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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G195400
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 51027487-51031887 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2907 bp · TkA08G195400|TK1151|cDNA

ATGTTTTACTGTGTTTTACTGTTCATGATTCTCTCTCAGAACTTCTTTTCGGACGGAAAATACTTCGCAAATGATTTAGTCGCCAATGTTGAAGCAGATAACTGGAGAGCTTCGCATCATCGTTATCAAATTCTTTCATCTTCTGCGGTTGAAGATCTAACTGAGAAAAACAACAAACAGCAGTATAGAATTACAAAGATGAATGCAGATAGCTCAATTTCAGTTACTTCAATGTCAAAGAAAAGAGAGAGGCCTGAAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2907 bp · TkA08G195400|TK1151|CDS

ATGTTTTACTGTGTTTTACTGTTCATGATTCTCTCTCAGAACTTCTTTTCGGACGGAAAATACTTCGCAAATGATTTAGTCGCCAATGTTGAAGCAGATAACTGGAGAGCTTCGCATCATCGTTATCAAATTCTTTCATCTTCTGCGGTTGAAGATCTAACTGAGAAAAACAACAAACAGCAGTATAGAATTACAAAGATGAATGCAGATAGCTCAATTTCAGTTACTTCAATGTCAAAGAAAAGAGAGAGGCCTGAAAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

968 aa · TkA08G195400|TK1151|PROTEIN

MFYCVLLFMILSQNFFSDGKYFANDLVANVEADNWRASHHRYQILSSSAVEDLTEKNNKQQYRITKMNADSSISVTSMSKKRERPEKGKKLNARAYKKLFQIAGQKMKEASQGGDLITTSVTSTEVNETETLVMKSCSDSKQERHRVTLESEEVFFSNPESANEHPQMDGSECVTMLKTGPTCSAELAESQFEVSIEVQHHVNKLRDYWNRGQNSVFFDGQDRIIKVVQFVLSLLDNVKQPILIITASRSLSLWESEFSK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G195400
TK1151 IDTkA08G195400
OH-1004 IDLXL04_032672
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)98.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 97.211 / OH-1004 94.100
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G195400
位置Chr08:51027487-51031887 (-)
描述Similar to MOM1: Helicase protein MOM1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g08060 与PIAL1和PIAL2一起，独立于DNA甲基化变化调控转录基因沉默（TGS）。
Two regulatory levels of transcriptional gene silencing in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1073/pnas.202380499
Two means of transcriptional reactivation within heterochromatin.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01667.x
Epigenetic regulation of transcription in intermediate heterochromatin.2006 · DOI: 10.1038/sj.embor.7400835
MOM1 mediates DNA-methylation-independent silencing of repetitive sequences in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1038/sj.embor.7400791
Divergent evolution of CHD3 proteins resulted in MOM1 refining epigenetic control in vascular plants.2008 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1000165
MOM1 and Pol-IV/V interactions regulate the intensity and specificity of transcriptional gene silencing.2010 · DOI: 10.1038/emboj.2009.328
Locus-specific dependency of endogenous silent loci on MOM1 and non-CG methylation in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.4161/psb.5.6.11663
MORPHEUS' MOLECULE1 is required to prevent aberrant RNA transcriptional read-through in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.162131
Transcriptional silencing induced by Arabidopsis T-DNA mutants is associated with 35S promoter siRNAs and requires genes involved in siRNA-mediated chromatin silencing.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04358.x
Structural basis of transcriptional gene silencing mediated by Arabidopsis MOM1.2012 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1002484
The SUMO E3 Ligase-Like Proteins PIAL1 and PIAL2 Interact with MOM1 and Form a Novel Complex Required for Transcriptional Silencing.2016 · DOI: 10.1105/tpc.15.00997
At5g44800 染色质重塑蛋白，通过组蛋白结合DNA并调控基因转录。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032672 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程
GO:0000729 DNA double-strand break processing 生物过程
GO:0001178 regulation of transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter 生物过程
GO:0006335 DNA replication-dependent chromatin assembly 生物过程
GO:0006337 nucleosome disassembly 生物过程
GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0006363 termination of RNA polymerase I transcription 生物过程
GO:0006368 transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G08060
ath:AT5G44800
hsa:1107
sce:YER164W
spo:2542363
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.808
排名 1 · TkA08G195400 · TK1151
细胞质0.208
排名 2 · TkA08G195400 · TK1151
细胞膜0.035
排名 3 · TkA08G195400 · TK1151
线粒体0.034
排名 4 · TkA08G195400 · TK1151
高尔基体0.019
排名 5 · TkA08G195400 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00176SNF2-rel_dom34-92 aa
PF11496HDA2-3135-167 aa
PF00176SNF2-rel_dom239-349 aa
PF19627ADNP_N329-422 aa
PF11496HDA2-3404-628 aa
PF00176SNF2-rel_dom405-457 aa
PF00271Helicase_C484-596 aa
PF26081DUF8031654-680 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G195400PF00176SNF2-rel_dom34923.3e-1040.3
TkA08G195400PF11496HDA2-31351670.0004220.3
TkA08G195400PF00176SNF2-rel_dom2393493.3e-1040.3
TkA08G195400PF19627ADNP_N3294220.00817.6
TkA08G195400PF11496HDA2-34046280.0004220.3
TkA08G195400PF00176SNF2-rel_dom4054573.3e-1040.3
TkA08G195400PF00271Helicase_C4845960.002119.0
TkA08G195400PF26081DUF80316546800.5610.8
TkA08G195400PF07028DUF13196596863.18.8
TkA08G195400PF07028DUF13198559123.18.8
TkA08G195400PF00176SNF2-rel_dom8618893.3e-1040.3
TkA08G195400PF26081DUF80318629070.5610.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9M658拟南芥sp|Q9M658|MOM1_ARATH Helicase protein MOM139.600%Swiss-Prot低置信
F4KBP5拟南芥sp|F4KBP5|CHR4_ARATH Protein CHROMATIN REMODELING 428.000%Swiss-Prot低置信

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