TkA08G049750 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G049750

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 12671098-12673097 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1341 bp · TkA08G049750|TK1151|cDNA

ATGGCTGTTTCTCAACTTATTTCCCATTCTACCCCTATTATTTTGCTATATTTACTCTTACACTCCACCTTCATCTCCGCCGTTAACATTACCCATCTCTTATCCCCTTACCCAGATCTCTCCGACTTCTCCGACCTCCTATCCACCACCACCGTCGCCGCCGATCTCACCCAACGTACATCCCTCACTCTCCTCGCCGTCCCCAATTCCTTCCTCCGATCTTCAGACCTCATCCGTCGCTCTCCCTCCTCCACCAACAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1341 bp · TkA08G049750|TK1151|CDS

ATGGCTGTTTCTCAACTTATTTCCCATTCTACCCCTATTATTTTGCTATATTTACTCTTACACTCCACCTTCATCTCCGCCGTTAACATTACCCATCTCTTATCCCCTTACCCAGATCTCTCCGACTTCTCCGACCTCCTATCCACCACCACCGTCGCCGCCGATCTCACCCAACGTACATCCCTCACTCTCCTCGCCGTCCCCAATTCCTTCCTCCGATCTTCAGACCTCATCCGTCGCTCTCCCTCCTCCACCAACAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

446 aa · TkA08G049750|TK1151|PROTEIN

MAVSQLISHSTPIILLYLLLHSTFISAVNITHLLSPYPDLSDFSDLLSTTTVAADLTQRTSLTLLAVPNSFLRSSDLIRRSPSSTNIADVIRYHVLLQYLSIHDVHRFPPSGKLITTLFQTTGRATNDFGSVNVTYDGKTDTTTVRSPAAYSQAPNNATVISLIKNLPYNVSIFSVNSLIVPYGFDLLASESRPPLGLNISKALIDGHNFNVAASMLAASGVVQEFESDEGGAGITLFVPTDDAFSDLPPSANFQSLPAD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G049750`
TK1151 ID	TkA08G049750
OH-1004 ID	LXL04_017801
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G049750

位置 Chr08:12671098-12673097 (+)

描述 Similar to FLA4: Fasciclin-like arabinogalactan protein 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g46550`	可能是一种细胞表面黏附蛋白，必要于正常的细胞扩展。	暂无已核实直接文献
`At4g12730`	可能是一种细胞表面粘附蛋白。	暂无已核实直接文献
`At5g03170`	可能是一种细胞表面粘附蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017801 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007155 cell adhesion 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009825 multidimensional cell growth 生物过程

GO:0010192 mucilage biosynthetic process 生物过程

GO:0048354 mucilage biosynthetic process involved in seed coat development 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0048367 shoot system development 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G45470

ath:AT3G46550

ath:AT3G60900

ath:AT4G12730

ath:AT5G55730

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.436

排名 1 · TkA08G049750 · TK1151

细胞外0.225

排名 2 · TkA08G049750 · TK1151

内质网0.148

排名 3 · TkA08G049750 · TK1151

细胞质0.097

排名 4 · TkA08G049750 · TK1151

溶酶体／液泡0.061

排名 5 · TkA08G049750 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02469Fasciclin39-133 aa

PF09865DUF2092126-173 aa

PF02469Fasciclin209-344 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G049750	`PF02469`	Fasciclin	39	133	3.8e-24	86.0
TkA08G049750	`PF09865`	DUF2092	126	173	0.13	12.4
TkA08G049750	`PF02469`	Fasciclin	209	344	3.8e-24	86.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SNC3`	拟南芥	sp\|Q9SNC3\|FLA4_ARATH Fasciclin-like arabinogalactan protein 4	54.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SU13`	拟南芥	sp\|Q9SU13\|FLA2_ARATH Fasciclin-like arabinogalactan protein 2	29.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q8LEJ6`	拟南芥	sp\|Q8LEJ6\|FLA11_ARATH Fasciclin-like arabinogalactan protein 11	33.300%	Swiss-Prot	低置信

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