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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G159660
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 41631869-41636877 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3323 bp · TkA08G159660|TK1151|cDNA

GGAATATTAAAATACACGTAAGGAACAGAGAATCCAAACCCGGATTTGGTTGCATGAACTTAATCGGATTGCACAAGGGCCTACACGTCCGTTCAACTTCGTAATTGGAGTAAGATTATCGATTTCCGACCTCGATTATCAATCAATTAAAACAGGGAAATCGGTGAGAGAGAAAAGTGAAGTCGGCGGCGTAAGGTTCCGAGTTCACACAATACTCCAAAACCTCCGATTTCTCCGATCCTCGCGTCCATTTCTGCCCT...

CDS

下载 CDS FASTA

2469 bp · TkA08G159660|TK1151|CDS

ATGGATTTGGTAACCAGTTGTAAGGAGAAGTTGGCACATTTCCGGATAAAAGAGCTCAAGGATATTCTTACTCAACTTGGGCTTTCCAAGCAAGGAAAGAAACAGGATCTTGCTGATCGGATATTAGCCATTATCTCAGATGACAAAGTTTCTGCGATGTGGCCTAAGAAAAGTATTGTTAGGAAGGAAGATGTGGCAAAACTAGTTGATGACATGTACAGAAAGCTGCAAATCCCAGGGGCAACTGAACTGGCATCAAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

822 aa · TkA08G159660|TK1151|PROTEIN

MDLVTSCKEKLAHFRIKELKDILTQLGLSKQGKKQDLADRILAIISDDKVSAMWPKKSIVRKEDVAKLVDDMYRKLQIPGATELASKGQGVSDITINNNTTITTTYKEEVEDSYHIEKVRCPCGSSLQADSMIKCEGQRCNVWQHIGCVIIPEKPMEGILPPPPPVFYCEICRLGRADPFCITMGHPLYPVKLSIASIPADGSNPVQSVERTFQLTKADRDLLAKPEFELQAWCMLLNDKVSFRMQWPQYADLQINGMPV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G159660
TK1151 IDTkA08G159660
OH-1004 IDLXL04_033089
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)65.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.878 / OH-1004 99.756
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G159660
位置Chr08:41631869-41636877 (+)
描述Similar to SIZ1: E3 SUMO-protein ligase SIZ1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g60410 E3 SUMO 蛋白连接酶参与调节过程。
The Arabidopsis SUMO E3 ligase SIZ1 controls phosphate deficiency responses.2005 · DOI: 10.1073/pnas.0500778102
SIZ1 small ubiquitin-like modifier E3 ligase facilitates basal thermotolerance in Arabidopsis independent of salicylic acid.2006 · DOI: 10.1104/pp.106.088831
Salicylic acid-mediated innate immunity in Arabidopsis is regulated by SIZ1 SUMO E3 ligase.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02947.x
SIZ1-mediated sumoylation of ICE1 controls CBF3/DREB1A expression and freezing tolerance in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.048397
Genetic analysis of SUMOylation in Arabidopsis: conjugation of SUMO1 and SUMO2 to nuclear proteins is essential.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.102285
The Arabidopsis E3 SUMO ligase SIZ1 regulates plant growth and drought responses.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.049981
The PHD domain of plant PIAS proteins mediates sumoylation of bromodomain GTE proteins.2008 · DOI: 10.1074/jbc.m708176200
Sumoylation of ABI5 by the Arabidopsis SUMO E3 ligase SIZ1 negatively regulates abscisic acid signaling.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0811088106
SUMOylation represses SnRK1 signaling in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1111/tpj.13096

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os05g0125000 可能的SUMO E3连接酶，可能调节磷饥饿反应。 暂无已核实直接文献
Os03g0719100 可能的SUMO E3连接酶，可能调节磷饥饿反应。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033089 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0002758 innate immune response-activating signaling pathway 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009553 embryo sac development 生物过程
GO:0009787 regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程
GO:0009910 negative regulation of flower development 生物过程
GO:0010113 negative regulation of systemic acquired resistance 生物过程
GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程
GO:0010247 detection of phosphate ion 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G60410
dosa:Os03g0719100
dosa:Os05g0125000
hsa:83637
mmu:52915
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.918
排名 1 · TkA08G159660 · TK1151
细胞质0.232
排名 2 · TkA08G159660 · TK1151
线粒体0.029
排名 3 · TkA08G159660 · TK1151
细胞膜0.027
排名 4 · TkA08G159660 · TK1151
内质网0.015
排名 5 · TkA08G159660 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02037SAP12-42 aa
PF04641Rtf215-31 aa
PF13771zf-HC5HC2H102-150 aa
PF20826PHD_5112-173 aa
PF16682MSL2-CXC117-143 aa
PF00628PHD121-172 aa
PF27108PHD_Pygo126-172 aa
PF16682MSL2-CXC338-347 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G159660PF02037SAP12423.3e-0730.5
TkA08G159660PF04641Rtf215310.1312.3
TkA08G159660PF13771zf-HC5HC2H1021503.48.7
TkA08G159660PF20826PHD_51121730.01216.3
TkA08G159660PF16682MSL2-CXC1171434.78.1
TkA08G159660PF00628PHD1211724.9e-0524.0
TkA08G159660PF27108PHD_Pygo1261720.01815.8
TkA08G159660PF16682MSL2-CXC3383474.78.1
TkA08G159660PF04641Rtf23604230.1312.3
TkA08G159660PF02891zf-MIZ3664142e-1969.8
TkA08G159660PF11789zf-Nse3664120.01415.9
TkA08G159660PF00628PHD3864124.9e-0524.0
TkA08G159660PF15749MRNIP3914390.1713.4
TkA08G159660PF13771zf-HC5HC2H3924153.48.7
TkA08G159660PF04810zf-Sec23_Sec243974150.01815.8
TkA08G159660PF27108PHD_Pygo3994150.01815.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q680Q4拟南芥sp|Q680Q4|SIZ1_ARATH E3 SUMO-protein ligase SIZ154.300%Swiss-Prot高置信
Q6L4L4水稻sp|Q6L4L4|SIZ1_ORYSJ E3 SUMO-protein ligase SIZ147.700%Swiss-Prot中等置信
Q6ASW7水稻sp|Q6ASW7|SIZ2_ORYSJ E3 SUMO-protein ligase SIZ243.700%Swiss-Prot中等置信

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