RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G312670
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 80826213-80828891 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1125 bp · TkA08G312670|TK1151|cDNA

ATGGGTCTTGTCTCCGTGTTCGGGACCCACGTTGATACATACTATAATAGATTATTAGCCGGCGAAAGTGGAATCAGTTTAATCGACCGATTCGATGCGTCCATGCTCCCCACCCAATTCGGTGCTCAAATTCGCGGATTCCAAACACACGAGCATATTAACTGTATACATAATCCGGGACTTGATGATTGCCAACGGTATTGCATTATTTCTGGGAAAAAACTCTTGAAAATGCTGCTCTTAATGAACGCTCAAAGGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1125 bp · TkA08G312670|TK1151|CDS

ATGGGTCTTGTCTCCGTGTTCGGGACCCACGTTGATACATACTATAATAGATTATTAGCCGGCGAAAGTGGAATCAGTTTAATCGACCGATTCGATGCGTCCATGCTCCCCACCCAATTCGGTGCTCAAATTCGCGGATTCCAAACACACGAGCATATTAACTGTATACATAATCCGGGACTTGATGATTGCCAACGGTATTGCATTATTTCTGGGAAAAAACTCTTGAAAATGCTGCTCTTAATGAACGCTCAAAGGAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

374 aa · TkA08G312670|TK1151|PROTEIN

MGLVSVFGTHVDTYYNRLLAGESGISLIDRFDASMLPTQFGAQIRGFQTHEHINCIHNPGLDDCQRYCIISGKKLLKMLLLMNAQRMQINKERAGVLIGSGIGGVTVFSDAVESLIDGGYGKISPLFTPYYIPNMSSALLAIDLGYMGPTYSISAACATSNFCIYAAANHIREGDADLMIAGGVEASFVPVGFGGFAACNALSKRNHDPHTASRPWDKDRDGIVIGEGAGVLVMESLEHAMKRGAPILAEYLGGAVNCDA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G312670
TK1151 IDTkA08G312670
OH-1004 IDLXL04_033895
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)95.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 83.422 / OH-1004 86.555
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G312670
位置Chr08:80826213-80828891 (-)
描述Similar to KAS1: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g46290 催化脂肪酸合成的缩合反应，通过将来自丙二酰-ACP的两个碳添加到酰基受体上。 暂无已核实直接文献
At1g74960 通过加成丙二酰-ACP 的两个碳酰基受体来催化脂肪酸合成缩合反应的必需蛋白。
A KAS2 cDNA complements the phenotypes of the Arabidopsis fab1 mutant that differs in a single residue bordering the substrate binding pocket.2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01253.x
A Mutant of Arabidopsis Deficient in the Elongation of Palmitic Acid.1994 · DOI: 10.1104/pp.106.1.143
Elevated Levels of High-Melting-Point Phosphatidylglycerols Do Not Induce Chilling Sensitivity in an Arabidopsis Mutant.1995 · DOI: 10.1105/tpc.7.1.17
Modulating seed beta-ketoacyl-acyl carrier protein synthase II level converts the composition of a temperate seed oil to that of a palm-like tropical oil.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0611141104
Expression and developmental function of the 3-ketoacyl-ACP synthase2 gene in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1266/ggs.83.143
Low-temperature damage and subsequent recovery of fab1 mutant Arabidopsis exposed to 2 degrees C.1997 · DOI: 10.1104/pp.113.2.347

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033895 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006633 fatty acid biosynthetic process 生物过程
GO:0006636 unsaturated fatty acid biosynthetic process 生物过程
GO:0009631 cold acclimation 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0010020 chloroplast fission 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009536 plastid 细胞组分
GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分
GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分
GO:0004315 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G74960
ath:AT5G46290
sam:MW0866
sas:SAS0854
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

过氧化物酶体0.273
排名 1 · TkA08G312670 · TK1151
细胞质0.215
排名 2 · TkA08G312670 · TK1151
线粒体0.190
排名 3 · TkA08G312670 · TK1151
内质网0.160
排名 4 · TkA08G312670 · TK1151
细胞核0.055
排名 5 · TkA08G312670 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00109ketoacyl-synt1-240 aa
PF00108Thiolase_N138-185 aa
PF02801Ketoacyl-synt_C248-361 aa
PF00108Thiolase_N305-305 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G312670PF00109ketoacyl-synt12402.5e-42146.0
TkA08G312670PF00108Thiolase_N1381856.1e-0523.2
TkA08G312670PF02801Ketoacyl-synt_C2483614.5e-32111.3
TkA08G312670PF00108Thiolase_N3053056.1e-0523.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
P52410拟南芥sp|P52410|KASC1_ARATH 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I, chloroplastic70.400%Swiss-Prot高置信
Q9C9P4拟南芥sp|Q9C9P4|KASC2_ARATH 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II, chloroplastic52.100%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看