TkA08G163550 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G163550

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 42668932-42672394 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1751 bp · TkA08G163550|TK1151|cDNA

ATTGGAGGGCCTTCCATTGTTCTTTCTCTCCCACTCTCTATATTGAAACCCTAACTCCCAAATTGTACACAATTTAATCGATTCCAAAAGGGGAGCAGATTAAATTCTCTGTGAATAAGAATGCAACATCAGAGGCTGAAGCAACAACAACAACAAGCATTAATGCAGCACGCTCTTCTTCAACAACAATCTCTTTATCATCCAGGCCTCTTAGCTCCCCCACAGATTGAGCCAATTCCTAGTGGAAATCTGCCTCCTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1299 bp · TkA08G163550|TK1151|CDS

ATGCAACATCAGAGGCTGAAGCAACAACAACAACAAGCATTAATGCAGCACGCTCTTCTTCAACAACAATCTCTTTATCATCCAGGCCTCTTAGCTCCCCCACAGATTGAGCCAATTCCTAGTGGAAATCTGCCTCCTGGGTTTGATCCAAATACATGCCGTAGTGTTTATGTTGGTAACATTCATACACAAGTTACTGAACCACTTCTTCAAGAGGTTTTTGCAAGCACTGGTCCTGTTGAAGGCTGCAAACTCATAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

432 aa · TkA08G163550|TK1151|PROTEIN

MQHQRLKQQQQQALMQHALLQQQSLYHPGLLAPPQIEPIPSGNLPPGFDPNTCRSVYVGNIHTQVTEPLLQEVFASTGPVEGCKLIRKDKSSYGFIHYFDRRSASLAIVSLNGRHLFGQPIKVNWAYASGQREDTSGHYNIFVGDLSPEVTDAMLFACFSAYASCSDARVMWDQKTGRSRGFGFVSFRDQQDAQSAINDLSGKWLGSRQIRCNWATKGAGTSDEKQASDSKSVVELTNGSSEDGKELANSDAPENNPQYT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G163550`
TK1151 ID	TkA08G163550
OH-1004 ID	LXL04_032282
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G163550

位置 Chr08:42668932-42672394 (-)

描述 Similar to UBP1B: Oligouridylate-binding protein 1B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g17370`	异质核核糖核蛋白 (hnRNP) 样蛋白，作为前 mRNA 加工机制的组成部分。	暂无已核实直接文献
`At3g14100`	异质核核糖核蛋白 (hnRNP) 样蛋白，作为前 mRNA 加工机制的组成部分。	暂无已核实直接文献
`At1g54080`	异质核核糖核蛋白 (hnRNP) 样蛋白，作为前 mRNA 加工机制的组成部分。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0520300`	RNA 结合蛋白。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032282 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0034063 stress granule assembly 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0010494 cytoplasmic stress granule 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G17370

ath:AT1G54080

ath:AT3G14100

dosa:Os08g0520300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.545

排名 1 · TkA08G163550 · TK1151

细胞质0.517

排名 2 · TkA08G163550 · TK1151

细胞膜0.057

排名 3 · TkA08G163550 · TK1151

溶酶体／液泡0.043

排名 4 · TkA08G163550 · TK1151

高尔基体0.030

排名 5 · TkA08G163550 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23085RRM_PARP14_353-97 aa

PF16367RRM_754-80 aa

PF09707Cas_Cas2CT197855-95 aa

PF00076RRM_156-122 aa

PF13893RRM_558-124 aa

PF22976RRM_1059-113 aa

PF00313CSD88-102 aa

PF16367RRM_7140-199 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G163550	`PF23085`	RRM_PARP14_3	53	97	7e-05	23.5
TkA08G163550	`PF16367`	RRM_7	54	80	1.3e-05	25.8
TkA08G163550	`PF09707`	Cas_Cas2CT1978	55	95	0.02	15.7
TkA08G163550	`PF00076`	RRM_1	56	122	2.2e-48	162.7
TkA08G163550	`PF13893`	RRM_5	58	124	8.2e-05	23.0
TkA08G163550	`PF22976`	RRM_10	59	113	0.00023	22.0
TkA08G163550	`PF00313`	CSD	88	102	0.053	14.1
TkA08G163550	`PF16367`	RRM_7	140	199	1.3e-05	25.8
TkA08G163550	`PF09707`	Cas_Cas2CT1978	140	190	0.02	15.7
TkA08G163550	`PF00076`	RRM_1	141	211	2.2e-48	162.7
TkA08G163550	`PF23085`	RRM_PARP14_3	141	162	7e-05	23.5
TkA08G163550	`PF13893`	RRM_5	147	213	8.2e-05	23.0
TkA08G163550	`PF22976`	RRM_10	148	197	0.00023	22.0
TkA08G163550	`PF08206`	OB_RNB	177	189	0.23	11.9
TkA08G163550	`PF24637`	RRM_DEAH11	178	217	0.063	14.3
TkA08G163550	`PF00313`	CSD	179	191	0.053	14.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LQI9`	拟南芥	sp\|Q9LQI9\|UBP1B_ARATH Oligouridylate-binding protein 1B	78.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LJH8`	拟南芥	sp\|Q9LJH8\|UBP1C_ARATH Oligouridylate-binding protein 1C	74.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SYG4`	拟南芥	sp\|Q9SYG4\|UBP1A_ARATH Oligouridylate-binding protein 1A	72.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q6YZW2`	水稻	sp\|Q6YZW2\|RB208_ORYSJ RNA-binding protein 208	62.600%	Swiss-Prot	高置信

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