TkA08G188590 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G188590

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 49289618-49292189 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1251 bp · TkA08G188590|TK1151|cDNA

TAGCGTATCATAACTCCGTCCCGCTCTCCCTTTATAACTCCGTATTCATTTCCTCCAAACCCTAACGTTTTCTCTGCTCAAACACACTTCTCGCTGCCGCTCCCTTTGTCTCTCCAACCTTTATTTCCTTCTGCAACAATGGAGTTTTGGGGTGTCGAAGTTAAAAGCGGACAATCATTTGATGTAGTCCTTGGTGAAGGCGAAGTCTTGCATCTTTCACAGGCTTGTCTTGGAGAATGCAAGAAGGACTCAAAGGATGC...

CDS

下载 CDS FASTA

906 bp · TkA08G188590|TK1151|CDS

ATGGAGTTTTGGGGTGTCGAAGTTAAAAGCGGACAATCATTTGATGTAGTCCTTGGTGAAGGCGAAGTCTTGCATCTTTCACAGGCTTGTCTTGGAGAATGCAAGAAGGACTCAAAGGATGCAGTTTGCCTTAGCATGACTGTTAATGGCAAGAAGCTCGTGTTAGGAACCCTTCATCCCGAGAGGCTTCCACAACAGCTGTTTGACTTGGTTTTTGACAAAGACTTTCAAATCTCACACAACTCCAAGAACACCAGTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

301 aa · TkA08G188590|TK1151|PROTEIN

MEFWGVEVKSGQSFDVVLGEGEVLHLSQACLGECKKDSKDAVCLSMTVNGKKLVLGTLHPERLPQQLFDLVFDKDFQISHNSKNTSVYFYGYKAEQPNDDHVHSEDFDSEEEDEELPLPAVNGKQEAKKEEKAVVGGKKEEKAAGKQKVKIVEPAKDSEDDDDDSEDDSDAMDADSDDDEENEDSSDDEEDSDEEDETPKKQQSGKKRPNESASKTPVSEKKAKNSTTTPQKTEGKKGGAVHIATPHPSKGASKTPAGGS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G188590`
TK1151 ID	TkA08G188590
OH-1004 ID	LXL04_009348
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	42.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 40.864 / OH-1004 46.400 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G188590

位置 Chr08:49289618-49292189 (+)

描述 Similar to HDT1: Histone deacetylase HDT1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g44750`	可能介导核心组蛋白H2A、H2B、H3和H4的N端赖氨酸残基去乙酰化。	Functional analysis of HD2 histone deacetylase homologues in Arabidopsis thaliana.2000 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2000.00711.x Repression of gene expression by Arabidopsis HD2 histone deacetylases.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01714.x Expression and function of HD2-type histone deacetylases in Arabidopsis development.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02083.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009348 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009294 DNA-mediated transformation 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009944 polarity specification of adaxial/abaxial axis 生物过程

GO:0010162 seed dormancy process 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G44750

ath:AT5G03740

gmx:547649

zma:542636

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.948

排名 1 · TkA08G188590 · TK1151

细胞质0.139

排名 2 · TkA08G188590 · TK1151

细胞膜0.025

排名 3 · TkA08G188590 · TK1151

内质网0.017

排名 4 · TkA08G188590 · TK1151

细胞外0.017

排名 5 · TkA08G188590 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17800NPL3-92 aa

PF03066Nucleoplasmin3-66 aa

PF12874zf-met77-84 aa

PF03066Nucleoplasmin88-152 aa

PF05764YL192-148 aa

PF04147Nop1498-224 aa

PF05764YL1158-253 aa

PF12815CTD212-260 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G188590	`PF17800`	NPL	3	92	1.7e-18	67.9
TkA08G188590	`PF03066`	Nucleoplasmin	3	66	0.0072	17.3
TkA08G188590	`PF12874`	zf-met	77	84	0.021	15.8
TkA08G188590	`PF03066`	Nucleoplasmin	88	152	0.0072	17.3
TkA08G188590	`PF05764`	YL1	92	148	1.5	9.5
TkA08G188590	`PF04147`	Nop14	98	224	0.034	13.1
TkA08G188590	`PF05764`	YL1	158	253	1.5	9.5
TkA08G188590	`PF12815`	CTD	212	260	6.0	8.2
TkA08G188590	`PF12815`	CTD	253	276	6.0	8.2
TkA08G188590	`PF13912`	zf-C2H2_6	274	298	0.15	12.8
TkA08G188590	`PF12171`	zf-C2H2_jaz	275	293	0.0018	19.1
TkA08G188590	`PF12874`	zf-met	276	296	0.021	15.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FVE6`	拟南芥	sp\|Q9FVE6\|HDT1_ARATH Histone deacetylase HDT1	53.200%	Swiss-Prot	低置信

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