116 positive regulation of microtubule polymerization 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G18390

bta:511349

hsa:402

mmu:56327

rno:65142

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.433

排名 1 · TkA08G392460 · TK1151

高尔基体0.260

排名 2 · TkA08G392460 · TK1151

溶酶体／液泡0.221

排名 3 · TkA08G392460 · TK1151

细胞膜0.184

排名 4 · TkA08G392460 · TK1151

细胞核0.144

排名 5 · TkA08G392460 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00025Arf4-115 aa

PF00503G-alpha11-37 aa

PF09439SRPRB16-94 aa

PF08477Roc18-97 aa

PF04670Gtr1_RagA18-95 aa

PF02421FeoB_N18-76 aa

PF01926MMR_HSR119-110 aa

PF00071Ras20-95 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G392460	`PF00025`	Arf	4	115	1.2e-44	152.6
TkA08G392460	`PF00503`	G-alpha	11	37	7.7e-11	42.4
TkA08G392460	`PF09439`	SRPRB	16	94	6.4e-05	23.1
TkA08G392460	`PF08477`	Roc	18	97	4.8e-10	40.4
TkA08G392460	`PF04670`	Gtr1_RagA	18	95	6.2e-06	26.5
TkA08G392460	`PF02421`	FeoB_N	18	76	0.046	14.0
TkA08G392460	`PF01926`	MMR_HSR1	19	110	0.00016	22.4
TkA08G392460	`PF00071`	Ras	20	95	9.3e-07	29.3
TkA08G392460	`PF00503`	G-alpha	45	95	7.7e-11	42.4
TkA08G392460	`PF22155`	Mre11_acc_DNA_cap	53	114	0.0062	17.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZPX1`	拟南芥	sp\|Q9ZPX1\|ARF5_ARATH ADP-ribosylation factor-like protein 2	92.200%	Swiss-Prot	高置信

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