TkA08G082750 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G082750

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 21270713-21279764 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3789 bp · TkA08G082750|TK1151|cDNA

GTATCGAAACAAAGACGGAGAATTTGGCAGTTCTTCCGAAATCCAAATCACCGTCCAAGTATCTGTGAACACTTACAGTCGTCGACGTACTCATCTCCGTCGCCGATCTCCATCGTTCTTCTGCTAGATCTCTGCGATCAGATCAATTGCAGAAGCCAAACAATAATTTGATAAGTGTGAGCTATGGTGACTGAAAATCCCAACCACGCAAATAACTATCCAAGACCAGCTGCTACACCATTTGCACCTCCTCAAAGCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

3192 bp · TkA08G082750|TK1151|CDS

ATGGTGACTGAAAATCCCAACCACGCAAATAACTATCCAAGACCAGCTGCTACACCATTTGCACCTCCTCAAAGCAACACACCTTTTTCATCATCACGTCCTGTGGCTAACTCTGCTTTCAGGCCAACACCTCCCCCAAACACACCTCCATCTTTTCCTTCTGGACCTGTAGTTGGATCAGAAGTTCCTGGTTTTAGACCCATGCAAACTGCTACTAGACCTACTCCACCATATGGCCCACCAACCACCGGACCTTTCCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1063 aa · TkA08G082750|TK1151|PROTEIN

MVTENPNHANNYPRPAATPFAPPQSNTPFSSSRPVANSAFRPTPPPNTPPSFPSGPVVGSEVPGFRPMQTATRPTPPYGPPTTGPFQRFPTPPFQTPPPPRTAPPVGPPTIRPPAFQNHQPQVPPPSMPMGSPPQTMNGMLSNSNMQQPQPPMGPRPGHPAAVRATSSSAWPGYPGMQSNTATPPPPSGGYAPPQPTTSTPFQGGYAPPQPTTSAPFQGGYAPPQPTTSAQFQGGYAPPQPTTSAQFQGGYAPPQPTTSA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G082750`
TK1151 ID	TkA08G082750
OH-1004 ID	LXL04_018781
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	96.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G082750

位置 Chr08:21270713-21279764 (+)

描述 Similar to At3g07100: Protein transport protein Sec24-like At3g07100

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g07100`	必需蛋白质。	A missense mutation in the Arabidopsis COPII coat protein Sec24A induces the formation of clusters of the endoplasmic reticulum and Golgi apparatus.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.068262 Evidence for the involvement of the Arabidopsis SEC24A in male transmission.2011 · DOI: 10.1093/jxb/err174 Endomembrane trafficking protein SEC24A regulates cell size patterning in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1104/pp.114.246033 The Vesicle-Forming 6K2 Protein of Turnip Mosaic Virus Interacts with the COPII Coatomer Sec24a for Viral Systemic Infection.2015 · DOI: 10.1128/jvi.00503-15

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018781 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0007029 endoplasmic reticulum organization 生物过程

GO:0007030 Golgi organization 生物过程

GO:0008361 regulation of cell size 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0032374 regulation of cholesterol transport 生物过程

GO:0032876 negative regulation of DNA endoreduplication 生物过程

GO:0042632 cholesterol homeostasis 生物过程

GO:0046740 transport of virus in host, cell to cell 生物过程

GO:0048232 male gamete generation 生物过程

GO:0050714 positive regulation of protein secretion 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G07100

bta:505089

hsa:10427

hsa:10802

mmu:77371

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.621

排名 1 · TkA08G082750 · TK1151

高尔基体0.247

排名 2 · TkA08G082750 · TK1151

细胞核0.148

排名 3 · TkA08G082750 · TK1151

内质网0.114

排名 4 · TkA08G082750 · TK1151

溶酶体／液泡0.108

排名 5 · TkA08G082750 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08033Sec23_BS336-354 aa

PF07754Ribosomal_aS21392-407 aa

PF04810zf-Sec23_Sec24393-431 aa

PF04811Sec23_trunk468-704 aa

PF19088TUTase483-536 aa

PF09631Sen15493-533 aa

PF08033Sec23_BS710-793 aa

PF04811Sec23_trunk790-835 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G082750	`PF08033`	Sec23_BS	336	354	3.1e-25	89.3
TkA08G082750	`PF07754`	Ribosomal_aS21	392	407	0.23	12.0
TkA08G082750	`PF04810`	zf-Sec23_Sec24	393	431	1.8e-17	63.7
TkA08G082750	`PF04811`	Sec23_trunk	468	704	5.6e-84	282.2
TkA08G082750	`PF19088`	TUTase	483	536	0.048	14.1
TkA08G082750	`PF09631`	Sen15	493	533	0.18	12.9
TkA08G082750	`PF08033`	Sec23_BS	710	793	3.1e-25	89.3
TkA08G082750	`PF04811`	Sec23_trunk	790	835	5.6e-84	282.2
TkA08G082750	`PF04815`	Sec23_helical	805	908	3.2e-22	79.0
TkA08G082750	`PF00626`	Gelsolin	940	987	6.1e-06	26.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SFU0`	拟南芥	sp\|Q9SFU0\|SC24A_ARATH Protein transport protein SEC24 A	79.000%	Swiss-Prot	高置信

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