TkA08G178670 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G178670

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 46759486-46763817 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2605 bp · TkA08G178670|TK1151|cDNA

AATTACCATACGTAAATTTATATATACATTCTCATAATAAGTAAGAATATATATACTTATTATCTTGCAAAAGTGAATGACTAGGTACTTGTTAAATTTAAAATAGTAAAATTTCAAAAACACTAATTATTGATTAACATGCTACCTAAACGGGCACCGCTTGGGTTCACCGGCAGTGCTCTGTGACACTGTGTACTATACGATGACTTTTATTTGGTAAACCTTTCCCTTTTTCTCACCTTTGGCCATGGCCACACTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1968 bp · TkA08G178670|TK1151|CDS

ATGGACCAAAAAACATGGTCTTGGAGAAAAAGATCTGTCCATAAATCCGTCGATAGCGATGCTGAATTCTCTATAAAAAGAAATGAAGAAGAGAGACTTCAGTATGAAAAAGAAGCAGCTTTAGAGAGGACTGTGAAAAACCTCCATGAAAAGATAGCTTCTCTCCTATGTGAGTGCAATTCCAAAAATACCCTCATCGCCGAACATGCAAAAACCGCACAAGAAGCCATTAAAGGTCGGGAGAAAGCTCTTGAAGAACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

655 aa · TkA08G178670|TK1151|PROTEIN

MDQKTWSWRKRSVHKSVDSDAEFSIKRNEEERLQYEKEAALERTVKNLHEKIASLLCECNSKNTLIAEHAKTAQEAIKGREKALEELGVKTQELESAINQKLEANERLVHLNTALKENREQLNSLKEEHDRKTVIEPMEELKRANKLLQEKINDANKNLADLTIENAHLSNTLMIKEELIEDVSHQMSQATIEFNDLITRLDSMEKENGILKYEYRVLERELEVQIRCADVASGQQRESMKRAAKMESECQKLRLLVKKQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G178670`
TK1151 ID	TkA08G178670
OH-1004 ID	LXL04_017396
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	96.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.695 / OH-1004 46.324 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G178670

位置 Chr08:46759486-46763817 (+)

描述 Similar to FPP7: Filament-like plant protein 7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g23360`	纤维状植物蛋白7。	暂无已核实直接文献
`At1g19835`	类丝状植物蛋白 4。	暂无已核实直接文献
`At1g47900`	丝状植物蛋白 6。	暂无已核实直接文献
`At3g05270`	与COG2和FPP2/VETH2形成复合物，在木质部细胞次生细胞壁沉积过程中，通过招募EXO70A1，将胞吐复合体（exocyst）组分招募至皮层微管，确保正确的次生细胞壁（SCW）沉积模式。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017396 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010090 trichome morphogenesis 生物过程

GO:0046785 microtubule polymerization 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0003824 catalytic activity 分子功能

GO:0008017 microtubule binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G19835

ath:AT2G23360

ath:AT4G36120

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.507

排名 1 · TkA08G178670 · TK1151

细胞膜0.300

排名 2 · TkA08G178670 · TK1151

细胞核0.299

排名 3 · TkA08G178670 · TK1151

内质网0.046

排名 4 · TkA08G178670 · TK1151

高尔基体0.043

排名 5 · TkA08G178670 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30842LEKR129-122 aa

PF28907ZapB_rel37-59 aa

PF08614ATG1638-208 aa

PF28907ZapB_rel61-92 aa

PF05911FPP62-263 aa

PF29075NOCA1_mid67-163 aa

PF30842LEKR178-161 aa

PF28907ZapB_rel92-126 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G178670	`PF30842`	LEKR1	29	122	8.6	7.4
TkA08G178670	`PF28907`	ZapB_rel	37	59	0.15	13.4
TkA08G178670	`PF08614`	ATG16	38	208	0.015	16.2
TkA08G178670	`PF28907`	ZapB_rel	61	92	0.15	13.4
TkA08G178670	`PF05911`	FPP	62	263	2.6e-100	337.7
TkA08G178670	`PF29075`	NOCA1_mid	67	163	0.0025	18.4
TkA08G178670	`PF30842`	LEKR1	78	161	8.6	7.4
TkA08G178670	`PF28907`	ZapB_rel	92	126	0.15	13.4
TkA08G178670	`PF28907`	ZapB_rel	135	171	0.15	13.4
TkA08G178670	`PF30842`	LEKR1	146	232	8.6	7.4
TkA08G178670	`PF28907`	ZapB_rel	162	197	0.15	13.4
TkA08G178670	`PF29075`	NOCA1_mid	177	316	0.0025	18.4
TkA08G178670	`PF28907`	ZapB_rel	196	221	0.15	13.4
TkA08G178670	`PF30842`	LEKR1	235	320	8.6	7.4
TkA08G178670	`PF08614`	ATG16	241	319	0.015	16.2
TkA08G178670	`PF05911`	FPP	266	301	2.6e-100	337.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SLN1`	拟南芥	sp\|Q9SLN1\|FPP7_ARATH Filament-like plant protein 7	24.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q0WSY2`	拟南芥	sp\|Q0WSY2\|FPP4_ARATH Filament-like plant protein 4	30.400%	Swiss-Prot	低置信
`Q9C698`	拟南芥	sp\|Q9C698\|FPP6_ARATH Filament-like plant protein 6	34.700%	Swiss-Prot	低置信
`Q9MA92`	拟南芥	sp\|Q9MA92\|FPP3_ARATH Filament-like plant protein 3	28.800%	Swiss-Prot	低置信

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