TkA08G177520 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G177520

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 46458113-46458841 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

696 bp · TkA08G177520|TK1151|cDNA

ATGAATTCGTTTACAAAACATTTTGATAGAATCAAAGGACCATGGACCACCGAAGAAGACGAGTTATTGTGTAAGTTAGTGAATCAGCACGGTGCTCGGAGCTGGACGTCGATTAGCAAGTCGATTCCCGGTAGATCTGGCAAGTCGTGTCGTCTGCGGTGGTGTAACCAGCTATCGCCCGAAGTTGAACATCGGCCGTTCACGGTGGAGGATGATGAGGTTATTATGAAGGCGCATGCTCAGTTCGGGAACAAATGGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

696 bp · TkA08G177520|TK1151|CDS

ATGAATTCGTTTACAAAACATTTTGATAGAATCAAAGGACCATGGACCACCGAAGAAGACGAGTTATTGTGTAAGTTAGTGAATCAGCACGGTGCTCGGAGCTGGACGTCGATTAGCAAGTCGATTCCCGGTAGATCTGGCAAGTCGTGTCGTCTGCGGTGGTGTAACCAGCTATCGCCCGAAGTTGAACATCGGCCGTTCACGGTGGAGGATGATGAGGTTATTATGAAGGCGCATGCTCAGTTCGGGAACAAATGGGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

231 aa · TkA08G177520|TK1151|PROTEIN

MNSFTKHFDRIKGPWTTEEDELLCKLVNQHGARSWTSISKSIPGRSGKSCRLRWCNQLSPEVEHRPFTVEDDEVIMKAHAQFGNKWATIARLLNGRTDNAVKNHWNSTLKRKYAAADGDDGEREANATAVTNSGSPSGSDVCDSRNNTPLLSVGETCITSPGSRQKGERDPPTALTLALPGTVSYSYEICDEGMKKINATAFSKDILVVMQEMIRNEVRKYMQCEQGLMSV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G177520`
TK1151 ID	TkA08G177520
OH-1004 ID	LXL04_017376
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	95.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G177520

位置 Chr08:46458113-46458841 (-)

描述 Similar to MYB73: Transcription factor MYB73

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g67300`	转录因子。	Overexpression of AtMYB44 enhances stomatal closure to confer abiotic stress tolerance in transgenic Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1104/pp.107.110981 Two novel MYB homologues with changed expression in late embryogenesis-defective Arabidopsis mutants.1998 · DOI: 10.1023/a:1006011002499
`At3g50060`	参与生长素反应的转录因子。	The Arabidopsis transcription factor MYB77 modulates auxin signal transduction.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.050963
`At4g37260`	在盐胁迫反应中发挥作用的转录因子。	Loss of the R2R3 MYB, AtMyb73, causes hyper-induction of the SOS1 and SOS3 genes in response to high salinity in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1016/j.jplph.2013.05.011
`At3g09230`	转录因子MYB1。	暂无已核实直接文献
`At2g39880`	对雄配子体（花粉）发育是必需的。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017376 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0010929 positive regulation of auxin mediated signaling pathway 生物过程

GO:0019760 glucosinolate metabolic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G39880

ath:AT3G09230

ath:AT3G50060

ath:AT4G37260

ath:AT5G67300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.923

排名 1 · TkA08G177520 · TK1151

细胞质0.170

排名 2 · TkA08G177520 · TK1151

线粒体0.024

排名 3 · TkA08G177520 · TK1151

细胞膜0.018

排名 4 · TkA08G177520 · TK1151

内质网0.007

排名 5 · TkA08G177520 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00249Myb_DNA-binding12-58 aa

PF15963Myb_DNA-bind_713-52 aa

PF09111SLIDE13-42 aa

PF23082Myb_DNA-binding_214-47 aa

PF13921Myb_DNA-bind_615-68 aa

PF08914Myb_Rap116-61 aa

PF20222DUF658134-56 aa

PF09111SLIDE61-85 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G177520	`PF00249`	Myb_DNA-binding	12	58	2e-37	127.7
TkA08G177520	`PF15963`	Myb_DNA-bind_7	13	52	0.019	15.5
TkA08G177520	`PF09111`	SLIDE	13	42	0.12	13.1
TkA08G177520	`PF23082`	Myb_DNA-binding_2	14	47	0.0011	19.7
TkA08G177520	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	15	68	3.8e-26	91.8
TkA08G177520	`PF08914`	Myb_Rap1	16	61	0.00078	20.5
TkA08G177520	`PF20222`	DUF6581	34	56	0.17	11.5
TkA08G177520	`PF09111`	SLIDE	61	85	0.12	13.1
TkA08G177520	`PF00249`	Myb_DNA-binding	65	108	2e-37	127.7
TkA08G177520	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	67	113	3.8e-26	91.8
TkA08G177520	`PF08914`	Myb_Rap1	67	84	0.00078	20.5
TkA08G177520	`PF23082`	Myb_DNA-binding_2	70	117	0.0011	19.7
TkA08G177520	`PF15963`	Myb_DNA-bind_7	74	110	0.019	15.5
TkA08G177520	`PF20222`	DUF6581	75	113	0.17	11.5
TkA08G177520	`PF09111`	SLIDE	209	217	0.12	13.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FDW1`	拟南芥	sp\|Q9FDW1\|MYB44_ARATH Transcription factor MYB44	57.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SN12`	拟南芥	sp\|Q9SN12\|MYB77_ARATH Transcription factor MYB77	47.000%	Swiss-Prot	中等置信
`O23160`	拟南芥	sp\|O23160\|MYB73_ARATH Transcription factor MYB73	52.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q42575`	拟南芥	sp\|Q42575\|MYB1_ARATH Transcription factor MYB1	62.900%	Swiss-Prot	低置信
`O04192`	拟南芥	sp\|O04192\|MYB25_ARATH Transcription factor MYB25	61.000%	Swiss-Prot	低置信

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