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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G102400
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 26541079-26545435 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2393 bp · TkA08G102400|TK1151|cDNA

GACACATAAATCCAAAGGATAAAACGCTATAAACATAAATCTAAACTCCGAAATATTTCGATTTTGACTAAAGAGTCATCCACGGACTCAAACTCTCACTCATCTCAAATACCACAAAATCCCCAAACTCTAACATGCGAGATTAGATATCTATCAGGATGGAATTTGATGTTGCTATCCGATTCTAGTTCCCCTCTATATCTCCCGAAAACGAAGGATTCAACGCTATAACATCTTAGCTTATGTGGGTTTCTCGATTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1296 bp · TkA08G102400|TK1151|CDS

ATGTTGAATCTTTGCGTGTTCTTATGTGCCTTCGCCTATTTAACGACTTCTGGGGCCTTCGCTAATATTCTCTTGATCGGGAATAGTACCAGTTTGTCGTTCAACGCTGTTCCAGCTAAATTCGGGCGGCCTGTGACAGGGTCGGGGGAACATGGAACAATATTTCTGGCATCGCCACTCGATGCTTGCTCACCATTGACGAACACATTAACTAACAAAACCTCCAGGTACGTATTAATAGTTAGAGGAGGTGGATGCGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

431 aa · TkA08G102400|TK1151|PROTEIN

MLNLCVFLCAFAYLTTSGAFANILLIGNSTSLSFNAVPAKFGRPVTGSGEHGTIFLASPLDACSPLTNTLTNKTSRYVLIVRGGGCDFVDKVRKAQDSGFKAAIIYNDKNSDLFPMGGKSTDIHIHAVFVTRSTGLQLQKYVGVDEIEVWLVQNDNSAVAIMAVSFLALLAMSAALATCCFVRTHRITRNPNRHQARRRVRESGGMSSDLVKTIPSVQFTEDLDDNCTSATCAICLDDYNVGDKIRILPCRHKFHMLCVD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G102400
TK1151 IDTkA08G102400
OH-1004 IDLXL04_031343
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 97.448 / OH-1004 99.762
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G102400
位置Chr08:26541079-26545435 (-)
描述Similar to Os03g0167500: Receptor homology region, transmembrane domain- and RING domain-containing protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g71980 参与液泡蛋白运输。 暂无已核实直接文献
At1g35630 参与液泡蛋白运输。 暂无已核实直接文献
At4g09560 参与液泡蛋白运输。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0167500 参与液泡蛋白运输。 暂无已核实直接文献
Os08g0104300 参与液泡蛋白运输。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031343 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0015031 protein transport 生物过程
GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分
GO:0000326 protein storage vacuole 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0012505 endomembrane system 细胞组分
GO:0032586 protein storage vacuole membrane 细胞组分
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G35625
ath:AT1G35630
ath:AT1G71980
dosa:Os03g0167500
dosa:Os08g0104300
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.408
排名 1 · TkA08G102400 · TK1151
细胞质0.253
排名 2 · TkA08G102400 · TK1151
内质网0.195
排名 3 · TkA08G102400 · TK1151
高尔基体0.194
排名 4 · TkA08G102400 · TK1151
细胞膜0.153
排名 5 · TkA08G102400 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02225PA74-138 aa
PF13920zf-C3HC4_3230-277 aa
PF13639zf-RING_2231-274 aa
PF24921RING_XB3-XBAT31231-261 aa
PF17123zf-RING_11232-259 aa
PF00097zf-C3HC4232-273 aa
PF13923zf-C3HC4_2232-273 aa
PF13445zf-RING_UBOX232-271 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G102400PF02225PA741384.5e-1246.7
TkA08G102400PF13920zf-C3HC4_32302770.0007420.0
TkA08G102400PF13639zf-RING_22312744.7e-1349.9
TkA08G102400PF24921RING_XB3-XBAT312312611.69.6
TkA08G102400PF17123zf-RING_112322591.7e-1041.1
TkA08G102400PF00097zf-C3HC42322731.1e-0732.3
TkA08G102400PF13923zf-C3HC4_22322735.3e-0626.9
TkA08G102400PF13445zf-RING_UBOX2322712e-0525.2
TkA08G102400PF14634zf-RING_52322750.0005720.5
TkA08G102400PF14447Prok-RING_42322780.01515.9
TkA08G102400PF23412zf_RING_Vps82322610.06213.9
TkA08G102400PF14570zf-RING_42322760.3111.6
TkA08G102400PF23555zf-RING_Vps412322640.5310.6
TkA08G102400PF12678zf-rbx12352742.7e-0525.0
TkA08G102400PF12861zf-ANAPC112412780.001219.6
TkA08G102400PF13445zf-RING_UBOX2702832e-0525.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8VZ14拟南芥sp|Q8VZ14|RMR2_ARATH Receptor homology region, transmembrane domain- and RING domain-containing protein 247.500%Swiss-Prot中等置信
F4HZZ5拟南芥sp|F4HZZ5|RMR5_ARATH Receptor homology region, transmembrane domain- and RING domain-containing protein 547.300%Swiss-Prot中等置信
Q0WPW5拟南芥sp|Q0WPW5|RMR4_ARATH Receptor homology region, transmembrane domain- and RING domain-containing protein 446.200%Swiss-Prot中等置信
Q10R93水稻sp|Q10R93|RMR1_ORYSJ Receptor homology region, transmembrane domain- and RING domain-containing protein 148.300%Swiss-Prot中等置信
Q69U49水稻sp|Q69U49|RMR2_ORYSJ Receptor homology region, transmembrane domain- and RING domain-containing protein 252.400%Swiss-Prot中等置信

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