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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G037820
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 9651325-9651908 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

564 bp · TkA08G037820|TK1151|cDNA

TAATCTTCAAAACTCAATTCACCAACTTCACGCGCAGCTTTTCATCTCTCCCAAACCTCACACAATGCGTTTCGTCCCTCCAATCATCTGCCAAACATGCCAACTTACAGGAAGGAAAGAAACTCCATTCCTACATGCTCATCAATGGCTTCCTCACCTCCCCGGTCTCCATCACCAGCCTCATCAACATGTACTCCAAATGCAACTCCATCTCCGACGCCTTTCTACTTTTCACTTCGTCGTCAACTTCTCACCTCAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

468 bp · TkA08G037820|TK1151|CDS

ATGCCAACTTACAGGAAGGAAAGAAACTCCATTCCTACATGCTCATCAATGGCTTCCTCACCTCCCCGGTCTCCATCACCAGCCTCATCAACATGTACTCCAAATGCAACTCCATCTCCGACGCCTTTCTACTTTTCACTTCGTCGTCAACTTCTCACCTCAATGTTTTCGCCTACAACGCAATCATCGCTGGCTTTATCTTCAACGAATTGCCAAAACCCGCATTACAGGTCTACGAAACAGATGGATAAATACACATT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

156 aa · TkA08G037820|TK1151|PROTEIN

MPTYRKERNSIPTCSSMASSPPRSPSPASSTCTPNATPSPTPFYFSLRRQLLTSMFSPTTQSSLALSSTNCQNPHYRSTKQMDKYTFPCVVTAFSGCGDVVGLKIVHGLVFKFGMDHDLFVGSAAVHGYLKFGLMADAQRVFDEMPDRDIVLWNAM

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G037820
TK1151 IDTkA08G037820
OH-1004 IDLXL04_017959
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 48.077 / OH-1004 12.255
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G037820
位置Chr08:9651325-9651908 (+)
描述Similar to PCMP-E31: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g14730
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g14730 含五重复肽重复的蛋白At3g14730。 暂无已核实直接文献
At2g13600 含五螺旋肽重复的蛋白 At2g13600。 暂无已核实直接文献
At1g15510 调节叶绿体转录本 accD 的 RNA 编辑，对于叶绿体生物发生的早期阶段至关重要。
AtECB2, a pentatricopeptide repeat protein, is required for chloroplast transcript accD RNA editing and early chloroplast biogenesis in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03930.x
Editing of accD and ndhF chloroplast transcripts is partially affected in the Arabidopsis vanilla cream1 mutant.2010 · DOI: 10.1007/s11103-010-9616-5
A point mutation in the pentatricopeptide repeat motif of the AtECB2 protein causes delayed chloroplast development.2011 · DOI: 10.1111/j.1744-7909.2011.01030.x
At4g35130 含五十二氨基酸重复序列的蛋白At4g35130，叶绿体定位。 暂无已核实直接文献
At3g50420 含五肽重复结构的蛋白 At3g50420。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017959 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程
GO:0010182 sugar mediated signaling pathway 生物过程
GO:0010305 leaf vascular tissue pattern formation 生物过程
GO:0010588 cotyledon vascular tissue pattern formation 生物过程
GO:0048366 leaf development 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G13600
ath:AT3G14730
ath:AT4G18750
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.675
排名 1 · TkA08G037820 · TK1151
细胞核0.132
排名 2 · TkA08G037820 · TK1151
质体0.089
排名 3 · TkA08G037820 · TK1151
细胞质0.059
排名 4 · TkA08G037820 · TK1151
细胞外0.010
排名 5 · TkA08G037820 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041PPR_282-94 aa
PF01535PPR126-149 aa
PF12854PPR_1126-145 aa
PF13041PPR_2127-150 aa
PF01535PPR151-156 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G037820PF13041PPR_282940.01116.5
TkA08G037820PF01535PPR1261490.005717.5
TkA08G037820PF12854PPR_11261450.06213.8
TkA08G037820PF13041PPR_21271500.01116.5
TkA08G037820PF01535PPR1511560.005717.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LUC2拟南芥sp|Q9LUC2|PP231_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g1473054.100%Swiss-Prot低置信
Q9SIT7拟南芥sp|Q9SIT7|PP151_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g1360044.000%Swiss-Prot低置信
Q9M9E2拟南芥sp|Q9M9E2|PPR45_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g15510, chloroplastic43.200%Swiss-Prot低置信
O49619拟南芥sp|O49619|PP350_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g35130, chloroplastic38.000%Swiss-Prot低置信
Q9SCT2拟南芥sp|Q9SCT2|PP277_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g5042039.200%Swiss-Prot中等置信

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