TkA08G296340 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G296340

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 76812840-76813864 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

576 bp · TkA08G296340|TK1151|cDNA

ATGTGGGCGACGGCGACGATTCTAATCCCCATTAAAGGGCGACCGGCGAATTACAACGTCATGTTTCAATTAGCGGACTCCGAAGGAACGCCGCTCGGTGCTTCCATATATCTTCCCCAAAGCATTGGCCCCAAGGAGCTTCAACAGATGGTTAACAAGTTGCTCAACAATGAGGAAAGGCTACCATACGCCTTTTATATATCCGATCAAGAGCTTGTTATACAACTAGGAGATTATTTGCAGAAGAACAAAGTTTCTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

576 bp · TkA08G296340|TK1151|CDS

ATGTGGGCGACGGCGACGATTCTAATCCCCATTAAAGGGCGACCGGCGAATTACAACGTCATGTTTCAATTAGCGGACTCCGAAGGAACGCCGCTCGGTGCTTCCATATATCTTCCCCAAAGCATTGGCCCCAAGGAGCTTCAACAGATGGTTAACAAGTTGCTCAACAATGAGGAAAGGCTACCATACGCCTTTTATATATCCGATCAAGAGCTTGTTATACAACTAGGAGATTATTTGCAGAAGAACAAAGTTTCTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

191 aa · TkA08G296340|TK1151|PROTEIN

MWATATILIPIKGRPANYNVMFQLADSEGTPLGASIYLPQSIGPKELQQMVNKLLNNEERLPYAFYISDQELVIQLGDYLQKNKVSVEKVVTIVYRPRAVLRIRPVTRCSSTIAGHTEAVLSVVFSLDGQQLASGSGDTTVRLWDLNTQTPLFTCTWHKNWVLCVSWSPDGKHLVSGSKSGEIQICKIRSL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G296340`
TK1151 ID	TkA08G296340
OH-1004 ID	LXL04_010891
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	93.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 73.298 / OH-1004 29.167 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G296340

位置 Chr08:76812840-76813864 (+)

描述 Similar to NLE1: Notchless protein homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g52820`	雌配子体发育所需。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010891 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000027 ribosomal large subunit assembly 生物过程

GO:0007219 Notch signaling pathway 生物过程

GO:0008593 regulation of Notch signaling pathway 生物过程

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0042273 ribosomal large subunit biogenesis 生物过程

GO:0045930 negative regulation of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0061484 hematopoietic stem cell homeostasis 生物过程

GO:0090263 positive regulation of canonical Wnt signaling pathway 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0080008 Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G52820

hsa:54475

mmu:217011

pon:100171489

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.514

排名 1 · TkA08G296340 · TK1151

细胞核0.313

排名 2 · TkA08G296340 · TK1151

线粒体0.099

排名 3 · TkA08G296340 · TK1151

细胞膜0.081

排名 4 · TkA08G296340 · TK1151

内质网0.075

排名 5 · TkA08G296340 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22007DUF693014-90 aa

PF08154NLE23-80 aa

PF25047Beta-prop_TEP1_2nd87-188 aa

PF25460Beta-prop_Aladin101-182 aa

PF25174Beta-prop_THOC3107-189 aa

PF25391WD40_Gbeta107-189 aa

PF00400WD40108-145 aa

PF25175Beta-prop_WDR5108-189 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G296340	`PF22007`	DUF6930	14	90	0.087	13.8
TkA08G296340	`PF08154`	NLE	23	80	1.3e-13	51.9
TkA08G296340	`PF25047`	Beta-prop_TEP1_2nd	87	188	4.8e-14	52.9
TkA08G296340	`PF25460`	Beta-prop_Aladin	101	182	3.5e-06	27.1
TkA08G296340	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	107	189	1.4e-19	70.9
TkA08G296340	`PF25391`	WD40_Gbeta	107	189	3e-09	37.1
TkA08G296340	`PF00400`	WD40	108	145	4.4e-20	72.0
TkA08G296340	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	108	189	7.9e-18	65.5
TkA08G296340	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	108	183	3.8e-13	50.1
TkA08G296340	`PF24814`	WD40_Prp19	108	188	7.6e-11	42.3
TkA08G296340	`PF24782`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	108	146	1.8e-09	37.7
TkA08G296340	`PF23756`	Beta-prop_HPS5	108	189	0.00019	21.5
TkA08G296340	`PF23419`	WD40_RFWD3	108	190	0.055	13.5
TkA08G296340	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	109	184	2e-16	61.0
TkA08G296340	`PF23869`	Beta-prop_WDR75_1st	109	146	8.8e-05	22.7
TkA08G296340	`PF24506`	KNTC1_N	109	151	0.06	13.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FLX9`	拟南芥	sp\|Q9FLX9\|NLE1_ARATH Notchless protein homolog	69.100%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情