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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G206200
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 53873566-53874108 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

543 bp · TkA08G206200|TK1151|cDNA

ATGAACAACACGGCGGCGCCGTCGTCCGACTCCGGTGACTTTCTTGGGTCACAAAACATCGGTGGGTTCGGGTACGGTATCGGAATCTCACTAGGCATACTTCTCCTGATCGTAACCATCACCTTGGCGTCTTATTACTGTACTAGAAGTACACAACCGTCGTCACCACCACCGCAATCAAGTGTCCGGAGGCGGAGGAGTAGCAATGGTGCAATGGACGGCCAACCGGACTCAGCCCATTGCGTGGTGGACATGGGTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

543 bp · TkA08G206200|TK1151|CDS

ATGAACAACACGGCGGCGCCGTCGTCCGACTCCGGTGACTTTCTTGGGTCACAAAACATCGGTGGGTTCGGGTACGGTATCGGAATCTCACTAGGCATACTTCTCCTGATCGTAACCATCACCTTGGCGTCTTATTACTGTACTAGAAGTACACAACCGTCGTCACCACCACCGCAATCAAGTGTCCGGAGGCGGAGGAGTAGCAATGGTGCAATGGACGGCCAACCGGACTCAGCCCATTGCGTGGTGGACATGGGTAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

180 aa · TkA08G206200|TK1151|PROTEIN

MNNTAAPSSDSGDFLGSQNIGGFGYGIGISLGILLLIVTITLASYYCTRSTQPSSPPPQSSVRRRRSSNGAMDGQPDSAHCVVDMGIDEATLSSYPIVAYSDVKIKRKDSGSSCCSICLADYKGKDLLRQLPDCGHLFHVKCVDPWLRLNPTCPNCRTSPIPTPLSTPLAEVVPLTGRRS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G206200
TK1151 IDTkA08G206200
OH-1004 IDLXL04_032810
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G206200
位置Chr08:53873566-53874108 (-)
描述Similar to ATL71: Putative RING-H2 finger protein ATL71
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g35910 RING-H2 锌指蛋白 ATL70。 暂无已核实直接文献
At5g06490 推测的RING-H2指蛋白 ATL71。 暂无已核实直接文献
At1g20823 可能参与植物防御信号通路的早期阶段。 暂无已核实直接文献
At5g58580 RING-H2指蛋白 ATL63。 暂无已核实直接文献
At1g76410 RING-H2 指蛋白 ATL8。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032810 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G35910
ath:AT2G46160
ath:AT3G61550
ath:AT5G06490
ath:AT5G07040
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.473
排名 1 · TkA08G206200 · TK1151
内质网0.206
排名 2 · TkA08G206200 · TK1151
溶酶体／液泡0.202
排名 3 · TkA08G206200 · TK1151
细胞质0.154
排名 4 · TkA08G206200 · TK1151
细胞核0.132
排名 5 · TkA08G206200 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04341DUF48518-51 aa
PF17122zf-C3H2C394-101 aa
PF12678zf-rbx1113-157 aa
PF13920zf-C3HC4_3113-158 aa
PF13639zf-RING_2114-157 aa
PF12861zf-ANAPC11114-158 aa
PF17123zf-RING_11115-143 aa
PF00097zf-C3HC4115-156 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G206200PF04341DUF48518510.2412.1
TkA08G206200PF17122zf-C3H2C3941010.06514.0
TkA08G206200PF12678zf-rbx11131573.5e-0731.1
TkA08G206200PF13920zf-C3HC4_31131580.2212.1
TkA08G206200PF13639zf-RING_21141575.2e-1349.7
TkA08G206200PF12861zf-ANAPC111141580.1313.0
TkA08G206200PF17123zf-RING_111151431.6e-0938.0
TkA08G206200PF00097zf-C3HC41151561.8e-0731.6
TkA08G206200PF13923zf-C3HC4_21151569.1e-0626.1
TkA08G206200PF13445zf-RING_UBOX1151542.6e-0524.8
TkA08G206200PF14634zf-RING_51151580.005517.4
TkA08G206200PF23412zf_RING_Vps81151430.01416.0
TkA08G206200PF00628PHD1151560.07213.8
TkA08G206200PF17120zf-RING_161151540.2111.9
TkA08G206200PF14570zf-RING_41151580.2811.7
TkA08G206200PF11793FANCL_C1151520.4511.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8RX29拟南芥sp|Q8RX29|ATL70_ARATH RING-H2 finger protein ATL7049.200%Swiss-Prot中等置信
Q9FG21拟南芥sp|Q9FG21|ATL71_ARATH Putative RING-H2 finger protein ATL7140.100%Swiss-Prot中等置信
Q9LM69拟南芥sp|Q9LM69|ATL80_ARATH RING-H2 finger protein ATL8034.800%Swiss-Prot低置信
Q9LUZ9拟南芥sp|Q9LUZ9|ATL63_ARATH RING-H2 finger protein ATL6338.700%Swiss-Prot低置信
Q8LC69拟南芥sp|Q8LC69|ATL8_ARATH RING-H2 finger protein ATL840.300%Swiss-Prot低置信

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