TkA08G043730 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G043730

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 11164116-11166474 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

739 bp · TkA08G043730|TK1151|cDNA

AAATCTGTCATTCTTCATACTGATTCTTTTTTAACAAATGCACGCGGGTACCCTTGTCTATCCAAACGTCATCAGAACCTTCTCAGCAGTTTCTTTTACTATTCAGTACAGATAGTGTTTTCTGGAAAGGCAGTGCACAAAGTTGCTGCTTCTGGTGCTACCCAACCCGATGCCCAACAAGCTCAGAGACATGAATTAAGGTCATACATGGAACCCCTTCCAGAACAAGAACGATTTGAGCCTCTCATGGATAATTTAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

477 bp · TkA08G043730|TK1151|CDS

AAATCTGTCATTCTTCATACTGATTCTTTTTTAACAAATGCACGCGGGTACCCTTGTCTATCCAAACGTCATCAGAACCTTCTCAGCAGTTTCTTTTACTATTCAGTACAGATAGTGTTTTCTGGAAAGGCAGTGCACAAAGTTGCTGCTTCTGGTGCTACCCAACCCGATGCCCAACAAGCTCAGAGACATGAATTAAGGTCATACATGGAACCCCTTCCAGAACAAGAACGATTTGAGCCTCTCATGGATAATTTAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

158 aa · TkA08G043730|TK1151|PROTEIN

KSVILHTDSFLTNARGYPCLSKRHQNLLSSFFYYSVQIVFSGKAVHKVAASGATQPDAQQAQRHELRSYMEPLPEQERFEPLMDNLEAQTYEIFEKDSVKYIQYQRAVSKALLDRISDENASTTTVVLMVVGVGRGPLVRASLQVHKFHTACDYIKVV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G043730`
TK1151 ID	TkA08G043730
OH-1004 ID	LXL04_026567
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	91.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 37.890 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G043730

位置 Chr08:11164116-11166474 (-)

描述 Similar to PRMT5: Protein arginine N-methyltransferase 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g31120`	体外甲基化髓磷脂碱性蛋白的精氨酸残基。	SKB1-mediated symmetric dimethylation of histone H4R3 controls flowering time in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1038/sj.emboj.7601647

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2X0Q3`	甲基化蛋白中的精氨酸残基，如组蛋白H4。	暂无已核实直接文献
`Os02g0139200`	甲基化蛋白中的精氨酸残基，如组蛋白H4。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026567 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0010220 positive regulation of vernalization response 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0008276 protein methyltransferase activity 分子功能

GO:0016274 protein-arginine N-methyltransferase activity 分子功能

GO:0035242 protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G31120

dosa:Os02g0139200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.471

排名 1 · TkA08G043730 · TK1151

细胞核0.471

排名 2 · TkA08G043730 · TK1151

线粒体0.071

排名 3 · TkA08G043730 · TK1151

内质网0.065

排名 4 · TkA08G043730 · TK1151

细胞膜0.064

排名 5 · TkA08G043730 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17285PRMT5_TIM2-103 aa

PF12434Malate_DH53-67 aa

PF15871JMY59-93 aa

PF05185PRMT576-150 aa

PF12434Malate_DH138-148 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G043730	`PF17285`	PRMT5_TIM	2	103	1e-11	45.4
TkA08G043730	`PF12434`	Malate_DH	53	67	0.069	13.7
TkA08G043730	`PF15871`	JMY	59	93	0.06	13.6
TkA08G043730	`PF05185`	PRMT5	76	150	9.2e-25	88.2
TkA08G043730	`PF12434`	Malate_DH	138	148	0.069	13.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GWT4`	拟南芥	sp\|Q8GWT4\|ANM15_ARATH Protein arginine N-methyltransferase 1.5	56.000%	Swiss-Prot	高置信
`A2X0Q3`	水稻	sp\|A2X0Q3\|ANM5_ORYSI Protein arginine N-methyltransferase 5	57.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q6YXZ7`	水稻	sp\|Q6YXZ7\|ANM5_ORYSJ Protein arginine N-methyltransferase 5	57.100%	Swiss-Prot	高置信

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